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日军在莱特战役中一败涂地，被寄予厚望的“捷”号作战遭到了无法挽回的全面惨败，使日军彻底失去了在太平洋战区夺回主动权的希望。此次惨败使日本海军的水面舰艇战力剧减，日军的航空兵力也丧失了有组织的战力。为挽回败局，日军将航空兵力转用于特攻作战，“神风特攻”战术成为日本航空兵在最后关头倾尽全力奋力一搏的垂死挣扎，但特攻作战的策划和实施使日军的航空兵力极度弱化，使飞行员的数量也急剧减少。
美军为了加强对日方海上交通路的切断，以及实现三年前麦克阿瑟将军的郑重承诺，准备登陆吕宋岛，占领菲律宾首都马尼拉，以完全解放菲律宾全境。美军进攻菲律宾中部将导致“大东亚共荣圈”一分为二，会完全切断日本本土同南方的海上交通，使南方的丰富资源，包括荷属东印度群岛、马来半岛等地资源，无法从海上供给日本本土，这也意味着日方扭转战局的一切希望彻底消失。
美军计划在开始进攻吕宋岛之前，先占领位于菲律宾中部西侧、马尼拉南方的民都洛岛。麦克阿瑟将军采取的战略方针一向是使进攻目标处于己方航空兵力的压制范围内。确保民都洛岛的航空基地，就能掩护吕宋岛林加延湾的登陆作战。满载民都洛岛登陆部队的大舰队经莱特南方的苏里高海峡出发，在途中遭到特攻机的攻击。1944年12月13日，一架特攻机撞上了旗舰“纳什维尔”号，造成民都洛岛登陆部队指挥官W.O.丹格尔准将及其参谋被破片击伤，舰内死亡130余人、负伤190人，该舰无法进行战斗行动。不过舰队还是抵达了民都洛岛附近海面。
部队立即开始登陆。其间，日军的特攻机连续向舰队袭来，舰船的损失不断增加。但是到12月23日，美军修好了两座机场，可以供飞机起降。从“纳什维尔”号开始，到林加延湾登陆大体完成的1月13日，从菲律宾和中国台湾的基地出击的大量特攻机袭击了美军舰队，击沉24艘舰船、击伤67艘，造成1650名美军死亡、1800人受伤。疯狂的特攻作战给美军带来了空前的恐惧，不过与出击规模相比，取得的战果远远不如日方所期待的成果，这是因为大部分特攻机被搭载的炸弹影响了飞行速度，结果在到达目标之前就被美军的战斗机或防空炮火击落。
随着民都洛岛被占领，此后日军停止了向菲律宾运送增援，同时马尼拉湾也丧失了作为从南方地域出发的船队的暂泊地的功能。至此麦克阿瑟将军在西南太平洋的作战，即将进入最后阶段，通往吕宋岛林加延湾的大门已经被打开。
美军的吕宋北部登陆作战的海军部队指挥官，是第七舰队司令T.金凯德，其下配属了J.奥尔登多夫以下4名司令指挥的舰队。在其护卫下，W.克鲁格将军的第六集团军将与莱特岛上一样展开横阵实施登陆。左翼是第一军，右翼是第十四军。第五航空军的战斗轰炸机部队也参加行动。加上陆军的强大预备队，这些陆、海、空军的总指挥是麦克阿瑟将军。
美军已经预测到当己方实施林加延湾登陆作战时，日军将投入驻菲律宾的全部航空战力，并采用从莱特开始的特攻战术。果然，在奥尔登多夫司令护卫下的登陆舰队向林加延湾进发的次日，日军的特攻机就冲向了奥尔登多夫的舰队，撞中了护卫航母“奥马内湾”号，致使该舰无法航行，只好由美国海军自己击沉。次日特攻机再次来袭，护卫航母“马尼拉湾”号、“萨沃岛”号，巡洋舰“路易斯维尔”号、“澳大利亚”号，驱逐舰“阿兰达”号，护卫舰“斯塔福德”号等，因被特攻机命中或在近处自爆而受损。
1月5日，日军潜艇向麦克阿瑟将军搭乘的巡洋舰“博伊斯”号发射了2枚鱼雷，该舰通过巧妙的操纵躲过了鱼雷。但接着在6日，日军实施了最大规模、最为恐怖的特攻攻击，美军最内层的16艘舰船被特攻机命中。奥尔登多夫司令搭乘的战列舰“加利福尼亚”号，僚舰“新墨西哥”号严重受损，巡洋舰“哥伦比亚”号、“路易斯维尔”号受重创。当天，日军特攻机编队展现出了优秀的技术，背朝山脉掠过海面飞来，为了给美军的雷达造成混乱，还投下了金属条。
搭载登陆兵团的舰队不顾损失，继续前进。1月9日拂晓，整个舰队抵达了林加延湾。登陆部队将在预定登陆时刻即上午9时30分，在12英里正面的海滩登陆。美军并不知道，有一支日军的陆军水上特攻队（正式名称是“海上挺进第十二战队”）正在位于林加延湾西方的海边小村斯阿鲁的秘密基地内待命。陆军水上特攻队装备了秘密开发的水上特攻艇，这种小艇由胶合板制成，艇长仅5米左右，搭载着250公斤炸弹，使用方法是以20节的速度突入美军的舰队将敌舰炸沉，战斗方法是在事前展开于预计的美军登陆海岸线，在攻击前极力隐匿基地，发现美军来攻后利用夜暗，舟艇队一举大量出击，向目标舰队突进。
美军登陆吕宋岛之前，日军已经在以被认为美军最有可能登陆的吕宋南部的八打雁湾为中心，部署了海上挺进第六、第十三、第十四、第十五、第十六战队，在东部的拉蒙湾部署了第七、第八、第九、第十战队，在马尼拉湾部署了第十一、第十七战队，在北部的林加延湾只部署了第十二战队。
1月6日，第十二战队得知美军舰队进入了眼前的林加延湾。这是在美军的吕宋岛进攻兵团进入林加延湾之前，担任湾内一带扫雷任务的护卫舰队的一部分。接着在7日和8日，护卫舰队主力和满载登陆部队的舰队群进入湾内，湾内变得黑压压一片。
护卫舰队的全部主炮和副炮在舰队进入湾内的同时开始射击，预定登陆的海岸线一带遭到猛烈炮击，数百门大炮喷出的齐射闪光和巨大的海啸般的轰响始终充斥着湾内，成为炮击目标的海岸线一带，被连续冒出的火柱和浓烟笼罩。堆积在沿岸的数量庞大的军需品也燃起大火，海岸在瞬间化为修罗场。
其间，位于斯阿鲁秘密基地的陆军水上特攻队第十二战队，也遭到接近海岸线的一部分美军舰艇的炮击，开始出现死伤者。战队长高桥功最后在9日半夜决定全艇出击，以便击沉美军运输船。
队员进入舟艇，开始发动引擎后，发现一些舟艇由于美军舰艇群的炮击而引擎受损、发生故障，无法全艇一齐出击。无法出击舟艇的艇员要求同乘可动舟艇，于是改为一艘舟艇搭乘两人，最后有40余艘做好了海上特攻作战的出击准备。
攻击进发的时刻被定为1月10日零时。当晚林加延湾风高浪急，为了妨碍日军特攻机编队的攻击，防空武器发射的无数曳光弹构成了弹幕，这猛烈的弹幕表明美军舰队的注意力集中于空中。零时，第十二战队特攻艇队的全部可动艇一齐出发。大浪掩护了特攻艇群，小艇的艇影难以被辨识。各艇保持着一定距离，直奔美军舰队的暂泊地点。
最初的直进队形不久便转变为散开的态势，各艇犹如猎犬，各自向眼前黑乎乎的巨大船影冲去。这时猬集于林加延湾的美军吕宋岛进攻舰队，全部注意力都被吸引到头上的夜空中。为了妨碍日军特攻机编队的来袭，护卫舰队的全部防空炮火都在不停地发射照明弹和曳光弹，光芒照亮了夜空。接近2时，美军舰队中突然出现了不可名状的混乱。美军发现数十艘小型“鱼雷艇”逼近暂泊于湾内的舰队。接下来，在发出警报的同时，全部舰艇都将炮口指向日军“鱼雷艇”群，舰上的机枪乃至步枪都开始乱射，海上升起了若干火柱。然而，日军的特攻艇即使艇体燃起烈火也没有停止直进，美军船员们的脸上现出了恐怖之色。
猛烈的弹雨向海上的艇群倾泻。美军所看到的日军小艇，比鱼雷艇更小一些，排水量只有1.4吨。但这种小艇的两舷各搭载着一颗炸弹。这些小艇在动用了一切武器的美军舰艇的猛烈射击下，直向舰队冲来。
林加延湾的海上突然被爆炸声震撼，同时升起了猛烈的火柱。这最初的爆炸来自坦克登陆舰“925”号的舷侧。接着驱逐舰“鲁滨孙”号也喷出了火柱。几乎在同一时刻，另一艘驱逐舰也被爆烟笼罩。接着又有几艘船只被命中发生爆炸。湾内的混乱达到顶点。
当湾内的混乱停止时，天已微明。日军的袭击小艇群已经全部消失，但是从深夜开始的水上战斗在周围留下了毁灭的痕迹。有一艘运输船在遭到特攻艇的攻击后很快便一边喷着火柱，一边沉没。另有8艘舰船被命中，从舷侧的破坏孔喷出烈焰，其中有的濒临沉没。海上挺进第十二战队战死45人，只有2人幸存。
另外，展开、布阵于从林加延湾的东方海岸线到内陆丘陵地带的日军部队，被从凌晨2时左右突然出现的几股巨大火柱和爆炸声惊动，他们不知道是什么部队在进行何种形式的攻击，但是将目击的美军舰船群的混乱和确认的火柱数量报告给了上级司令部。
就这样，陆军海上挺进队第十二战队以全部可动艇实施的水上特攻作战，打了美军舰船群一个措手不及，取得了击沉、击伤美军舰船合计9艘的战果。不过，最前线的各师团正为准备防御作战而忙得焦头烂额，没有将水上特攻队的出击情况报告给方面军司令部，事前承诺的将出击队员全体特晋两级之事也无人过问。