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皇权越是疏远名士和知识分子，信任宦官、外戚，双方的矛盾就会愈加激烈和深化，这样看，“清流派”与宦官、外戚的矛盾，本质上是皇权与名士集团的矛盾。从而造成以大姓名士为核心的“清流派”势力，利用经学对皇权进行批评，从而拉启了清、浊两派斗争的序幕。
两汉经学的传统和信条是“公天下”、“让贤”、“禅让”和“汤武革命，顺乎天而应乎人”。在经学家看来，皇帝个人只不过是“天革靡常”的工具而已。一旦皇帝脱离了经学的信条，违背了社会整体利益，就可以下台了。
《汉书·盖宽饶传》记载西汉宣帝时，盖宽饶上书说：“五帝官天下，三王家天下，家以传子，官以传贤，若四时之运，功成者去，不得其人则不居其位。”盖宽饶的要求，触动了皇权的大忌，以致被迫自杀，这个事件才平息下去。不过盖宽饶虽自杀，但他敢于这样肆无忌惮地提出让权要求，反映了已经强大起来的豪族知识分子势力的崛起。宣帝过分依赖刑律法制和宦官，这才引起了士大夫官僚的不满。
西汉元成之交，政治黑暗腐败，社会矛盾激化，西汉王朝面临着空前的危机。《汉书·谷水传》记载元延元年（前12），谷水向成帝上书，再次警告说：“臣闻天生蒸民，不能相治，为立王者以统理之，方制海内非天子，列土封疆非为诸侯，皆以为民也。垂三统，列三正，去无道，开有德，不私一姓，明天下乃天下之天下，非一人之天下也。”如果皇帝失德，恣意妄为，“终不改寤，恶洽变备，不复谴告，更命有德”。谷水的话说得更暴露，直接点出了“（天下）非一人之天下”，一旦皇帝无德，可以立刻更换。
西汉成帝时，甘忠可甚至伪造《天宫历》和《包元太平经》，宣称：“汉家逢天地之大终，当更受命。”这是直接向皇权施加政治压力，目的是要求把政权从外戚手里夺过来，变成士大夫和整个豪族地主的公利品。
这些都反映出西汉时期，经学力量的增强和知识分子阶层地位的提高。到了东汉，这种趋势愈加明显。
东汉和帝以后，随着皇权对外戚和宦官的日益依赖，大姓名士凭借经学对皇权的批评，以及对外戚、宦官势力的斗争越来越激烈了。《后汉书·丁鸿传》记载和帝时，外戚窦宪专权，司徒丁鸿上疏说：“今大将军（窦宪）虽欲敕身自约，不敢僭差，然而天下远近皆惶怖承旨，刺史二千石初除谒辞，求通待报，虽奉符玺，受台敕，不敢便去，久者至数十日。背王室，向私门，此乃上威损，下权盛也。”这是当时的大姓名士，兼大官僚的丁鸿对外戚专权的公开指责。
《后汉书·杨震传》记载安帝时，宦官樊丰及侍中周广、谢恽擅权，作为大姓名士的太尉杨震上疏说：“地者阴精，当安静承阳，而今动摇者，阴道盛也。其日戊辰，三者皆土，位在中宫，此中臣近官盛于持权用事之象也。”杨震将宦官比作阴，指出阴盛则阳衰，实质上是说，宦官权力过大必然威胁皇权，造成天下大乱。
《后汉书·左雄传》记载顺帝封乳母宋娥为山阳君，外戚梁冀为襄邑侯，名士左雄上疏皇帝，假托地震天灾，警示皇帝不能任人唯亲，指出“王者可私人以财，不可以官”。
到了顺帝阳嘉二年（133)，名士李固、黄琼、杜乔反对宦官、外戚的斗争，显得更加典型与激烈。《后汉书·李杜列传》记载李固向顺帝上书说：“今梁氏戚为椒房，礼所不臣，尊以高爵，尚可然也。而子弟群从，荣显兼家，永平建初故事，殆不如此。宜今步兵校尉（梁）冀及诸侍中还居黄门之官，使权去外戚，政归国家，岂不休乎！”接着开始指责宦官：“而中常侍在日月之侧，声势振天下，子弟禄仕，曾（增）无限极。虽外托谦默，不干州郡，而谄伪之徒，望风进举。今可为设常禁，同之中臣。”
这次李固的上书，不再单指某人，而是直接指向外戚和宦官集团，要求皇帝“去外戚”，“罢退宦官，去其权重”，这样，才能“论者厌塞，升平可致也”。杜乔的言论比李固更为尖刻，上书说：“今梁氏一门，官者微孽，并带无功之绂，裂劳臣之士，其为乖滥，胡可胜言！夫有功不赏，为善失其望；奸回不诘（处罚），为恶肆其凶。”
从和帝开始，一直到桓帝初年，名士借助经学，通过与皇权及其支持者外戚、宦官的斗争，力量不断壮大，终于发展成“清流派”势力。
桓帝初年，宦官在皇帝的支持下，诛杀了梁冀，至此，外戚势力衰落，宦官势力壮大，“清流派”的政敌直接变成了宦官集团。宦官侯览专权，杨秉上书尖锐指出宦官：“而今猥受过宠，执政操权。”这说明，“清流派”与宦官的矛盾已经到了势同水火的地步。其根本原因是，宦官和外戚垄断了仕途，侵占了名士集团的政治权力。这是名士及其依附的知识分子（主要是太学生）所不能容忍的。
同传记载杨震上疏说：“周广、谢恽（侍中）兄弟，与国无肺腑枝叶之属，依倚近倖奸佞之人，与樊丰、王永分威共权，属托州郡，倾动大臣。”说明，宦官集团掌握了选举权，可以随意任免大臣。自然，宦官所免去的，都是“清流派”的人物。
杨秉也指出：“内外吏职，多非其人，自顷所征，皆特拜不试……旧典，中臣（宦官）子弟不得居位秉势，而今枝叶宾客布列职署，或年少庸人，典据守宰，上下忿患，四方愁毒。”
针对宦官、外戚垄断仕途的情况，左雄提出了整改意见。《后汉书·左雄传》说：“乡部亲民之吏，皆用儒生清白任从政者，宽其负筭，增其秩禄，吏职满岁，宰府州郡乃得辟举”，又请求“征海内名儒为博士，使公卿子弟为诸生”。
《后汉书·李固传》中李固曾向顺帝谏言：“（今）一日朝会，见诸侍中并皆年少，无一宿儒大人可顾问者，诚可叹息。宜征还厚等，以副群望。”李固极力推荐的周举、杜乔、杨伦、尹存、王恽、何临、房植，都是当时的名士。这印证了东汉末年清流派反对宦官、外戚的斗争，其本质是皇权与名士集团的矛盾。最终目的，就是左雄说的“皆用儒生清白任从政者”，从而夺取被“浊流派”势力控制的政治权力，进一步壮大名士集团的力量。
可见，“清流派”与宦官集团的矛盾已经到了不可调和的地步，双方的冲突只能以暴力解决了。