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奥田中队的夜袭失败5天后，在7月16日，日比搜索联队奉命向后方的邦都道54公里地点的复廓阵地预定地点撤退。通过“39公里”地点时，联队长亲率的官兵只有10多人，后续各队因为美军已进入当地周围一带，终于未能追上联队长一行，只好避开美军控制下的邦都道，沿着西方溪谷艰难北上。在这次撤退时，步行困难的士兵被留下并发了自爆用的手榴弹。
第二中队长今井是与联队本部人员分离的日比联队各队军官中的最资深者，成为各队事实上的总指挥。长达4个多月的山岳战中，联队各队一直为补给匮乏所苦，只能以山中的野草为食。在困顿至极的处境下，今井曾想跟作业队队长大野直良一起自杀。不过，他到底还是硬撑着带领部队继续在山岳中转战。
在此之前，在奥田第一中队重创美军坦克车队的6月下旬，今井第二中队也在精心侦察之后，急袭了美军的营帐，从美军阵地夺取了大量粮食。当时日军接近美军营帐时，从里面传来音乐和谈笑的声音，美军显然处于无警戒状态。日军的机枪突然开始扫射，美国兵慌忙逃出营帐，日军冲进去获取了必要物资，然后迅速撤退。日军无一伤亡，返回预定集结地点，然后分配了罐头、香烟、日用品等，吃了一顿奢华的早餐，在饥饿线上挣扎的士兵又恢复了生气。
更为大胆的是后来策划的袭击美军司令部营帐的计划。与联队本部分离，被留在敌后的日比联队官兵共有50人左右，不得不勉力“自活自战”。后来，今井召集下士官以上的全体人员开会，表示与其坐等饿死，不如跟美军拼死一战，决心以全体人员向美军突击，强袭美军的司令部，获取美军司令的“首级”。今井还告诉与会者，根据可信情报，美军司令部距离他们所在的地方只有12公里。与以往部队内任何会议不同的是，这次今井请大家表示赞成或否定的意见，也就是俗称的“投票”，在部队里遇到这种事情，对与会者来说还是第一次。结果，他们大多表示同意。
为了准备这最后一战，在作战开始3天前，他们还派出了几组野猪狩猎班。就在狩猎班准备出发时，他们得知天皇将在广播中讲话，决定全体听完广播再出发狩猎。可是，广播开始不久，他们刚听到“接受《波茨坦公告》”，广播就中断了。原来在这个节骨眼儿上电池没电了。一名士兵解开裤子，往电池里注入小便以“补充硫酸”，但没什么用。结果，狩猎班在对广播内容迷惑不解的情况下出发了。
打猎归来后，部队便着手进行急袭美军司令部的准备。这时部队的总兵力已经减少到40人左右。但半数士兵因营养不良和罹患疟疾不适合参与挺身突击行动。夜晚，可以出击的20人集合、排队。队伍刚要出发，突然下起暴雨，山道化为泥泞，行动已不可能，只好暂时推迟出击。以往每天都会飞来的美军观测机的爆音消失了，周边的山岳恢复了寂静。
队内4名军官之一大野说：战争是不是已经结束啦？但今井判断“这可能是敌人新的大攻击前的准备期的征兆”。意见不能统一。这时有人说不如问问钱仙，获得了大家的一致同意。最后由担任召唤钱仙角色的4名军官之一，第一中队长深津决定占卜结果。结果是“战争结束了”。在邦都道沿线，日比联队共有259人战死。
7月11日，麦克阿瑟宣布菲律宾战役结束，剩下的只有扫荡战而已。但实际上吕宋岛的战斗远不止于扫荡战。不可思议的是，到了战事的这个阶段，仍有一些日军部队在吕宋北部进行着令解放者头疼的顽强抵抗。例如美军第六师于7月12日占领了基昂岸之后，立即开始攻击防守附近棱线的勤兵团（第一〇五师团），企图进入阿辛峡谷，却在装备恶劣、营养不良的守兵的拼死抵抗下，开始了在吕宋战役任何时间、任何地方从未经历过的艰苦至极的山岳战，长期停滞不前。
尽管美军在一日内即向日军据守的山岳阵地发射了数千发炮弹并进行了空中轰炸，到8月上旬日军仍能守住阵地。到8月15日战争结束时，第六师第二十步兵团仅仅从基昂岸前进了3英里。最终，在经过一个多月的苦战后，美菲军没有一兵一卒能够突入阿辛峡谷。另外，战力损耗严重的虎兵团也在持续阻滞美菲军的进攻，在以白薯和野草为食的同时，不断在夜间实施挺身突击。该师团的须贝山炮中队到战争结束时，还能保有少数75毫米炮和约50发炮弹。
7月30日，美国兵遭到日本兵近距离集中射击。这些美国兵是追击日军到阿格诺河河谷中的第一二六步兵团的士兵
在菲律宾战役中，日军战死者数量庞大，虽然关于具体的人数说法不一，但都接近50万。根据日本厚生省在1964年的计算，日军在菲律宾防御战中总计死亡498600人。美军在解放菲律宾战役中共阵亡14000人、受伤48000人，计62000人。在太平洋战争中，菲律宾人（包括游击队）死亡达百万人。
在吕宋岛的地面作战中，日军在“尚武集团”地区共死亡127300人。在吕宋战役的最初两三个月，“尚武集团”的死亡者以战死居多，后来则大都是饿死、病死者。虽然代价极为高昂，山下兵团还是将持久战进行到底，并且在相当程度上达到了作战目的，即牵制、消耗美军以推迟盟军进攻日本本土。