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明末清初学者傅维麟在《明书》中认为，元之灭亡，始作俑者乃是方国珍。在元末，方国珍是最早举起反元旗号的，虽然其影响力只在浙江沿海，却也冲击了元廷的统治秩序。
方国珍是台州黄岩人，以贩盐浮海为业，膂力过人。元至正八年（1348），方国珍家业蒸蒸日上，不想原方家之佃主陈氏屡加欺压，视其为奴仆。方国珍大怒，诱杀陈氏，陈氏族人至官府告发方国珍，官府发兵追捕。面对官兵，勇力过人的方国珍左手举几遮蔽，右手握门闩，将官兵格杀。事后方国珍与其兄国璋，弟国瑛、国珉，及邻里逃亡入海。方国珍自知不能免罪，于是举兵起事。方国珍投明之后曾云：“今酷吏藉之为奸，媒蘖及良民，吾若束手就毙，一家枉作泉下鬼，不若入海为得计耳。”
方国珍逃入海中，聚众数千，劫掠船只，屡败元军，称霸于海上。
元至正年间，元廷所任非人，酷刑横敛，天下已有将乱之象。台州、温州等地民众，在村落竖旗云：“天高皇帝远，民少相公多。一日三遍打，不反待如何？”
方国珍之反，在沿海各地有深厚基础。由方国珍首倡，各地叛者云起，江淮红巾，遍布四方。
方国珍的海上力量，对元廷南粮北运造成了极大威胁，江浙行省参知政事朵儿只班领兵围剿。方国珍诱敌深入，将元军引到福州五虎门，出其不意，突然焚舟火攻，杀入元军舟群，大获全胜，擒获朵儿只班。通过朵儿只班，方国珍上书元廷，请求赦免。虽然接受元廷授官，方国珍并不安分，时叛时降，聚啸于大海之上。
元至正八年十二月，方国珍兵攻至温州，官兵皆逃。元至正十一年（1351）正月，方国珍率战船百余艘至岱山洋面。昌国州（今浙江省舟山市）知州帖木儿不花及判官赵观光率兵巡海，抵舟山灌门，两军发生激烈战斗。次日又战，元军溃败，帖木儿不花及赵观光等战死。江浙行省左丞孛罗帖木儿亲领大兵再来围剿，又被方国珍轻松击溃，本人被俘。利用此战胜利的契机，方国珍再次接受招安。此年元廷开黄河故道，韩山童、刘福通起事，连破多县，此时方国珍已反元多年，在各路反元义军之中，乃是资格最老之辈。
在一片纷乱中，方国珍再次反叛，发兵攻陷台州，进袭苏州，焚毁太仓。此后方国珍攻占明州、温州、台州三路，占据浙东，成为一方诸侯。方国珍、张士诚等割据一方后，纷纷招徕天下名士，奈何相当部分文士，是瞧不起这些泥腿子的，“群雄虽无不心敬群士，而群士则多轻鄙之”。方国珍本想招徕永嘉丞达海及乡进士赵惟恒，不想二人都瞧不上他，方国珍大怒，将二人沉江，由是士人皆侧目。
元廷对于士人阶层，原本不大重视，士人阶层能出仕者凤毛麟角。不想方国珍举兵之后，一些南方士人反而拥护元廷，组织义兵打击各地起义军。如青田刘基，平生愤恨方国珍、张士诚辈所为，被元廷任命为江浙行省都事，领兵与方国珍对抗。刘基力主围剿方国珍，方国珍重金贿赂刘基上司，终获招安。上司谴责刘基擅作威福，致其受免职羁管的处分。
在元末大乱局中，方国珍控制下的浙东三郡，相对稳定，方国珍也延揽了一些士人，为其出谋划策。此时，方国珍拥有最强的海上力量，只要出击，可以左右天下格局，哪怕不能争霸天下，也可为一方诸侯。章子善曾建议：“今豪杰并起，有分裂之势。足下奋袂一呼，千百之舟，数十万之众，可立而待。溯江而上，则南北中绝，擅馈运之粟。舟师四出，则青徐、辽海、闽广、瓯越，可传檄而定。审能行此，人心有所属，而霸业可成也。”
奈何方国珍却无争雄之心，只想自保浙东一方。如他所言：“君言诚是而远矣。然智谋之士，不为祸始、不为福先。朝廷虽无道，犹可以延岁月；豪杰虽并起，智均力敌，然且莫适为主。保境安民，以俟真人之出，斯吾志也。愿君勿复言。”
方国珍毫无称雄之心，只想为一方富翁，任由“天命真人”去收拾天下。后世史家对方国珍评价都很低，如“国珍者市井之徒，斗筲之器，宜其无定见也”，“智昏择木，心怀首鼠”
。
方氏兄弟占据浙东三郡，减轻赋税、祈雨救旱、经营盐业，也算有所作为。但方国珍兄弟出身底层，俱不知书，身边的幕僚，主要是同邑刘仁本、张本仁、郑永思，永嘉丘楠等人。幕僚之中，唯丘楠为人廉慎，其余多是原先的州县胥吏，贪贿营私，无深虑远略，倒也符合方国珍的胃口。方国珍兄弟子侄分治各地，侄儿方明善治理温州，颇有法度，小有成就。其兄方国璋、其弟方国瑛在台州，每日忙着买田造舟、从事贸易，哪有争霸天下的气象。
元至正十六年（1356）三月，朱元璋攻克集庆路，更名为应天府。元至正十八年（1358），朱元璋遣军攻下婺州，置中书浙东行省。此时朱元璋兵锋虽盛，仍面对元廷、张士诚、陈友谅等势力，天下大势尚不明朗，方国珍左右逢源，只求自保一方。
元定都于北方，距离江南极远，京师中的供给依赖于江南。明初叶子奇云：“元京军国之资，久倚海运。及失苏州，江浙运不通；失湖广，江西运不通。”
每年江南之粮，分为春夏二运，多至三百万余石，足见漕运对元廷的重要性。张士诚、方国珍占据江南，断绝了元廷的漕粮供应，元廷不得不对这两股势力加以招徕，以求运粮北上。在付出了足够价码之后，达成妥协，张士诚输粟，方国珍具舟，达识帖木儿总督之。
元至正二十一年（1361）起，张士诚、方国珍每年海运粮食十余万石送往大都，连续四年海运粮食达四十八万石，缓解了元大都的粮食困境，使元廷得以苟延残喘。元至正二十二年（1362），元廷一度还请方国珍出面，想要招降朱元璋。方国珍两次遣人去找朱元璋，朱元璋拒见，导致方国珍大为惊惧，唯恐朱元璋一怒之下，兴师讨伐自己，赶紧将元使送走。
慑于朱元璋的兵威，方国珍一度投降朱元璋，被封为福建行省平章。如同对元廷一般，方国珍继续阳奉阴违，时叛时降。元至正二十六年（1366）十一月，朱元璋攻下杭州。方国珍遣使，以进贡为名，前往查探朱元璋虚实，同时他又与元将扩廓帖木儿、福建地方武装陈友定交好，形成同盟。朱元璋知道后大怒，历数方国珍十二大罪状，罚责军粮二十万石。朱元璋告诫方国珍：“自求多福，尚可图也。”
元至正二十七年（1367）九月，朱元璋攻克平江，俘获张士诚。在平江胜局已定的情况之下，朱元璋决定对方国珍用兵。朱元璋命朱亮祖领兵，先下台州，次克温州。另派汤和领兵，直攻方国珍老巢庆元（今浙江省宁波市）。方国珍丢失在浙东的三个主要根据地台州、温州、庆元，领兵退入舟山群岛。汤和在海上与方国珍交战，方国珍大败，损失战船二十五艘，仅领几百人逃入大海，计穷无路，最后只得投降。洪武元年（1368）正月，朱元璋在南京定都，方国珍至南京，得授官赐第，也是富贵可致。
就朱元璋而言，他一直声称“天不与首乱者”。他曾举例：“昔秦末陈胜、吴广，以妖术惑众，各称王号，后皆为人所杀，而成大业者乃汉高祖得之。”
朱元璋要论证自己起兵反元的正当性，又要表明自己没有违背君臣纲常。而在元末乱世之际，第一个举旗反元的乃是方国珍，这就为朱元璋“天不与首乱者”提供了合理解释。方国珍首倡反元，此后群雄崛起，而元廷失德，朱元璋一统天下，乃是顺应天意，自然他要厚待方国珍了。
再说汤和，在浙江取胜之后，由舟山出发，从海路征闽。洪武元年正月，汤和领明军入闽，很快荡平割据势力。二月，元朝漳州路达鲁花赤迭里弥实自杀，泉州路郡县也相继降服。三月，置泉州卫；五月，置漳州卫。
方国珍虽降，但属下溃军各自独立，形成以叶希戴、王子贤等为首的几股势力，占据秀山、兰山、岱山、剑山、金塘，五山争利，内相仇杀，外连倭夷，史称“五山作乱”。汤和率部由福建还师南京途中，在舟山群岛驻扎，遭到叶希戴等人偷袭，蒙受了一定损失。汤和在昌国被秀、兰山贼所偷袭，损失惨重，“故不得封公”；对此，汤和耿耿于怀，多年之后，加以报复。
洪武三年（1370），叶希戴、王子贤联合，驾舟二百余艘，突入定海（今浙江省宁波市镇海区）港，攻打府城，被驸马都尉王恭击退。次年，又攻入象山县城，抓住县丞王茫。方国珍余部出没于大海之上，让朱元璋很是头疼，遣兵至舟山加以围剿。洪武四年（1371）十二月，诏靖海侯吴祯统领方国珍所部，温州、台州、庆元三府军士及兰、秀山无田粮之民尝充船户者，共十一万一千七百三十人，隶各卫为军。洪武十四年（1381）十月，朱元璋又颁布禁令，“禁濒海民私通海外诸国”。
洪武十九年（1386），朱元璋令汤和到浙江筹划海防。舟山沿海此时已经形成了完备的海防体系，汤和上任后，以劳兵糜饷为由，将设在舟山的昌国卫（今浙江宁波象山昌国镇）迁到象山，只留下两个互不统辖的千户所，防备空虚，为日后海上走私集团的发展壮大留下了空间。
汤和又以“海岛居民外联海盗，内相仇杀”为由，奏请徙民废县，将舟山群岛居民全数迁徙到内地。动迁开始，民逃兵追，抗拒者遭打或杀，抓人焚屋。当地人王国祚见此惨状，进京告御状，力陈居民内迁之弊。王国祚认为，昌国卫地方民众本身就可抵御海寇，今将民众全部内迁，则海寇无所顾忌，外海不靖，内寇必定乘机而起。保留昌国卫，不但乡亲避免流离冻馁他乡，也可减少军饷。
朱元璋看了王国祚所陈之后，批示：“看得尔处有好田好地，许尔等搭屋居住，看守犁耙。有盗贼来，自备刀，杀了来说。”
恩准未迁者不再内迁。如此舟山岛有八千八百零五人不予迁徙，其余四十六岛的一万三千余户、三万四千余人迁往浙东、浙西各州县及汤和老家安徽凤阳县。
汤和徙民废县之举，对后世造成了巨大影响。大批舟山群岛民众被迁到山区，生活无着，多有冒险返回舟山者，加入武装走私队伍。“兰、秀二山居民悍勇善斗击，习海事”
，当年就有人建议元廷将之招募，用来对付方国珍。私下回归舟山后，他们以其对海洋的了解，精湛的操舟技术，壮大了走私集团，出现了“片板不许下海，艋艟巨舰反蔽江而来”的景象。
而沿海走私贸易的猖獗，进一步刺激了大明朝廷下达更加严格的海禁。洪武三十年（1397）四月，“申禁人民无得擅出海与外国互市”。海禁越严，走私所带来的暴利越甚，更多的人又投入走私团伙之中，从事刀头舔血的海上贸易，而防守空虚的舟山群岛，成了走私团伙出没的据点。