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在铲除鳌拜及其党羽的势力后，清廷内部的异己势力才算基本上被肃清。16岁的康熙帝放眼四方，却发现天下却并未太平。台湾在郑成功之子郑经的统治下还未归化，屡次侵犯东南沿海；沙俄势力也在东北蠢蠢欲动；蒙古部落也不安稳，总有战乱的苗头，而问题最为严重的要数南方的三藩势力了。“三藩”，是指三个割据一方的汉族藩王，即云南平西王吴三桂、广东平南王尚可喜、福建靖南王耿精忠，他们位处边疆，但素有野心，为了安抚他们，朝廷每年要花费大量的粮草金钱。
清朝三藩的出现，要和清初的政治形势有关。
清军在进入山海关后，由于自身八旗兵兵力不足和中国地域的广大，只能利用投降的汉军和汉军将领，作为攻击李自成大顺军和南明的先锋。在投降的将领中，以吴三桂、耿仲明、尚可喜三人的功劳最大，被清廷封为王爵，他们所率的部队成为八旗军以外的重要力量。经过二十多年的战争，农民军最后失败投降，南明政权也因腐朽而垮台。鉴于三支部队的功劳，清廷决定让八旗主力在北方，而南方就由这三位将领镇守，这样，吴三桂驻守云南、尚可喜驻扎广东、耿精忠驻扎福建的三藩局面就形成了。
尚可喜原是广鹿岛副将。孔有德、耿仲明叛投后金后，引清军攻破旅顺，尚可喜全家殉国。后尚可喜因受上司排挤叛投后金。崇德元年，清封尚可喜为智顺王，顺治六年，改封平南王，率所部随大军下广东，遂留镇广东。
耿仲明先世为山东人，徙辽东盖州卫。明登州参将，与李九成、孔有德同为毛文龙旧部。毛文龙死后隶属登莱巡抚孙元化麾下，孙元化将李、孔、耿所部编练为登州新军，恩遇有加。崇祯四年（1631年）八月，祖大寿受困大凌河城内。孙元化急令孔有德以八百骑赶赴前线增援，孔有德抵达吴桥时，因遇大雨雪，部队给养不足，吴桥县拒绝为孔部提供给养，有一士兵强取士绅王象春家仆一鸡，孔有德畏惧王家势力，下令将该士兵“穿箭游营”，众士兵群情激愤，击杀该家仆。李九成因将孙元化交给他的公款赌博挥霍，无法交差，遂煽动孔有德发动叛乱。耿仲明打开登州城门迎接叛军，出卖了孙元化。崇祯六年（1633年），叛乱失败，李九成被击毙，耿仲明与孔有德一道叛投后金。崇德元年（1636年），清封耿仲明为怀顺王，顺治六年（1649年），改封靖南王，偕尚可喜进军广东，于途中因窝藏逃人畏罪自杀。其子继茂袭封，后移镇福建。康熙十年（1671年），继茂卒，其子耿精忠袭封。
而三藩中势力最强的要数吴三桂。吴三桂乃江苏高邮人，籍辽东山海卫。其父吴襄为崇祯时锦州总兵，三桂以武举随征，因战功及父荫，官都指挥。后吴襄坐失战机下狱，擢三桂为总兵，守宁远。崇祯十七年（1644年）三月初，李自成军破大同、真定，京师戒严。明崇祯帝封吴三桂为平西伯，飞檄率所部入卫京师，并起用吴襄提督京营。三桂令步骑先入关，亲率精锐殿后。十六日抵山海关，二十日到丰润，闻京师已陷，入卫兵皆溃，三桂引兵还顿山海关。李自成派降将唐通携银四万两犒三桂军，并胁吴襄作书招降。三桂率兵西至滦州，闻其爱妾陈圆圆为李自成军部将刘宗敏掠去，即回师山海关，秘密遣使上书睿亲王多尔衮，请清军入关讨李自成。
三藩为清廷平定南方立下了汗马功劳，他们在所镇守的省份权力甚大，可以辖制、影响当地地方官员，并可掌控自己的军队、掌握地方税赋等。
三藩拥有自己的军队，独立的财政，以及地方的实际统治权，其实已经“势成割据”。其中，平南、靖南二藩各有兵力15佐领，绿营兵各六七千，丁口各2万；平西王所属兵力53佐领，绿营兵1.2万，丁口数万。
吴三桂自视功高盖世，兵强马壮，四方精兵猛将多归其部下，吴三桂甚至有权调迁别省官员来云贵任职的权力，在魏源的《圣武纪》中就有：“其所除授号日西选，西选之官几满天下”。对此，朝廷不少刚正不阿的官员挺身而出、仗义执言，但吴三桂势力太大，朝廷为了安抚这些藩王，很多弹劾也就不了了之了。
此时，三藩势力几及全国之半。
但全国统一后，三藩却已成尾大不掉之势，拥有过大的兵权、财权和地方政治影响力，甚至，一定程度上可以与清廷分庭抗礼，成为了清王朝内部的极大不安定因素。
三藩官员的俸禄、军队的开支巨大，这给清政府的财政带来巨大的负担，尽管朝廷对他们采取安抚、优待的态度，比如，清政府就曾对吴三桂下令“户部不得稽迟”“绌则连章入告，既羸不复请稽核”，但藩王并未因此而收敛，反而变本加厉，以各种名目向朝廷要钱。早在顺治帝时，在户部的奏书里就有：“国赋不足，民生困苦，皆由兵马日增之故，以致各省挽输，困苦至极。合计天下正赋，止八百七十五万余两，而云南一省需银九百余万，竭天下之正赋，不足供一省之用。”再加上福建、广东，朝廷每年要向三藩支付高达两千余万两饷银。
吴三桂自恃势重，益骄纵，踞明桂王五华山旧宫为藩府，增崇侈丽，尽据明黔国公沐氏旧庄七百顷为藩庄，圈占民田，迫令“照业主例纳租”，并“勒平民为余丁”“不从则诬指为逃人”。又借疏河修城，广征关市，榷盐井，开矿鼓铸，垄断其利，所铸钱，时称“西钱”。吴三桂专制云南十余年，日练兵马，利器械，暗存硝磺等禁物。通使达赖喇嘛，互市茶马，蒙古之马由西藏入云南每年数千匹。他遍布私人于水陆要冲，各省提镇多有心腹。部下将士多李自成、张献忠余部，勇健善斗。其子吴应熊为额驸，朝政巨细，可以旦夕密报。于是，吴三桂自以为根蒂日固不可拔，朝廷终究不会从他手中夺去云贵。
耿精忠袭封王爵后，纵令属下夺农商之业，“以税敛暴于闽”，纵使其部下“苛派夫役，勒索银米”。又广集宵小之徒，因谶纬有“天子分身火耳”之谣，妄称“火耳者，耿也。天下有故，据八闽以图进取，可以得志”。
尚可喜在广东令其部属私充盐商，又私市私税。广州为对外通商口岸，“每岁所获银两不下数百万”。尚可喜对清廷比较效忠，但年老多病，将兵事交其子之信。尚之信素性桀骜，横暴日甚，招纳奸宄，布为爪牙，罔利恣行，官民怨恨。又酗酒嗜杀，常在其父面前持刃相拟，所为所行，日益不法。至此，三藩各据一方，互通声气，广布党羽，实际上已成为割据势力。