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吴敬琏多次言及，“在1957年以后的10年中，我的治学生涯，是在复杂矛盾的心情下度过的”。
这种复杂和矛盾所带来的痛苦，是后来者很难感同身受的，它意味着，一代天资卓越、精力旺盛的年轻人，压抑住内心所有的怀疑，以空前的热情去构筑和论证一系列日后被证明是完全荒谬的思想体系。而更可悲的是，在他们的生命进入中年或晚年之后，又不得不转身，以更大的道德勇气和理论武器，对那个他们亲自参与构筑的、无比顽固的体系进行毁灭性的推倒。
吴敬琏就是其中的一个人，这也是那一代经济学家的所有悲怆性所在。
进入1957年之后，吴敬琏屏蔽了全部的疑惑，开始投入到对计划经济理论的全面论证之中。他很快成了同时代的青年经济学者中较具理论深度的人之一，而他试图批判和辩驳的“反动对象”，则是他日后最为景仰的两位前辈师友。
1957年，随着狄超白的“靠边站”，经济研究所来了新所长，他便是老资格的马克思主义经济学家、国家统计局副局长孙冶方（原名薛萼果，1908~1983年）。这是一个1924年就入党的老党员，建国初期曾任华东军政委员会工业部部长。在就孙冶方进所前后，他的一位老同事、老朋友顾准也来到经济所当研究员。他是一个瘦高个、带一副深度黑框眼镜的上海人，早年曾是上海滩很出名的会计学专家，编写过《银行会计》一书，1935年加入中国共产党，新中国成立前曾任中共上海职业界救国会党团书记、江南行政委员会秘书长、山东财政厅厅长等职，上海解放后，被委任为第一任上海市华东军政委员会财政部副部长兼上海市财政局和税务局局长。在1952年的“三反五反”运动中，他因为“不听话”和与中央政策不一致而遭撤职。顾准到经济所后，孙冶方安排他当财经组，也就是吴敬琏所在组的组长，不过据吴的回忆，当时的顾准只顾自己埋头读书搞研究，几乎不管组员。在青年人眼里，这是一个已经在政治上落伍了的人。
孙冶方和顾准都是有着丰富实践经验的经济理论家。1949年5月，被解放军攻占的上海曾经陷入极度的经济紊乱，全市工业陷入半解体状态，1.2万家工厂中只有三分之一维持开工，机器业工厂停工八成以上，工厂主人心惶惶，谁也不敢生产，工商矛盾空前激烈。而恶性通货膨胀更是可怕，物价几乎天天翻番上涨，24个商品交易市场和30多个茶会市场，也都被利用来大搞投机活动，全市的金融性投机活动者竟达30万人之众。面对这种险恶景象，孙冶方和顾准在华东财委主任曾山及中央财政经济委员会主任陈云的带领下，进行了铁腕式的治理，孙冶方主管工业的复兴，顾准则着手重建业已瘫痪的征税体系。在他们的携手努力下，仅半年时间就恢复了生产，稳定了物价，创造了让国内外都很惊讶的“上海奇迹”。
正是在这一过程中，在上海这个最大的工商业城市，他们还参与建成了中国的第一个计划经济运行体系，其中，又以顾准的贡献最大。他根据陈云的思路，从流通入手，通过垄断生产资料供应和产成品销售的方式对制造业进行控制。以当时最重要的纺织业为例，顾准成立国营的花纱布公司，私营纱厂不得再自购棉花，自销成品，所有产品均实行统购统销。为了与花纱布公司配套，他自下而上建立了大批国营的供销合作社，还把全市的私营运货车全部取缔，新组成了一个上海搬运公司，它成为交通运输局的前身。他在自述中写道：“国营商业控制了重要物资在全国范围内的流通，使得煤炭、建筑材料、粮食等项的私营零售业无法照旧继续下去，国营商业不得不扩大到零售商业范围中去，华东商业部分出一部分力量，组织了几个零售公司，交给上海市管理。以上趋势，还在急速发展，不久就扩大到建筑业范围中去了。”此外，他还借鉴苏联的经验，创造性地设计了财税专管员制度，这一制度一直沿用至今。在这期间，顾准表现得非常激进和“左倾”，当过中科院副院长的著名科学家竺可桢曾在日记里记载说：“顾准在1952年的‘三反’时期走‘左倾’路线，主张以没收方法来消灭资本主义，被批评撤职。”1952年在上海指导“三反五反”“打老虎”工作的中央人民政府节约检查委员会主任薄一波给毛泽东及中央的一份简报中说：“上海少数同志（如顾准等），有趁此机会把大资本家而且是比较靠近我们的大资本家……一齐打掉实行‘社会主义’的念头。”使人想不到的是，几个月以后，斗争的矛头就转到了顾准自己的身上，他被宣布由于一贯“自以为是，目无纪律”，“在思想上，组织上与党对抗”，被撤销一切职务。据顾准后来说，在撤职赋闲期间，他认真读书和思考自己所经历过的一切，认识才达到了一个新的境界。
也就是说，在50年代中期以前，吴敬琏对计划经济制度的理解还是从书本中得来的，而孙冶方和顾准则是这一制度在中国得以确立的重要实践者。
然而，就是在这样的实践过程中，善于思考的孙、顾两人都发现了这一制度的致命缺陷。尤其是顾准，在撤职后对正在建设中的计划经济体系进行了深度的反省。在他们看来，这个经济制度最重要的缺失，就是对价值规律的漠视，他们破天荒地认为，“我们必须研究社会主义下面的商品生产问题”。1956年6月，孙冶方在《经济研究》杂志上发表《把计划和统计放在价值规律的基础上》一文，指出“国民经济有计划按比例发展必须建立在价值规律的基础上才能实现”。1957年，顾准发表《试论社会主义制度下的商品生产和价值规律》（下称《试论》），提出了“社会主义的生产也可以由市场规律自发调节”的惊人观点。
事实上，在1956年前后，已有不少人在自觉或不自觉地反思计划经济的运作规律，譬如孙冶方的堂兄、时任中财委秘书长兼私营企业局局长的薛暮桥（1904~2005年）也在1957年的春天撰写了《经济工作中的若干理论问题》一文，提出了困扰内心的四个问题：“第一，社会主义经济是否需要百分之百的社会主义，是否可容许小商品经济甚至资本主义经济在一定时期、一定范围内存在，并有一些发展，然后慢慢改造它们？第二，社会主义国家应当采用什么办法来使消费品的生产能够适合人民的多方面和多样化的需要？第三，怎样能够在社会主义建设中保持国民经济各方面的平衡？第四，在我国目前的条件下，国家的基本建设投资应当首先用于什么方面？”不过，当时的薛暮桥还不敢像顾、孙那样思考，他在晚年的回忆录中说：“我国绝大多数经济学家（包括我自己在内），是一直把价值规律同商品生产和商品流通联系起来研究的，认为价值规律是商品生产和商品流通的规律，在商品经济消灭以后，价值规律也就不起作用了。”
在所有的先行者中，以顾准的思想深度为最，在《试论》一文中，他展现了让人仰止的道德勇气，无比大胆地写道：“可以知道，经过几十年的历史发展，社会主义经济已经形成一个体系。这个体系的全部细节，是马克思、恩格斯所没有全部预见，也不可能全部预见的。为什么现在社会主义各国还存在着商品生产与货币经济呢？应该从这个体系的内部关系的分析中去找答案。”
作为一个会计学专家，顾准在文章中一再挑战传统经典理论。他写道：“社会主义经济是计划经济，马克思、恩格斯再三指明过；社会主义是实行经济核算的计划经济，马克思、恩格斯从未指明过。相反，他们确切指明社会主义社会将没有货币，产品将不转化为价值。”他认为，这是一些需要修正和演进的理念，“让全社会成为一个大核算单位是不可能的。全社会必须有一个统一的经济计划，具体的经济核算单位则必须划小，至少以每个生产企业为单位进行核算，巨大的生产企业，其具体核算单位还必须划小”。
孙冶方和顾准的这些思想，连同毕尔曼教他的“加强卢布监督”的思想都对吴敬琏形成了冲击，但是1957的教训使他对越过斯大林模式的“雷池”心存疑虑，力图从马克思主义的经典著作中，苦苦寻找自己的出口。孙冶方十分喜欢这位清秀而聪慧的年轻人，当时，周南已经从北京师范大学进修班毕业，按原来的约定回到南京工作，担任南京师范学院学前教育教研组的副组长，她很喜欢南京，希望吴敬琏也能南下工作。孙冶方惜才，再三动员吴敬琏留下。
1957年，毛泽东提出“超英赶美”的口号，发动了大炼钢铁的“大跃进”，提出在一年内把中国的钢铁产量翻一番，一举超过英国。全国上下为了这一目标陷入狂热，各地建起了数以十万计的小高炉，人们满怀热情地日夜炼钢。吴敬琏参加国家经委组织的大炼钢铁考察团去了四川和湖北，他在四川涪陵住的时间最长，在这里，他看到人们建起了几百个炉子，火光映红了夜空。在晚年的口述史中，他说：“开始的时候，对这种精神是非常佩服的，但是后来发现这样用木柴炼出来的根本不是铁，没有用。最糟糕的是生态被破坏得一塌糊涂，因为炼钢的燃料不够，西南局就开电话会议，第一书记李井泉说，燃料不够就砍树，毛主席指示我们，只要有了钢铁，一切问题都好解决，砍了树，有了钢再种上去。然后就是一个山头一个山头地剃光头。但就是这样，炼钢的指标还是没有完成。后来发生了大饥荒，四川饿死人最多的就是涪陵，当地的农业完全被破坏了，一个四川盆地的鱼米之乡，却成了很穷很穷的地方。”
目睹这样的景象，吴敬琏心生疑窦，却不敢往危险的地方去想。检查组的组长、国家计委成本物价局局长范若一是一位老革命。范一到武汉，就去看望老战友、湖北省委书记王任重。范回来后告诉吴敬琏等人，王任重说，有的地方报道一炉子就能炼几万吨铁，这是绝不可能的，不能这样蛮干。回北京汇报时，范若一讲了他的一些观感，后来在国家经委的“反右倾运动”中，被打成了“右倾机会主义分子”。
离开涪陵后，检查组一行人又到河南安阳考察那里的“小土群”，然后归京。这段时期，吴敬琏仍然在“正统”的理论轨道上滑行。
就是在风雨飘摇的1959年1月17日，他的名字第一次出现在《人民日报》上，一周后正是他虚岁30的生日。这是一则关于即将召开的上海商品生产和价值规律讨论会的报道，记者引用了青年学者吴敬琏的观点。吴认为，在当今的中国计划经济制度下，已经不是真正的商品交换关系，只不过多少还遗留着商品交换的痕迹，即程度不等地应用着在商品交换中也通行的等价交换原则，因此，把全民所有制企业间的交换称作“产品交换”是妥当的。很显然，吴敬琏的这一观念与孙冶方等人相比，显得更为“思想纯正”。在经典论述中，马克思、恩格斯和列宁一直认为商品生产和货币经济同社会主义不能兼容，而斯大林在具体的国家治理中发现，这一理论引导的是一条无法通行的道路，所以他在计划经济制度的框架内加入了货币结算的“商品生产和商品交换元素”，他在《苏联社会主义经济问题》等著作中提出“社会主义经济只能是存在商品生产和商品交换的计划经济”。
也正是在1959年年初，国民经济因“大跃进”的虚耗陷入空前的低迷，可怕的三年大灾害（1959~1961年）开始了，政治运动减缓。3月，毛泽东在郑州会议讲话中说，价值法则“是一个伟大的学校”，“价值法则、等价交换，这是客观规律、客观法则，违反它，要碰得头破血流”。孙冶方等人为之大受鼓舞，认为反思的时刻到了。
4月，中国经济学界在上海的和平饭店主办了一场“商品生产和价值规律讨论会”，这是建国之后第一次全国性的理论研讨会，与会学者245位，几乎囊括了当时中国所有重要的经济学家，其中包括公认的四大经济学领袖——中国科学院学部委员和国家计委副主任薛暮桥、学部委员和中宣部科学处处长于光远、原国家计划委员会副主任骆耕漠、经济所所长孙冶方。这四位在日后均与吴敬琏有很深的渊源。学者们提交了54篇论文和23篇调查报告，大家讨论的问题是：社会主义制度下的商品生产和价值规律；关于人民公社自给性生产和商品性生产；关于社会主义制度下3种主要交换关系和价值规律的作用等等。
在研讨会上，吴敬琏、张卓元和孙尚清等年轻人为几位著名经济学家充当助手和编写会议简报，据吴敬琏的回忆，这次会议开得没有火药味，不像后来的“学术讨论”那样“以阶级斗争为纲”，“虽然有激烈争论，却完全是学者之间的平和讨论”。经济学家们似乎已经就价值规律的问题达成了共识——日后证明这一共识在政治需要面前是多么的脆弱。据张卓元回忆，“在青年学者中，吴敬琏是唯一一个能够插得上话、坚持阐明自己观点直到最后的人，让人印象深刻”。
这次讨论会在中国经济思想史上有着破冰式的意义，但是对实际的工作却没有产生现实的推动，在饿死人事件频频发生的时刻，经济学家们的坐而论道显然“缓不救急”。
更让人感叹的是，到了7月，中共中央在江西庐山召开政治局扩大会议和八届八中全会，原本决定对当前的失控景象进行反思，而最终的结果却以更激进的方式闭幕，对“大跃进”持有不同看法的彭德怀元帅等人遭到严厉批判，会议最终达成的共识是：形势大好，前途光明，继续“大跃进”。庐山会议的风向突变让中国失去了一次清醒反思的机会。而经济学界也按照政治指挥棒的指挥，径直向“极左”的方向疾行。
后来将发生的事实是，下一次关于价值规律的讨论会将在整整20年后的1979年4月举行。
1960年一开春，吴敬琏学术生涯中发生的大事，是和自己的年轻同事桂世镛一起被派去作孙治方和于光远的助手，参与准备孙于两人与苏共展开论战的论文。接着，吴敬琏参加了理论界学习毛泽东《政治经济与读书笔记》的研讨班。通过这次学习，吴敬琏完全被毛泽东关于社会主义经济的论述所吸引，认为经济研究工作的意义就在于阐述毛泽东的这些思想。
在这种思想的指导下，1960~1964年期间，吴敬琏做了两件事情，一是写出了他40岁前最重要的一篇论文，二是参与了社会主义政治经济学的教材编写。
1960年5月，经济所主办的《经济研究》刊出了吴敬琏的长篇论文《社会主义社会的过渡性质》，它不但在中国经济理论界造成了轰动，甚至在国际左翼理论界也产生了影响。
在这篇论文中，吴敬琏提出“社会主义社会不是一种独立的社会经济形态”，是“一个过渡性的社会”。这是一种貌似大胆的、带有原创性的思想。当时的吴敬琏便进行了两个向度的解释，一方面，他认为，“社会主义社会还在若干方面保留着资产阶级法权的残余，什么是资产阶级法权呢？据我们的理解，资产阶级法权就其完整的意义来说，就是私有权，就是商品所有权”，“在社会主义社会里具有特征性的是‘各尽所能，按劳分配’的分配原则”。另一方面，他认为，“在社会主义社会里，共产主义的经济规律起着主导作用，首先，社会主义生产的目的不是为了取得利润，而是为了满足社会经常增长的物质和文化需要。显然这是共产主义的基本经济规律在起作用。其次，社会主义不是盲目地、无政府状态地进行，而是由社会‘对生产实行共产主义的调节’”。据此，他推导得出这样的结论：“我国经济中私有制的残余，需要有步骤地加以消除。”他所指的“残余”，包括“资本家还在拿定息，农村中还有一小部分私人所有的生产资料，农民私人副业产品中的一部分还可以在初级市场上出售”。
吴敬琏的这篇论文充满了矛盾和黏合的痕迹，他试图在经典理论的叙述框架内消解所有的思想冲突和争论，他提出的这一“过渡理论”，为当时的执政者提供了“灵活”的理论武器。在这篇近两万字的论文中，吴敬琏展现了吴式研究的两大基本特点。第一是论述形式上的严密性，他先是提出问题，陈列不同的观点，接着提出己见，最后进行详尽的论证，他的论述具有强大的逻辑能力，能够娴熟地调动各种理论工具为己所用，他的文字并不华丽却充满了思想的灵光。第二是理论的融合性，他愿意为现实而不惜进行思想和立场上的妥协。晚年的吴敬琏回顾这篇早年旧作时说：“它不过是毛泽东在《政治经济学读书笔记》中提出的革命逻辑的‘学术性’阐释。”
《经济研究》是当时国内最重要的经济理论刊物，《社会主义社会的过渡性质》的发表，意味着一颗经济学新星的崛起，吴敬琏从此成为新中国第二代经济学家中的一位标志性人物。他的这篇论文后来流传到国外，被日本的一些左翼理论家看成是中国学者在苏联政治经济理论陷入困境后进行的一次突破性的修订，是在某种原则上区别于苏式学说的代表作。吴敬琏因此受到前辈学者们的青睐和器重。
在上海会议后，根据中共中央宣传部的要求，孙冶方和于光远分别组织班子，编写中国的社会主义政治经济学教科书。
1960年10月，孙冶方打算按《资本论》的程式编写教科书，他组织所内近40人开始在中央党校编写《社会主义经济论》。1961年3月到5月，他又召集编写小组骨干成员在香山饭店研讨书稿，吴敬琏参加了这一会议。几乎与此同时，于光远也组织了一个班子写作《政治经济学》，吴敬琏被同时征调。1961年，这本书的“资本主义部分”只用了1个月的时间就写成了，并于当年由人民出版社出版，之后被长期而广泛地使用。
有意思的是，这两个写作班子在社会主义部分的创作都陷入了困境。于光远的写作组从1961年写到1964年，只写出一些“部件”，无论如何也成不了体系。孙冶方的写作组苦战经年，反复研读了马恩列斯毛的所有著作，可是每个人的头脑中都有一些解不开的结，对于社会主义经济现实，从理论上无法自圆其说，致使它最终流产，甚至到20世纪70年代末，孙冶方出狱之后，再度组织吴敬琏等人攻关，在他去世之前竟然仍未完成。于光远的班子撰写资本主义部分只用了一个多月的时间，可是进入社会主义部分后，却进展缓慢，几乎寸步难行。日后，吴敬琏回忆说：“我总感到编写组的气氛有些特别。一方面，于光远骨子里倾向自由主义，在编写组里培育自由讨论的气氛，几乎任何问题都能讨论；另一方面，他又是中宣部‘阎王殿’在科学（包括社会科学）方面的总管，需要贯彻党中央的政治意图。”最终，于光远的这个班子只写出来若干篇章，其中包括吴敬琏独立写作的《社会主义的经济表》，以及他与陈吉元等人合作的《全民所有制经济论》。
1963年初夏，33岁的吴敬琏、周南夫妇的第一个女儿吴晓莲出生了。当时，他们家的第三代全部住在北京南长街那幢三层楼的花园洋房里。吴晓莲与四个表姐、表哥都归邓季惺统一管理，这位已经彻底靠边站的“右派分子”重新拾起当年在南京第一托儿所当所长的劲头，乐此不疲地干起了保姆总管的工作。
风华正茂的吴敬琏在工作、生活上两厢得意，似乎正处在事业的上升阶段。可是命运总喜欢在最不经意的地方玩一出恶作剧。紧接着，一件让吴敬琏终生悔痛的事情发生了。
在过去的一两年里，经济所所长孙冶方先后写作了20多篇论文，论述计划经济与价值规律的关系，如《要用历史观点来认识社会主义社会的商品生产》、《论价值》、《社会主义计划经济管理体制中的利润指标》等等。1962年，孙冶方与陈伯达（时任《红旗》杂志总编辑）就一些经济概念发生了书面争执，孙认为，不应该在计划供应与凭证供应之间画等号，不要把集贸市场叫做“自由市场”。他还指出了陈伯达在一份报告中的基本概念错误，例如把“商品流通量”说成是“商品供应量”，这自然引起后者的嫉恨。1963年年底，孙冶方在中科院哲学社会科学部委员会扩大会议上，专门作了一次关于利润问题的演讲。据刘国光的回忆，在演讲前，有年轻学者劝孙冶方别讲了，提醒他说：“你讲利润，人家会说是修正主义。现在还是不讲为好，风声已经这么紧了。”孙淡淡地答：“风声是什么？我不是研究气象学的。”
到1964年，随着国民经济渐渐从三年大灾害的低谷中恢复起来，重新认识价值规律的思潮日渐成型，而它的发生中心就在孙冶方领导的经济研究所。
开头炮的是中国共产党的早期最高领导人之一张闻天（1900~1976年，曾用名“洛甫”）。他是1925年入党的老党员，曾在20世纪30年代当过中华苏维埃共和国中央政府人民委员会主席，一度主持中央工作；延安整风运动以后，淡出领导层核心。建国之后，他曾出任驻苏联大使。在1959年的庐山会议上，他被定为“彭黄张周右倾机会主义反党集团”的首领之一，到中国社会科学院经济研究所当了一名“特约研究员”。1964年2月，时年64岁的张闻天写出《试论社会主义商品货币关系和价值规律的新内容》一文，鲜明地提出了新价值规律——积极倡导在社会主义社会中搞自由竞争。
张闻天的文章显然鼓励了其他思考者。5月，时任全国物价委员会主任的薛暮桥写了3篇关于价格问题的论文，提出粮食价格的购销倒挂问题，建议提高农村中返销粮的销售价格，提高到购销拉平，以此为突破口，理顺已呈僵化态势的物价体系。6月，薛暮桥的论文在经济所进行了讨论，会上，孙冶方和顾准都赞同他的观点，顾准还专门写作了《粮价问题初探》一文，倡议提高粮价和煤价，降低人民币对外汇率。此外，经济所的年轻人杨坚白、张卓元及何建章等人，也纷纷发表论文，主张以资金利润率作为评价社会主义经济活动的标准，以生产价格为基础定价。这些观点都聚焦于计划经济的弊端，市场和价格的自由化成为焦点。
进入1964年的秋天，这股市场化的思潮受到了批判，“极左”理论家们组织了多场座谈会，对这些观点进行清剿。在这一过程中，孙冶方被锁定为最主要的批判对象，他是经济所的所长，而自由化言论大多出自该所。
批判孙冶方的序幕在《红旗》杂志社召开的一次座谈会上拉开。
在这次会议上，杨坚白、张卓元撰写的《生产价格论》等两篇论文遭到点名批判，发言者的调子越唱越高，帽子越扣越大，气氛十分紧张。孙冶方被点名务必参会，但没有安排发言，这时，坐在一角的他实在按捺不住，站起来大声说：“不要再批他们了，文章观点是我的，我来承担责任！我应战，我喜欢赤膊上阵。”
接着，孙冶方操着一口浓烈的无锡口音论述自己的观点，“许多国家，包括中国，从苏联承袭了一种观点，这种观点认为，价值规律与社会主义计划经济是对立的，相互排斥的，这种观点几乎已经形成了一种规范模式，严重束缚了人们对客观经济规律的认识和探索……”
有人当即质问：“请问，你宣扬的规律是什么？”
孙答：“千规律，万规律，价值规律是第一条！”
会后，杨坚白与孙冶方一起出门，杨悄声说：“这是批我嘛，你何必站起来报名呢？”孙说：“他们是醉翁之意不在酒，文章观点是我的，我来承担责任。”
10月，中央宣传部派出30多人组成的工作队进驻经济所，以“张（闻天）、孙（冶方）反党联盟”的罪名对孙冶方进行批斗。孙冶方被批判的观点主要有两个，一是反对无产阶级国家统一管理经济，主张企业独立自治；二是反对按社会需要调节生产，主张以利润调节生产。因此，孙冶方的经济观点的实质就是“使社会主义和平演变为资本主义，是彻头彻尾的修正主义理论”，他被判定是“中国最大的修正主义者”，并且有“里通外国”的重大嫌疑，被撤销党内外一切职务，每天打扫厕所，刷洗痰盂，在其后的一年内被批判39场。
孙冶方却不肯低头认罪。这个倔强的无锡人写出了一份又一份的检查材料，进一步清晰地阐述自己的观点，工作组对他的评价是“抗拒党和群众对他的原则批评，态度十分骄横”。1965年9月，他被下放到北京城郊的房山县周口店公社大韩集大队进行劳动改造。“文化大革命”开始后，他于1968年4月被正式逮捕，在秦城监狱关押整整7年。
孙冶方的朋友们也纷纷遭殃，杨坚白、桂世镛等《社会主义经济论》的写作骨干被认定是“张、孙反党联盟”的“八大金刚”，一直受到他保护的老“右派”顾准这次自然也是在劫难逃，他作为“张孙反党集团”的“外围”被隔离审查，挂牌批斗，然后同样送到周口店劳动改造。
在这场突如其来的、由理论探讨迅速升格为政治斗争的大辩论中，吴敬琏扮演的角色是尴尬的。
在过去的几年里，孙冶方对吴敬琏非常器重，他们的经济观点也比较接近，可是在这场批孙斗争中，用吴敬琏自己的话说，他成了“批孙”的积极分子。
在晚年的口述中，他说，原因有两个。
第一，是思想上的原因。吴敬琏在《社会主义社会的过渡性质》一文中阐述的理论基本上秉承了毛泽东在《政治经济学读书笔记》以及列宁在《论我国革命（论尼·苏汉诺夫札记）》中的观点，即认为共产党执政，先是制造舆论夺取政权，然后改变生产关系，发展生产力，经过一个漫长的过渡性阶段，逐渐消灭资本主义的种种残余，其中包括按劳分配、商品交换等资产阶级法权。如果这一理论是正确的，那么孙冶方就是完全错误的，因为他认定生产力的发展是生产关系和上层建筑演进的基础，而价值规律、货币交换等等是社会主义经济的必然组成部分。
第二，是人事上的原因。自1961年之后，吴敬琏就被属于中宣部管理的于光远政治经济学教科书编写组征调去写书，与科学处的一班人十分熟悉。而此次，中宣部派出的进驻经济所的工作组，就是从科学处抽调的。1964年春季，编写组去东北考察调研，吴敬琏和陈吉元原本是应当随队前往的，然而，于光远却把他们留了下来，为工作组即将进驻而向他们摸底。所以，当工作组进所批孙的时候，吴、陈以及周叔莲就成了被利用来“批孙”的骨干。
吴敬琏叙述了当时的情况：“工作组进所后，照着搞运动的老套路，先是扎根串联，找出一些积极分子来，当然我和陈吉元都是工作组依靠的积极分子，然后就先‘扫清打外围’，抓几个‘反革命’出来，从揭发顾准、骆耕漠、杨坚白的所谓‘历史政治问题’入手，然后就给孙冶方加上‘招降纳叛’的罪名，开始揭发批斗。”
在对孙冶方的批判中，吴敬琏担当了“理论反击员”的角色。在这一年12月期的《经济研究》上，他与陈吉元、周叔莲联合署名发表《社会主义生产目的不容歪曲》一文，指出：“一种社会生产只能服从于一个目的，而不能服从于两个不同的目的。生产要么是为了利润，这就是资本主义生产；要么是为了满足社会需要，这就是社会主义生产。”这一论断显然是冲着孙冶方去的。
对孙冶方的批判，是吴敬琏此生参与的第一场重要的理论论战。在未来的数十年中，他还将卷入10多场重要论战，其中不少场的是非曲直，迄今仍未定案。不过就第一场而言，他站在了真理的对面，尽管他只是一个小小的、被利用了的配角。
吴敬琏日后对这段经历从不讳言。他说，这段时期所研究的问题和所做的学问，虽然其中是一些技能型知识，还是有用的，但从总体上来说是一些“假问题”和“伪科学”。他多次在公开场合讲述自己参加对孙冶方批判的事，一次次揭开滴血的伤口，表达忏悔，对自己进行批判。1997年，他在《我与顾准的交往》一文中沉痛地写道：“对于我们自己来说，却不能不把自己由于自私和盲从而在政治运动中采取错误的态度引为终生的教训。”2000年，吴敬琏因揭露股市黑幕而达到个人声望的顶峰，中央电视台《对话》栏目专门为他录制了一期节目，以表达对他的敬意，面对全国亿万观众，他坦陈，“我也曾经走过很长一段时间的弯路，当过风派人物……”在谈及孙冶方和顾准时，他说，“他们树立了非常好的榜样，我要达到他们那个境界还差得很远”。
发生在1964年的这场运动，拿敢讲真话的老马克思主义者孙冶方开刀，使全国知识分子噤若寒蝉。此后13年，中国经济理论界万马齐喑。