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明军北伐，于元至正二十八年（1368）三月攻下汴梁（今河南省开封市）。四月，朱元璋亲自前去汴梁，考察是否适合未来迁都于此。洪武元年（1368）八月，朱元璋再次前往汴梁巡视。曾经繁华无比的汴梁经过了多年战争，已经破败不堪，且是四面受敌之地，最终被放弃。放弃汴梁，还有经济上的考量；在南京建都，可就近利用江南财富来供给朝廷开销，不必长途转运，节省无数民力。
之后朱元璋以应天为南京，另以临濠（后改称凤阳，今安徽省凤阳县府城镇）为中都。朱元璋建设中都的理由是：“临濠则前江后淮，以险可恃，以水可漕。”
朱元璋在中都进行了规模浩大的工程，修建城市宫阙。但洪武八年（1375），朱元璋巡视中都之后，很不满意，以“役重伤人”为由，下令停工。
定都南京，存在的问题是与中原距离较远，对各类突发事件应对较慢，而中原乃是天下战略的根本所在。洪武六年（1373），朱元璋曾云：“朕今新造国家，建邦设都于江左，然去中原颇远，控制良难。”
后来御史胡子祺一度上疏，请迁都关中，“举天下莫关中若也”。朱元璋一度考虑以洛阳或者西安为都，都未曾实现。洪武二十四年（1391），朱元璋遣太子朱标巡视关、洛。朱标欲定都洛阳，归而献图。但朱标不久病死，沉浸在丧子之痛中的朱元璋，再也无心迁都。
建文帝即位后，厉行削藩，朱棣发动靖难之役，取得皇位。永乐元年（1403）正月，朱棣将龙兴之地北平改称北京，改北平府为顺天府。设北京行部、北京留守行后军都督府、北京国子监等机构，分掌军政事务。永乐七年（1409），朱棣由南京返回北京，此期间在北京选定了陵寝所在，这清晰表明他将迁都北京。永乐十一年（1413），朱棣再回北京，铸中央各部门印，将徐皇后安葬于长陵，在北京举行会试、殿试，都昭示着迁都已是确凿。永乐十八年（1420）十一月初四，朱棣颁布迁都诏。永乐十九年（1421）元旦，朱棣正式迁都北京。
明人丘濬精辟地指出，朱棣迁都北京乃天下万世之大势：“盖天下财赋出于东南，而金陵为其会；戎马盛于西北，而金台为其枢。”
用东南之财赋，统西北之戎马，对付不时出击的游牧部落，稳固天下，乃此后明廷的战略中心。
草原上的游牧民族，他们没有固定的居住地，通过迁徙游牧为生。他们全民精于骑射，勇猛彪悍，平时以畜牧狩猎为生，当靠畜牧狩猎不能维持生存时，便发动战争，通过掠夺来获取生存所必需的资源。比之于农耕民族在土地上的固着性，游牧民族在军事上具有以下几个优点：首先，游牧民族具有强大的军事动员机制。游牧民族每日的生活、劳作，都离不开骑马射猎，这种生活本身就带有军事性质，使得游牧民族具有更高的军事素质。其次，游牧民族具有更强的求生欲望。农耕民族依赖于气候、地理之厚，在各般自然灾难之下，会有痛苦的记忆，但这对整个族群并不是致命性的打击。一次次自然灾害留下痛苦回忆之后，农耕民族又再次顽强地从土地上兴起。处于草原之中的游牧部落，对自然的依赖度，比之于农耕民族更甚，自然界条件的恶化，天象的变幻无常，带来的常是整个部落的灭顶之灾，之后再无喘息之机。故而危机来临时，游牧民族常以战争的方式，通过对农耕民族的征战来解脱危机。再次，游牧民族的流动性，使得它在军事上有着极强的机动性。在火器改变战争形态之前，拥有机动性的一方，具有无与伦比的优势，它可以选择最佳的地点，通过快速机动而加以突破。游牧部落通过劫掠，获得所需要的各种资源，当实力强劲时，更可与中原王朝一较高下，争夺天下。
中国历史上，一个个游牧民族走上历史舞台，一次次向中原王朝发起挑战。面对游牧民族的袭扰，若是当时的皇帝久经战阵，且以开拓疆土为乐事，如汉高祖、唐太宗等，自然是长驱出塞外、饮马贺兰山了。逢到国势昌隆，内部安定之时，对游牧民族用兵，也可满足帝王们彰显武功的情怀。朱棣以开疆拓土为乐事，又逢国势昌隆，内部安定，自然要彰显武功，对蒙古各部用兵了。
在永乐朝初期，蒙古主要分为三部，兀良哈部活跃在辽河、西辽河、老哈河流域，鞑靼部活动在鄂嫩河、克鲁伦河及贝尔湖一带，瓦剌部主要在科布多河、额尔齐斯河流域及其以南的准噶尔盆地。在靖难之役时，兀良哈部站在朱棣一方，立下功劳，此后与明廷一直保持良好关系。
鞑靼部与瓦剌部彼此争雄，不时爆发军事冲突。瓦剌与鞑靼互相厮杀，明廷自然乐见，不时还遣使至各部，加以招抚。瓦剌态度较好，永乐六年（1408）十月，瓦剌部马哈木遣人贡马，请印信封爵。明廷封马哈木为特进金紫光禄大夫。至于鞑靼部，本雅失里丝毫不理朱棣的示好，乃至杀掉招抚使者郭骥。永乐七年（1409），朱棣以丘福为征虏大将军，征讨鞑靼部。八月，丘福兵至鞑靼，扔下大军主力，率千余骑兵先行，轻敌冒进，被俘遇害。
丘福败亡，使朱棣大怒，朱棣决定御驾亲征。永乐八年（1410），朱棣率五十万大军，由京师出发，经居庸关、宣府（今河北省张家口市宣化区）、兴和（今河北省张家口市张北县），深入草原。本雅失里率军西逃，朱棣一路追赶，在石勒喀河（在今俄罗斯境内）附近击败本雅失里。此后朱棣又于永乐十二年（1414）、二十年（1422）、二十一年（1423）、二十二年（1424），进行了四次北征。
军事行动之外，在政治经济上，朱棣也全面出击，消除草原部落对中原的影响。朱棣对草原各部采取分化瓦解政策，专门攻打试图建立汗廷，称霸草原的一方，同时在政治上扶持实力较弱的一方，并在经济上允许其与明朝贸易。草原与中原贸易内容广泛，中原提供衣料、铁釜、米、盐、茶，草原则出产马匹、各类皮毛等物。
朱棣持续打击草原部落，分化乃至瓦解了草原部落，影响当时及后世。经过朱棣的出击，彻底终结了蒙古称霸的时代。朱棣之后，曾经雄霸欧亚大陆，卷起无数风暴的蒙古游牧民族，再无往日之辉煌。后世历史上，也曾涌现出光芒万丈的枭雄，如也先、俺答汗、噶尔丹，称霸草原，威胁中原，奈何都是昙花一现，再也无法重振往日祖先们的辉煌。
朱元璋驱逐北元之后，亦将北元视为中国传统王朝的正统，由元至明，乃是天命所归，符合王朝轮替。也正因此，朱元璋一方面视北元为最大的威胁，不断加以打击；另一方面则持续不断加以招抚，试图让这王朝承袭的大戏，略带些温情。
朱棣迁都北京之布局，则可以视为是继承元帝国的雄心，亦是正统王朝之表征。而元朝是外向的帝国，而非封闭的帝国，它影响着欧亚大陆。朱棣时期的大明，在陆地与海洋，都是对外开放的。朱棣遣出的一个个使团，奔走在欧亚大陆上，更有郑和在海洋上的远航，向世界发出大明的声音。朱棣营造了以大明为中心的朝贡体系，这个体系大体上是稳定的。在大明王朝的历史上，哪怕有也先在土木堡俘获明英宗，俺答汗兵临北京城下，也无法颠覆大明王朝。
在朝贡体系之中，朱棣对于遥远的白山黑水之间活跃着的女真，也倾注了较多关注。在登基之后，朱棣即遣使至辽东，试图与女真建立起关系。奴儿干在元朝时被称作“弩而哥”，乃山川秀丽之意。元际曾在奴儿干地方设立东征元帅府，镇守黑龙江口及库页岛等广阔地域。东征元帅府地理偏僻，但有特产如貂鼠、水獭、海狗皮等，乃是贡品。
在设置辽东都指挥使司之后，朱元璋遣使深入白山黑水之间，招抚女真各部。女真各部纷纷来贡，归附大明。永乐元年（1403），朱棣遣邢枢偕同知县张斌，往谕奴儿干，至吉烈迷诸部招抚之，于是海西女真、建州女真、野人女真诸酋长纷纷来附。
建州女真以浑河流域为中心，东达长白山东麓和北麓，南抵鸭绿江边。海西女真分布于开原边外，辉发河流域，北至松花江中游大曲折处。野人女真活动在松花江中游以下，迄黑龙江流域，东达海岸一带。女真各部首领随同邢枢返回京师，朱棣趁机设置奴儿干卫，对各部进行招抚管理。
永乐九年（1411），朱棣令设奴儿干都指挥使司，“统属其众，岁贡海青等物，仍设狗站递送”
。奴儿干都指挥使司管辖范围极广，包含了今黑龙江流域，以及苦夷岛（库页岛）、贝尔湖等地。永乐年间，太监亦失哈先后多次巡视奴儿干，宣告大明对此地的统治。亦失哈本属海西女真，在战争中被明军俘获，入宫成了太监。永乐九年，亦失哈第一次巡视奴儿干，“赐以衣服，赏以布钞”，令各部首领收集民众，自相统属。
永乐十年（1412）冬，亦失哈第二次巡视，携带大量物资赏赉，自海西抵奴儿干及海外苦夷岛，赐男妇以衣服、器用，给以谷米，宴以酒食。此次巡视，亦失哈在奴儿干都指挥使司所在地的江边建永宁寺。
宣德年间，亦失哈先后三次巡视奴儿干。其中宣德七年（1432），亦失哈率官军两千，巨舟五十，再至奴儿干。此次巡视，民皆如故，只是永宁寺已破毁，亦失哈重建永宁寺，对当地民众“仍宴以酒食，给以布物”
。
明初与女真各部之间建立的良好关系，在后世的发展中，逐渐改变。宣德十年（1435），因为刘清、阮尧民偷捕海东青，杀害女真人，引发女真人报复，发动对明军袭击。正统四年（1439），明廷限制入贡的女真使团人数与贡物，导致女真部收入锐减，引发不满。而对明廷的不满，将在二百年后大爆发——女真取代北虏南寇，成为大明王朝的心腹大患，并最终终结大明王朝。大明覆灭之后，当初亦失哈在黑龙江出海口的悬崖之上所立的永宁寺碑一直屹立着，直到俄国人到来，方才消失。