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康熙亲政后，很快，索尼也去世了，苏克萨哈被杀，四大辅臣只剩下一个无足轻重的遏必隆，鳌拜更加肆无忌惮，为所欲为。按照班次，在朝堂上，应该是鳌拜在遏必隆左边，而遏必隆在鳌拜右边，但在一次上朝时，遏必隆特意后退，低头哈腰地向鳌拜谦让说：“我怎好上座？”鳌拜听完后，大为得意，随即也不推辞就上座了。鳌拜的党羽在上奏列名时，更是直接将鳌拜放在遏必隆前面，鳌拜的爵位也不断提升。康熙六年时，鳌拜受封通火一等功，康熙七年时，更是直接擢升为太师。直到清朝灭亡，也只有鳌拜和遏必隆有这一称号。
慢慢地，鳌拜越发嚣张了，他的势力遍布朝廷内外，所有的政事，都要先在他的家庭内部商讨过后，再进行实施，对于朝廷官员的任命，完全按照鳌拜的喜好来。比如，有史料记载，康熙曾任命了马希纳为户部尚书，但是鳌拜坚决将自己的侄子玛尔迩赛补任，这就造成了一个职位两个官员的情况，后来，他的侄子更是连户部大权也抓住了。
最让康熙看不过去的是，鳌拜经常在朝堂上当着康熙的面大声训斥下面的官员，俨然一副自己才是天子的模样，康熙意识到，如果不铲除鳌拜，将对自己的政权有巨大的威胁。
事实上，在康熙已经亲政时，鳌拜就不想归政于他。当时在康熙宫廷中的法国传教士白晋记载说：“在康熙十五六岁时，四位摄政王中最有势力的宰相（即鳌拜），把持了议政王大臣会议和六部的实权，任意行使康熙皇帝的权威，因此，任何人都没有勇气对他提出异议。”此时的鳌拜已经对康熙的皇权构成了严重威胁。
康熙决意铲除鳌拜集团，但要达成目的，还需要一个完善、周全的计划，鳌拜党羽已经遍布朝廷内外，行动稍有不慎，必将打草惊蛇，酿成大变。康熙决定不露声色，于是挑选一批身强力壮的亲贵子弟，在宫内整日练习布库（满族的一种角力游戏，类似摔跤）为戏。鳌拜见了，以为是皇帝年少，沉迷嬉乐，不仅不以为意，心中反而暗自高兴。康熙八年（1669年）五月，清除鳌拜的时机终于到来。康熙先将鳌拜的亲信派往各地，离开京城，又以自己的亲信掌握了京师的卫戍权。这时康熙皇帝早已布好六连环计策，意在生擒鳌拜。
六连环计策：
一连环：康熙和孝庄太皇太后联同爱新觉罗家族、赫舍里氏家族、钮钴禄氏家族。三大家族合并，共同对付鳌拜。
二连环：索尼之子索额图奉命调任康熙侍卫，当天索额图在门外站岗，缴了鳌拜的武器。
三连环：鳌拜所坐的椅子，右上角的腿是锯断又简单黏合的。因为他面圣，身子要朝皇帝那方倾斜，因此这折了的腿不会用上力。
四连环：十几个布库少年中，最厉害的两个，一个在椅子后面服侍；另一个则端上在开水中煮了一个多时辰的茶杯，给鳌拜送茶。
五连环：将生擒鳌拜的地点选在宽阔的武英殿。
六连环：将训练好的十几名布库少年藏于武英殿内。
此前，康熙召集身边练习布库的少年侍卫说：“你们都是我的股肱亲旧，你们怕我，还是怕鳌拜？”大家说：“怕皇帝。”一群小毛孩子，其实他们连鳌拜是谁都不知道。
擒拿鳌拜当天，鳌拜受皇帝召见，进入武英殿。在门外，索额图让他交出武器。鳌拜大意了，心想：就算交出去他们也奈何不了我，再说一个小皇帝能把我满洲第一勇士怎么样呢？于是交出了随身佩剑。鳌拜来到武英殿之上，康熙一声令下：赐座！鳌拜就坐在了那经过改装的椅子上。鳌拜身体向着皇帝，下面都按照原定的计划进行，功夫第二好的布库少年乔装成太监给鳌拜送茶，鳌拜接过茶杯，拿盖子的时候，觉得非常烫，要把茶杯摔了。但他不敢冲皇帝，因为那样是大不敬。身子就靠向了那条残废的椅子腿，这时，椅子后面的布库少年用力一推椅子，使鳌拜整个身子连同茶杯都摔在了地上。布库少年大喊：快来救鳌少保！这时早已埋伏好的十几个布库少年一拥而上。鳌拜还天真的以为他们是来扶自己的，哪想到他们竟是要擒拿自己！当把鳌拜弄得不能动弹了，康熙突然起身，读起鳌拜的三十大罪状来。当念到“凌迟处死”时，鳌拜挣脱了这十几个孩子。脱下上衣，露出了满身的伤痕。指着康熙皇帝：“我鳌拜一辈子，哪一天不是为了你们爱新觉罗打天下！你们却如此对我！”康熙原定的凌迟处死鳌拜，已经不能实现了。后来经各大臣的建议，改为了终身监禁。一代骁将就这样戏剧性地败在一群少年手下。
当鳌拜在监狱中度过的第一个月，就是他一生经历的两起两落的最低谷。他天天在想为什么，越想越生气，越生气越想，最后于1669年被自己活活气死在监狱之中。
鳌拜被擒后，其党羽也被迅速控制起来。智擒鳌拜这一年，康熙刚满16岁。
从公平公正的角度来说，鳌拜在辅政期间，还是有不少功劳的，况且，他也没有篡位谋利，也没有贪污受贿，对于清廷来说，他也是有功之人，康熙五十二年，当康熙已到晚年时，他仍然提到鳌拜：“忆及数事，朕若不言，无敢言之人，非朕亦无知此事者……我朝从征效力大臣中，莫过于鳌拜巴图鲁者……鳌拜功劳显著，应给世职。”
这些话的背后透露着康熙对鳌拜一生功劳的肯定，也表现了他当时擒拿鳌拜的无奈，也正因为此，康熙才没有立即处死他。雍正帝登基后，“赐鳌拜祭葬，复一等公，世袭罔替”，并于雍正九年加封超武公。
就这样，康熙终于从真正意义上开始亲政了，虽然大权在握，但少年天子的他也知道，前面的路并不平坦。