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与战术相比，日军在战略方面的问题对战局的影响更具有决定性。首要的问题是统一战略、统一作战的欠缺。在近代战争中，即使在纯粹的大陆作战中，航空部队也拥有巨大威力，地面兵力和航空兵力的统一综合运用不可或缺。这种统一运用，不仅包括航空兵力直接支援地面战斗，还包括提供补给以维持战斗能力。特别是在海洋作战中，陆、海、空三者的统一运用，具有决定性的意义。
从作战准备阶段，陆海空兵力就有必要按照统一的战略、战斗目的，集中全军的战力以完成明确的目的，根据精心制订的计划，对得到良好组织的各兵种进行完善的调整，在作战中保持目的的一贯性，从而发挥系统的战力。美军在统一战略方面达到了相当高的水平，且通过历次登陆作战中积累的经验不断完善统一作战的水平。反观日本方面，虽然在开战初期的作战中实现了统一作战，但在思想上很不成熟，统一作战的思想并不发达。在1945年的各次战役中，日军仍然欠缺统一的战略，因此无论第一线部队如何拼命战斗，日军都无法达成目的。
在接近本土决战的时期，日军在战略方面的问题仍然没有得到解决，作战构想和战略充满了矛盾，航空优先主义、攻势主义等脱离实际的思想依然有着强大影响力。以冲绳战役为例，在该战役的全过程中，日军都存在着两个互相矛盾的作战构想，导致这次决战在实行中不能统一目标和手段。作战构想的矛盾主要包括以下几个方面。
1.日本防卫战略上的矛盾。
陆军的参谋本部将冲绳战役看作为本土决战争取时间的作战，没有努力为守备军送去地面部队的增援。而海军的军令部则不仅希望这次作战能成为推动日本与盟国媾和的契机，还将其看作最后的决战，因此投入了全部兵力。结果日军的指挥缺少统一协调，暴露了根本上的缺陷。
2.冲绳防卫战略上的矛盾。
日本陆海军航空部队和地面部队的航空相关人员，将冲绳决战视为一场航空决战，将发挥航空战力当作最关键要素，强烈要求展开于冲绳的第三十二军的防御部署以机场为中心。第三十二军则对航空战力的发挥不抱期望，以有利于持久战的首里地区为中心构筑阵地，早早放弃了机场。结果，日军的航空作战和地面作战未能真正实现整合，航空部队和地面部队基本上是各自为战。
3.实施地面作战上的矛盾。
第三十二军的上级部队即司令部设在台湾的第十方面军和大本营，为了夺回美军登陆后马上被占领的机场，强迫第三十二军发动反攻。此外，第三十二军司令官牛岛满和军参谋长长勇，在美军登陆一个多月后，也将专守持久的方针转换为总攻。作战主任八原博通对此坚决反对，他根据军事上的合理性，能够冷静地做出情况判断。但像他这样的人物在日本陆军中非常少见，也不受支持。
总而言之，日本陆军缺乏对现状的认识，一厢情愿地以为依靠攻击就可以取得胜利，这一特点直到战争最后也没有改变。
从部门组织上来看，大本营是日本的作战中枢，但海军部（军令部）和陆军部（参谋本部）各自独立，两军几乎谈不上统一协调，有时几乎不同对方商谈，完全各自独立作战。在两军必须协同才能实施的作战中，会以《陆海军中央协定》《陆海军现地协定》为依据。
陆海军之间冲突、不协调、内耗之事甚多。两军间经常互相争夺有限的预算、战略物资，还存在战略思想的分歧等，因此长期处于对立关系，影响两军的一致行动。此外，相对于各国军队，在日军中指挥权的独立也非常突出，在作战、用兵上，陆军省和海军省也无法干预，排除了一切政治介入。虽然在政治和军事的调整方面有“大本营政府联络会议”这样的制度，但首相没有像美国的总统那样的指导力，在组织上根本无法做到统一。
在大本营，当海军和陆军在作战上发生分歧时，解决办法往往是两军间的妥协。陆海两军的指挥部长的并立，对战争指导有很多弊端，但这个问题始终没有从制度上得到解决。结果，日军的组织始终缺乏做出战略最终决定的能力，自然无法迅速应对瞬息万变的局势。
大本营从“捷”号作战开始认真考虑了陆海空的协同作战。至于日军制订陆海军共同的作战计划，则是1945年1月20日的《帝国陆海军作战计划大纲》。但该大纲并未能真正做到统一指导。
日军的作战（战略）目的也欠缺统一性，经常很不明确，在同一个作战中往往存在两个目的，部队编成也很复杂，背后的战略思考令人困惑。同时实施的两个战略或同一个作战中的两个目的，会导致兵力分散，中途岛作战就是典型例子。作战目的的不明确贯穿了太平洋战争的始终，导致了莱特海战中栗田舰队的莱特突入失败、冲绳航空作战的失败等后果。
日军的战略深受短期决战思想的影响，这种思想的盛行是由日军的基本性格决定的。日本在战前就预测太平洋战争将成为一场持久战，但倾向于短期决战的战略造成希望与现实严重脱节。日军的传统是极度重视先发制人的集中攻击和决战，而对以持久为目的的战略方面的研究极不充分。受短期决战思想影响，日军在偷袭珍珠港时没有破坏工厂设施和储油设施，美国海军得以提早实施反击。
这种通过攻击在短时间内结束作战的思想，导致日军不仅轻视防御，甚至对持续战斗所必需的补给、兵站也缺乏足够重视。结果，不管日本陆军的精锐兵团拥有多么强悍的战斗力，都因为补给不良而陷入困境，不能充分发挥战力。在海上，日本海军平时对海上护卫的研究不充分，导致海上护卫兵力质量低下，造成运输资源困难，还因此损失了大量兵员、武器。在1945年参加菲律宾、伊洛瓦底、冲绳等战役的日军部队中，就充斥着先前在海运中损失大量装备或兵员的实力缩水的部队，海运困难使各部队难以得到充足的装备或兵员补充，日本陆军就在这种惨淡的情形下同盟军展开了最后决战。
日本陆海军对补充、补给的考虑很不周全，而补充、补给的不足大大增加了日美两军战力的差距。日本陆军一味重视“必胜的信念”，将其作为一种不可动摇的信仰，那些指出己方缺陷的人被视为受“败战主义”影响的败类。日本海军也执着于大舰巨炮主义，而忽视海上护卫。日本陆军重视攻击，经常将持久论者视为懦夫，使攻击论者的主张难以受到抵制，结果无谋的攻击一次又一次地发生，这在冲绳战役中体现得非常典型。
在战略上日军明显缺乏创造性和灵活性。创造性的缺乏体现在航空作战、岛屿上的地面部队的编成装备不完善等方面。欠缺灵活性的日军一味重视攻势、前进，却不擅长如俄国人面对拿破仑的军队时实施的那种灵活的退却战略。像太平洋战争这种在广大地域上进行的战争中，放弃不利地域而在有利地域战斗是理所当然的做法，但日军固执于已占领的地域，兵力过于分散。
马尼拉南方的美军补给基地内堆积的大量物资。从军需物资的数量可以看出日美双方在物质方面存在巨大的差距。物质差距的背后是更为根本的各种“软实力”的差异
总之，日军在战略上的严重缺陷，源于对战略的研究和教育不充分，特别是陆军大学教育偏重战术，在陆军大学之上没有从事战略的研究和教育的机构。