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思维是人类观察世界、认识世界、改造世界的基本程式，是思维主体、思维对象、思维工具三者之间的一种结构关系。天人相应、取象比类、揆度奇恒、司外揣内等思维方法不仅是《内经》临床体系构建过程中的方法学，也是临床认识疾病、指导临床用药最常用的思维方法。
“天人相应”是《内经》认识疾病的基本思维方式之一。《灵枢·岁露》云：“人与天地相参也，与日月相应也。”《素问·气交变大论》亦云：“善言天者，必应于人……善言应者，同天地之化，善言化言变者，通神明之理。”说明了人与自然界普遍联系的特性。
从生理上讲，人与天地自然界万物同构相通相应。《素问·宝命全形》云“天有阴阳，人有十二节；天有寒暑，人有虚实”，说明人体生理功能当顺应自然环境，如自然界有春温、夏热、长夏湿、秋燥、冬寒的气候变化，人体的生理活动亦当符合春生、夏长、长夏化、秋收、冬藏的相应变化。
从病理上讲，人体调节功能失常，不能对天地环境变化做出适应性调节时就会发生疾病。如《灵枢·百病始生》言：“夫百病之始生也，皆生于风雨寒暑、清湿喜怒。喜怒不节则伤脏，风雨则伤上，清湿则伤下。三部之气，所伤异类。”同时，在疾病的发生、发展过程中，诸多天时因素也发挥重要作用。如《素问·生气通天论》中认为：“因于露风，乃生寒热。是以春伤于风，邪气留连，乃为洞泄。夏伤于暑，秋为痎疟。秋伤于湿，上逆而咳，发为痿厥。冬伤于寒，春必温病。四时之气，更伤五脏。”说明四时之气对发病有一定的影响。《灵枢·顺气一日分为四时》曰：“朝则人气始生，病气衰，故旦慧。日中人气长，长则胜邪，故安。夕则人气始衰，邪气始生，故加。夜半人气入脏，邪气独居于身，故甚也。”说明了一般疾病大多白天病情较轻，夜晚较重。因为早晨、中午、黄昏、夜半，人体的阳气存在生、长、收、藏的规律，因而病情亦随之有慧、安、加、甚的变化。
从养生防病来讲，《内经》非常注重顺应环境四时并体现在未病先防的预防思想之中。如《素问·四气调神大论》提出：“夫四时阴阳者，万物之根本也。所以圣人春夏养阳，秋冬养阴，以从其根，故与万物沉浮于生长之门。”《内经》根据“天人相应”的理论，强调养生中应当顺应自然界四时阴阳的变化。即春夏阳气生长，养生应顺应天时而注意养护阳气；秋冬阳气收藏，养生应顺应天时而注意养护阴精。
取象比类是由宏观认识微观、以一般推论个别、从抽象到具体、从已知到未知，实现认识由一个领域向另一个领域过渡的主要思维方法。
《素问·示从容论》云：“夫圣人之治病，循法守度，援物比类。”这里的“援物比类”就是取象比类之意。它是在掌握大量感性材料的前提下，以具体的形象或现象为基础进行抽象，并与已知相似事物或现象进行比类，进而推论出其相似或相关的性状特点的思维方法。《内经》中援物比类的方法俯拾皆是。如《灵枢·五变》云：“请论以比匠人。匠人磨斧斤，砺刀削斫材木，木之阴阳，尚有坚脆，坚者不入，脆者皮弛，至其交节，而缺斤斧焉。夫一木之中，坚脆不同，坚者则刚，脆者易伤，况其材木之不同，皮之厚薄，汁之多少，而各异耶……黄帝曰：以人应木，奈何？少俞答曰：木之所伤也，皆伤其枝，枝之刚脆而坚，未成伤也。人之有常病也，亦因其骨节、皮肤、腠理之不坚固者，邪之所舍也，故常为病也。”以刀斧砍削树木，其结果不同的原因在于树木本身质地的差异，推论出病因相同，而发病情况不同的原因在于体质的差异。取象比类法在《内经》中得到了广泛的应用，主要表现在阐述人体的生理功能及疾病的病因病理、诊断方法、治则治法等方面。
说明生理现象：在“与天地相应，与四时相副，人参天地”的思想指导下，《内经》广泛应用自然现象类比人体，以说明人体某些生理现象。如《灵枢·刺节真邪》云：“下有渐洳，上生苇蒲，此所以知形气之多少也。”下面有水湿的沼泽地，上面才能生长蒲草和芦苇，从它们是否茂盛，可想到水泽的多少。同理，从人体外形的强弱，就可以测知气血的多少。又如《灵枢·五癃津液别》云：“天暑衣厚则腠理开，故汗出……天寒则腠理闭，气湿不行，水下留于膀胱，则为溺与气。”说明春夏阳气发泄，气血容易趋向于体表，表现为皮肤松弛、疏泄多汗等；秋冬阳气收藏，气血容易趋向于里，表现为皮肤致密、少汗多尿等。人体五脏六腑、气血津液、经络等功能的协调，维持着人体正常的生理功能。
分析病因特性：《内经》运用取象比类思维方法建立了独特的病因学理论体系。举例而言，古代医家发现由某种病因所致的以病位游移、行无定处等为特性的病证，犹如自然界中风的善行、数变的特性，故将这种病因命名为风邪。如风疹块就有皮肤瘙痒、发无定处、此起彼伏的特点。《素问·风论》云“风者，善行而数变”正是说明了这点。
帮助疾病诊断：《素问·五藏生成》云：“五脏之象，可以类推；五脏相音，可以意识；五色微诊，可以目察。”《内经》中多处引用五色、五音、五味等内容帮助临床疾病的诊断。《素问·五藏生成》云：“五脏之气，故色见青如草兹者死，黄如枳实者死，黑如炲者死，赤如血者死，白如枯骨者死，此五色之见死也。青如翠羽者生，赤如鸡冠者生，黄如蟹腹者生，白如豕膏者生，黑如乌羽者生，此五色之见生也。生于心，如以缟裹朱；生于肺，如以缟裹红；生于肝，如以缟裹绀；生于脾，如以缟裹栝楼实；生于肾，如以缟裹紫。此五脏所生之外荣也。”文中论五脏生色，如翠羽、鸡冠、蟹腹等均系形象比喻，表示内脏精气不衰，预后良好；论及死色，如草兹、枳实、炲等说明内脏精气衰败，不能内守而外露，预后不良。
指导疾病治疗：《灵枢·玉版》云：“何物大于天乎？夫大于针者，惟五兵者焉，死之备也，非生之具。且夫人者，天地之镇也，其不可不参乎？夫治民者，亦唯针焉。夫针之与五兵，其孰小乎？”以针和五种兵器相比较，强调针的作用。《灵枢·逆顺》亦云“《兵法》曰：无迎逢逢之气，无击堂堂之阵。《刺法》曰：无刺熇熇之热，无刺漉漉之汗”，将针刺治病与打仗进行类比。打仗时如果敌人士气锐盛，阵容严整，则不可轻易冒进迎击。同理，治病时在患者呈现大热大汗，病邪病势旺盛则不可施针，必待热其势衰退之际方可刺之。
后世在《内经》基础上，运用取象比类思维创造了许多在临床上非常有效的治疗方法。例如治疗火热上炎的“釜底抽薪”法，使用属寒凉和具有泻下作用的汤药，如用大承气汤通腑泄热，即用苦寒通便的药物来达到退热的目的；治疗肠燥便秘的“增水行舟”法，是使用滋阴补液的汤药，生津润肠以通大便；还有治疗肺气闭阻、肃降失职、小便不利的“提壶揭盖”法，运用宣发肺气的汤药，调畅气机，以下小便等。
“揆度”，即揆情度理，犹言测度、思考与谋划。“奇”是变，“恒”是常。“揆度奇恒”就是用比较的方法测度事物的正常和异常。
疾病是由于外感六淫、内伤七情、饮食劳逸等因素作用于机体，引起的异常生命活动过程。《素问·经脉别论》以整体观念为基础，指出疾病产生的关键在于“过用”，即所谓“生病起于过用”。凡适度则为“常”、为“恒”；过用则为“变”、为“奇”。《灵枢·五变》认识到“同时得病，其病各异”。外邪入侵之病与不病，与体内环境的失调及天地四时阴阳变化等皆有密切关系。因此，必须从整体角度综合揆度各种内外因素对疾病的影响，才能准确把握疾病的发生、发展变化的机制。
《素问·疏五过论》曰：“善为脉者，必以比类奇恒，从容知之。”揆度脉之变化可了解正气强弱及疾病的性质、发生、发展，以及推测疾病的预后。平脉为恒，病脉为奇。正常人体脉象随自然界四时季节的不同，会产生诸如春弦、夏洪、秋毛、冬石等有规律的变化。如《素问·脉要精微论》云：“四变之动，脉与之上下，以春应中规，夏应中矩，秋应中衡，冬应中权。”《素问·玉机真藏论》云：“所谓逆四时者，春得肺脉，夏得肾脉，秋得心脉，冬得脾脉，其至皆悬绝沉涩者，命曰逆四时。未有脏形，于春夏而脉沉涩，秋冬而脉浮大，名曰逆四时也。”脉逆四时为脉与四时不相通应，则为病。所以《素问·平人气象论》中说：“脉得四时之顺，曰病无他；脉反四时及不间脏，曰难已。”
揆度治法之奇恒：正治法为恒，从治法为奇。在多数情况下，病机与症状性质符合，故治疗当补偏救弊，所谓“寒者热之”“热者寒之”“虚则补之”“实则泻之”等，皆为治疗之常法。但随着疾病的发展，往往变证多端，会产生“寒极生热”“热极生寒”，以及“大实有羸状”“至虚有盛候”等变化，《素问·至真要大论》中使用“寒因寒用”“热因热用”“通因通用”“塞因塞用”等从治之法，从揆度奇恒的角度看，可称为治之奇法。
“司外揣内”是《内经》中最重要的诊察原则之一，它是在古代辩证唯物主义认识论思想指导下，经过长期的临床实践，不断积累经验而形成的。
中医诊断学的望、闻、问、切四诊方法就是基于体表与体内脏腑的密切关系而采取的行之有效的诊察方法，是“司外揣内”原则的具体运用。《内经》根据体表与脏腑的本质联系，将通过四诊获取的外部资料，经过综合分析，推断体内脏腑的生理功能和病理变化，以了解疾病的本质。故《灵枢·外揣》云：“五音不彰，五色不明，五脏波荡，若是则内外相袭，若鼓之应桴，响之应声，影之似形。故远者，司外揣内，近者，司内揣外，是谓阴阳之极，天地之盖，请藏之灵兰之室，弗敢使泄也。”
《内经》认为在诊治疾病的过程中，不仅要看到疾病现象和本质相一致的方面，更要看破现象与本质不一致的方面，才能透过现象看到疾病的本质，例如临床中的真寒假热证、真热假寒证等。因此，《内经》一再强调“能合脉色，可以万全”“能参合而行之者，可以为上工”。就是说医生诊断疾病时，一定要把通过四诊感官收集到的情况通过去粗取精、去伪存真地综合分析，方能透过疾病的现象，抓住疾病的本质。