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东汉时代，帝国全面承袭了西汉的政治制度，君主政体得到了进一步的巩固。同时沿用了“分封制”，并且在执行层面比西汉时代更为严格。藩王依然“封土而不临民”，只享受地方的食邑而已。这些措施，不仅保证了君权的强大和中央政府的高效运转，同时，进一步加强了中央对地方的有效控制。中国开始逐渐由“君主封建制”向“君主官僚制”过渡。士大夫的政治地位和话语权得到提升，国家机器的正常运转更加依赖“官僚”群体的维系，尤其连接中央和地方一级的封疆大吏，作用更为凸显。
西汉州制在王莽时稍有改动，但没有实质性变化。改凉州为雍州，改交阯为交州，取消朔方、司隶两部为十二州。东汉是州制的发展期。
东汉光武帝曾经全盘继承，恢复了西汉旧制，但不久又改用王莽的制度。但总体来说，东汉基本沿用了西汉的制度，变化不大，主要有三点不同：(1）降司隶校尉部为十三部之一，与十二部并列，管辖范围仅限于河南。(2）撤销朔方刺史部，并入并州刺史部。(3）正式确认交阯改为交州刺史部。根据管理的需要，将其余州部的地域稍加变动，如徐、兖、青、豫、冀、凉、幽等州的疆界都略有变化，但出入不大，而且调整主要集中在关东地区，南方四州基本没有变化。
在这些改变中，有两个微妙但十分重要的变化，对汉末的政治格局产生巨大的影响。一个是凉州地位的提升，从侧面反映了西北羌胡对整个帝国的安全已经构成巨大的威胁。一个是幽州地位的加强，说明北方边境的乌桓也给帝国带来了巨大的困扰。这都给董卓、公孙瓒这些边将带来了机遇，成为他们据州争霸的资本。
西汉初期，十三州刺史部没有固定的治所，到了西汉后期，刺史在地方上逐渐有了固定的治所和下属，并且增加了“可以岁举秀才、尤异”的选举权力。东汉逐渐将治所和刺史属官定型。《通典》记载：“十三部不常治所，后汉司隶治河南，豫治谯（安徽亳州），兖治昌邑（山东济宁金乡县），徐治郯（江苏徐州睢宁县），青治临淄（山东青州），凉治陇（甘肃天水秦安县），并治晋阳（山西太原），冀治鄗（河北高邑县），幽治蓟（北京西），扬治历阳（安徽马鞍山和县），荆治汉寿（湖南常德），益治雒（四川广汉），交治广信（广西梧州）。”
需要说明的是，西汉和东汉前期，刺史虽然位高但权不重，对地方行政机构（郡和藩国）只有日常监察权，没有法定的管理权，还不能算一级正式的地方组织。职能很像明代的巡按监察御史（品低权重），但权力没有巡按御史大。而且，武帝设置刺史部时，各州的刺史序秩不过六百石。所以两汉，特别是东汉，郡国依然是整个帝国运转的核心。郡守掌管着一郡的财政、司法、监察、军事大权，序秩两千石，还有自辟僚属和察举的权力，可以说“位高权重”，比后世地方官的权力大得多了。汉宣帝说：“太守，吏民之本也。”西汉中期到东汉前期地方治理的特点，可以说是中央政府直辖一百多个郡国，再通过刺史监察地方，不仅利于监管，也利于郡守（国相）自主处理郡务，层次的简洁，反映了管理的有效性，使郡国成为贯彻政务的中心。
据王应麟的《通鉴地理通释·历代州域总叙中》记载，东汉保留了西汉大部分郡国，只做了五次小范围的调整。
光武帝：撤了八个郡国，即城阳、淄川、高密、胶东、六安、真定、泗水、广阳。
明帝：新置永昌郡。
章帝：新置吴郡，新设任城国。
和帝：新设济北国，恢复广阳国。
顺帝：临淮郡改为下邳郡，千乘郡改为乐安郡，天水郡改为汉阳郡；改淮阳国为陈国，楚国为彭城国，济东国恢复为东平国，信都国改为安平国。
桓灵：桓帝新置高阳、高凉、博陵三郡。灵帝新置南安、鄱阳、庐陵、汶山四郡。
这样，截至灵帝时，东汉撤了西汉八个郡国，改旧名七个，新设置了12个，总计沿用了西汉96个郡国，郡国总数达到了108个。西汉的基层组织（县邑道侯国）约有1587个，数量庞大。光武帝为了恢复生产，消除冗官冗员，缩减政府预算，撤并了约397个基层单位，将帝国的基层组织控制在1180个。
还有一点非常重要，西汉哀帝时郡国约103个，东汉顺帝时郡国约105个，其中郡占了79个，剩余的26个藩国由中央派驻的官员直接进行管理，封王只享受食邑，不能染指日常管理。同时，通过刺史对藩国进行监管。国与郡基本没有区别了，而且日益成为郡县的附庸。
《通典》说：“东乐浪，西敦煌，南日南，北雁门，西南永昌，四覆之盛，亦如前汉。”东汉政府在州郡方面的这些调整，进一步加速了中国“君主政体”演化的进程，强化了中央集权，使地方治理更加合理和完善，有效地控制了庞大帝国的日常运转。魏吴基本沿用了东汉的制度。
这样看，西汉中期到东汉前期的刺史是“位高权轻”，仅仅是监察官，十三部州实际上是十三部监察区，还不能构成一级行政区。刺史职责有六条：其一是监察强宗豪右；其余五条是监察郡守二千石，监察他们是否不奉诏、不恤疑狱、选署不平、子弟恃权欺弱、违比下公等。藩国也是刺史的重点防禁对象。由于这个阶段郡守的权力很大，所以刺史往往避重就轻，将主要工作就放在了监察藩国身上。王鸣盛在《十七史商榷·汉刺史察藩国》条中说：“历考诸传中，凡居此官者，大率以督察藩国为事。”
刺史的管辖范围虽大，但地位和实权不如郡守和国相，但西汉后期，刺史在地方上已经有了固定的治所和官属（治中、别驾、诸部从事、主簿和功曹等）。东汉前期，刺史权力有所扩大，但依然局限在监察范围，只能说与郡守相当，没有明显的优势。但这种局面到了东汉中期却发生了非常大的变化。
东汉中期以后，各地叛乱四起，往往涉及数郡，需要在若干郡构成的较大范围内统筹军政，统一调配资源，这时刺史就成了最佳人选。于是，中央政府授权刺史统兵，代朝廷去镇压各地的叛乱。刺史既然涉身军政，就有向最高地方军政长官演变的可能。
东汉末年，政局动荡，内乱不止，尤其是黄巾起义，震动朝廷。为了应付外患和维持地方安全，汉灵帝中平五年（188)，灵帝采纳了宗室大臣太常刘焉的建议，将部分重要州的刺史改为州牧，增其秩为二千石，以宗室或九卿出任则为中两千石，代表中央管理州务。《后汉书》说：“州任之重，自此而始。”
其实，在西汉成帝绥和元年（前8）、哀帝元寿二年（前1），东汉光武帝建武元年（25)，曾经三次改刺史为牧，但只是称谓上改变，权力没有变化。但是中平五年（188）的改制却具有实质上的变化，州牧的权力不断扩大，从监察扩展到民政和军事，州开始由监察区演化为行政区，地方治理由郡县两级制开始向三级制过渡，刺史或州牧日益成为郡守或国相的上司了，州官逐渐成为“位高权重”的地方权力中枢。
两汉政府创建州制，设立刺史，原本是为了加强中央集团，强化皇权的至高无上，保证整个帝国的稳定运转。但是没有想到的是，这种制度和各部刺史却成为帝国走向崩溃的掘墓人，为不久后的群雄割据提供了制度上的保证。这就是为什么汉末的割据势力在已经占据一州之后，必须要向朝廷讨要州牧的封号；也可以说明为什么有些手握重兵的割据者反而对实力较弱的州牧不敢轻视。因为充任州牧者大多是大族或名士，出身高贵，名望极高；更为重要的是，他们是朝廷任命的，是代天子管理地方的权力中枢，身份合法，位高权重，必然能得到当地大族的尊重和支持。有了当地大族的支持，这些刺史（州牧）才能立足，变成割据一方的诸侯。州制反而成了割据的制度保障，使争霸变成了合法性的战争。
这些刺史借着“代天子巡视”的威名和“守州为国”的旗号，据州割郡，以州为根据地，扩充实力，积累资本，相互征伐，成为割据一方的藩将，并进一步演化为领主，从而拉启了汉末争霸战争的序幕，加速了帝国的崩溃。