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从菌种保藏中心购入菌种斜面或冻干菌种，根据工作需要，购买国内保藏中心提供的菌种斜面提前1个月填写采购申请单，冻干菌种提前2个月申请购买，国外保藏中心提供的菌种应提前3个月申请购买。
检定菌应设专人保管，管理人员应接受过专业培训，有足够的菌种保存经验。接收菌种时，应核实菌种的名称、编号、传代代数、数量、有效期等，并调查清楚菌种的保存条件和注意事项。填写菌种接收登记表，内容包括：菌种名称、菌种保藏中心编号、传代代数、接收日期、菌种来源等。新购入的斜面菌种应在2~8℃保存，并在1周内转接。
使用人员应根据需要向菌种管理人员领取菌种，仔细核对标签上的菌名、编号，并在《菌种接收及领用登记表》上记录菌名、数量、领用人、领用日期等信息。菌种复苏应在生物安全柜内操作，解冻后不得重新冷冻和再次使用。
实验室全部菌种都应由菌种负责人记录在册并妥善保存，菌种应贴上明显的标签，标签内容应包括菌名、菌号、传代日期和有效期。冻干菌种在低温冰箱-20℃冷冻。为减缓培养基的水分蒸发，延长保藏时间，可将菌种保藏管的棉花塞换成无菌橡胶塞，放在2℃~8℃的冰箱内保藏。每天检查一次保存菌种的冰箱温度并做记录，每周检查菌种管的棉塞是否松动，菌种外观及枯燥状态，如有异常应及时处理，并填写菌种检查记录。每次移植培养后，要与原种的编号、名称逐一核对，确认培养特征和温度无误后，再继续保存。
每株菌种应建立菌种使用及传代记录，斜面菌种应根据其特性决定传代时间间隔。实验室正在使用的菌种由各使用者自行纯化和更新斜面。实验人员传代使用须核对名称、编号，传代代数及日期，所用培养基传代和接种规程。任何人未经允许，不得私自将菌种带出实验室或给予他人，违者从重处分或采取其他必要的措施。
表1-1 各类斜面菌种保藏温度与传代间隔时间表
受污染的菌种、过期菌种或菌种传代使用后应及时销毁，销毁时应经121℃高压蒸汽灭菌30min的生物灭活处理。