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日军在太平洋战争各战役中败北的主要原因之一是大本营作战指挥的不当。首先是缺少指挥的连续性。在美军开始反攻，日军陷入战略守势以后，大本营的指挥处处被动，忙于临时应付，为局部对策疲于奔命，指挥上严重缺乏连贯性，总是为眼前的战况所迷惑，没有洞察之明。例如，在瓜达尔卡纳尔岛作战中，大本营无视当地军的情况强行干涉，在菲律宾作战期间也在作战开始不久即强行更改第十四方面军的作战构想。在冲绳作战中，大本营甚至企图介入战术行动层面。
由于轻视情报，大本营依凭主观判断来制定战略，导致日军败亡。在丧失对战局主导权的情况下，大本营的作战指导违反了基本的战争原则，没能集中使用有限的战力，导致了冲绳战役等一系列失败。
说到情报，日军情报组织的贫弱也对日军一系列惨败有决定性的影响。以伊洛瓦底会战为例，这是英军在情报战方面完胜日军的完美实例。1945年3月，英军第十四集团军在缅甸中部战场的良乌实施渡河后，仅仅三周就夺取了关系缅甸战场全局的日军后方基地敏铁拉，取得了战略和战术上的巨大胜利，其胜因离不开情报。由于缅甸方面军谍报课的责任，日军不能正确把握盟军的企图和兵力，对盟军的实力估计过低，在城市中也没有像样的间谍组织，获取情报主要依靠从高地上观察。结果，英军成功实施了欺骗行动，在强大装甲部队支援下的第四军充分发挥了速度与奇袭的作用。
日军组织的特性也是导致其失败的要因之一。从组织的结构上来看，日军虽然采用的是高度的官僚制，但非正式的人际网络在其中发挥着重要作用，影响了组织的严密性。所谓“人际网络”，就陆军来说，指的是陆军大学毕业者和参谋本部的人事。本来官僚组织的一大特征是行使垂直的、经过等级分化的正式权限，但陆大毕业的精英创造的坚固且浓密的人际网络，通过参谋这个职务来介入指挥权，导致出现了下克上的幕僚指挥。因此，统帅部、军政部的首脑都无法充分发挥强力的领导权。
日军组织上的特性充分体现了日本式的集团主义，人际关系具有举足轻重的地位。在这种组织中，相比于组织的目标、正确合理地形成和选择达成目标的手段，组织成员之间的交往更受重视。在陆军与海军的关系、上级与下级司令部的关系上，这种人际关系经常延迟作战展开和结束的意见决定，远不如美军的组织灵活、有效。
从组织的人事任免上来看，美军的人事任免、晋升基本上是根据实际情况客观评价的结果，排除了感情的干扰。相比之下，日军没有做到赏罚分明，经常对负有败战责任的官员免于追究责任，如英帕尔作战的责任者牟田口、诺门罕战役实际作战指导者服部和辻政信等。他们有人际关系网络的庇护，仅仅被调往其他职位，后来又进入中央部担任要职。
日军组织的一大特点，是组织内的构成要素或不同性质的情报、信息的交流很少。例如，参谋本部最大的缺陷就是作战课的自以为是和封闭性。参谋本部第一部特别是作战课，对于作战计划之外的事情一概不予透露，并且在制订作战计划时排除了所有来自外部的干涉，甚至不愿意听取意见。例如，当演习课为了获得制订演习计划的基本参考，向作战课提出要看一下作战计划时，对方始终不同意，最终不了了之。
相对于盟军，日军的学习能力低下，缺乏能够系统地积累和传播败战教训的组织和领导，例如日本陆军没有从诺门罕战役中学习苏军对火力的重视，仍然重复教条僵化的战术。日军的组织特性也是造成这种欠缺的原因之一。总体上来看，相对于能够冷静地直面事实、重视情报和战略的美军，日军轻视情报，喜欢一意孤行、一厢情愿，不能根据现实情况的变化而修正自身的行动，更不能革新自身的组织，不能确保战略的合理性。
总之，日军在亚洲战场惨败的原因，绝不限于物质上的差距，高级司令部的指挥、战略和战术上的问题、情报和组织上的缺陷等，也对日军的惨败起着主要作用。日军自身的种种缺陷，在1945年的各次重大战役中集中体现出来。