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跟踪指数的运作模式虽然为ETF带来了高效率、低成本、运作透明等优势，但在一定情况下也成为产品的缺点。如在市场下跌行情中，主动管理基金可通过减少股票仓位、增加现金等方式降低损失，但ETF忠实反映跟踪指数，因此仍需保持较高仓位投资于成分券，这可能将导致基金净值下跌较大。从境内市场主动管理基金与被动管理基金的业绩比较中也可看出，在市场上涨行情中，指数基金收益具有相对优势，但在下跌行情中，主动管理基金则表现较优。此外，除指数调整引起的调仓外，ETF无法随意对投资组合与各成分券所占比例进行改动，因此，无论市场情况发生怎样的变化，如某只或某类成分券表现异常而影响指数走势，投资者都无法对投资组合进行相应调整，以获得更高收益或避免损失。
ETF市场是资本市场的组成部分，因此参与ETF投资必然离不开资本市场本身所要面临的风险，如政策变动、利率波动等引发的系统性风险。同时，ETF市场是基金市场和证券交易市场的重要部分，参与ETF投资也将同时面临这些市场特有的问题与风险，包括跟踪误差过大、折溢价过大、流动性风险与运作风险等。
1.跟踪误差过大
在ETF持有资产与标的指数成分完全一致的情况下，ETF的基金净值变动应当与指数变动完全一致。但出于运作管理的需要，ETF通常会持有少量现金或其他资产，加之ETF自身的管理费与托管费等相关费用，以及ETF在股票市场交易中产生的交易成本等，多种因素共同对ETF的基金净值产生影响，导致基金收益与指数收益之间产生偏差，即所谓的跟踪误差，它客观存在，不可完全消除。跟踪误差是考量基金管理人管理能力的重要评价指标之一，跟踪误差越小，表明ETF与标的指数的贴合度越高，跟踪效果越好。因此，可能会发生一定期间内跟踪同一指数的不同ETF产品持有收益具有明显差异的情况，跟踪误差过大时可能使ETF投资策略无法充分发挥功能而产生损失。
2.折溢价过大
ETF基金净值由投资的资产组合价格决定，于每个交易日收盘后计算得出。除基金净值外，ETF在二级市场交易中还有实时更新的交易价格。ETF交易价格以基金净值为标准上下浮动，交易价格高于基金净值时称为溢价，低于基金净值时则为折价。交易价格通常不会明显偏离基金净值，但在市场供需关系不均衡、流动性较差等特殊情况下，容易发生较为明显的折溢价。例如当跨境ETF外汇额度不足时，申购渠道关闭，市场买入需求持续超过卖出数量时，推动ETF交易价格升高，产生溢价，此时买入的投资者以高于基金净值的成本持有ETF份额，易导致投资亏损。某只ETF折溢价状态可通过基金实时交易价格与实时更新的基金份额参考净值（IOPV）之差进行判断。
3.流动性风险
从ETF交易角度来看，少数规模较小的ETF产品活跃度较低，可能面临短时间内无法迅速成交的风险。从ETF申赎来看，部分ETF如跨市场ETF，其申赎涉及股票交易行为，通常情况下基金管理人能够迅速处理申赎指令，完成股票交易，但如遇到巨额赎回，特别是在收盘前发出的巨额赎回申请，则可能发生基金资产无法及时变现或无法以正常市场交易价格交易从而导致损失的风险。
4.运作风险
在ETF的交易与申赎等运作过程中，可能由于技术故障或运行差错而影响交易与申赎的正常进行，如申赎清单文件发布失败或发布错误等，导致投资者利益受到影响。