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日本的战争指导者和前线部队的指挥官中本就充斥着许多庸碌无为或愚蠢狂妄之徒，他们在这场战争的最后阶段继续摧毁日军的根基，甚至变本加厉，留下了许多丑陋的记录。例如，第四航空军司令官富永恭次，在美军登陆林加延湾时居然抛下部队逃离吕宋岛。
参加吕宋防御战的第二十三师团步兵第七十一联队的继任联队长林安男，对指挥作战一窍不通，为人胆怯，在作战期间始终躲藏在司令部洞窟内，所谓“指挥”不过是反复逼迫部队实施挺身突击战斗，以白白牺牲人命为代价来增加自身的“荣誉”，还故意安排不愿服从命令的部下执行送死的任务，企图假美军之手杀人。这样的恶人，却被山下奉文奉承为“应该获得金
勋章”。
在吕宋岛和冲绳岛，这种对持久战略的干扰和破坏严重削弱了日军的战力，在很大程度上减轻了美军的损失。在吕宋防御战中，第十四方面军司令部在持久和决战之间摇摆，使日军在林加延湾周边的防御战中消耗了大量战力，甚至多次出现明显违反军事原则的胡乱指挥。例如，命令第二十三师团步兵第七十一联队第二大队在所谓“卡巴鲁昂丘”占领阵地，该地实际上只是覆盖树林的平地，根本不适合作为防御阵地，该大队毫无悬念地在“卡巴鲁昂丘”被全灭。此外，方面军还让数个步兵大队对登陆林加延湾的美军实施大规模挺身突击战斗（违反挺身突击战斗应以小股精干部队实施的原则），仅步兵第七十一联队的畠中大队就战死大队长以下350人。结果，步兵第七十一联队的三个步兵大队一下子就丧失了两个，所谓“联队”几乎成了空架子。
在缅甸战场，决战与持久战之间的矛盾表现得更加明显。缅甸方面军的任务本来是避免决战进行持久战，然而方面军的参谋长、原大本营作战部长田中新一，制订了宏大但脱离现实的决战计划，结果缅甸方面军从1945年1月至3月，在缅甸中部的伊洛瓦底江畔同拥有压倒性优势的盟军进行了毫无胜算的会战，蒙受了重大打击，导致缅甸的防御全面崩溃。
在日本陆军中，参谋尤其是作战参谋拥有极大的权限。日军的参谋经常脱离实际，表现得无谋、粗暴，甚至残暴。他们的无能、狂妄在1945年依然给日军带来极大的灾难，前述的缅甸方面军的田中就是一例。
与英美军队相比，日军的高级指挥官普遍属于顽固且优柔寡断的类型，缺乏果断且善于随机应变的特质。日军的作战计划过于详细，缺乏变通性，各级指挥官通常严格执行计划，难以应对预想之外的情况。再次以缅甸战场为例，日军在伊洛瓦底会战中的高级指挥官和高级司令部的幕僚的反应，同英帕尔会战时一样僵硬迟钝。
反观英军的指挥，无论是在缅甸中部的伊洛瓦底会战中，还是前一年发生在缅北的英帕尔会战中，都表现出了很高的指挥水准，与日军形成了鲜明对比。英军各名高级指挥官之间的协同合作、人际关系，也远远好于日军。不仅如此，英军的高级指挥官以斯利姆中将为首，会多次进入第一线观察情况、沟通意见和解决问题。与此相反，日军的高级司令官很少亲临前线视察，即使亲临前线，也往往不得要领，无甚作用。
日军指挥和参谋系统的顽固、僵化的程度令人吃惊。轻视情报工作、轻视兵站、对盟军的战力估计过低、海陆军之间的不和、痴迷于决战、进攻和夜间挺身突击等病症，到1945年仍未得到实质性改善，以往的败因被一再重复。
与愚蠢无能的高层不同，日军第一线部队的下级官兵经常为缺乏弹药、粮食等各种物资的窘状所苦，仍然能够拼死战斗，盟军指挥官也对日军下级官兵的斗志惊叹不已。斯利姆将军评论说：“日本陆军的厉害之处不在于上层，而在于士兵的士气。他们会战斗到死，一直前进……这才是日本陆军令人胆寒、无人能及之处。”对于日军的高级指挥官，斯利姆则认为：“（他们）拘泥于最初的计划，缺乏因应实际情况的能力，也欠缺坦率地承认错误的精神方面的勇气。”他甚至挖苦说：“日军高级司令部对我方的胜利厥功至伟。”