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根据药物分子及其API固体形态的性质，口服药物的吸收可进行更详细的分类：
药物可分为不可解离型药物和可解离型药物两种。可解离型药物进一步分为酸、碱，或两性化合物。酸、碱以及两性化合物的API固体形态可进一步分为游离型和盐型（如碱性药物成HCl盐）。渗透性限速情况下的吸收PL情况下，固体形态的差异不会影响药物的口服吸收。但是，溶出速率限速情况下的吸收DRL和溶解度和渗透性共同限速情况下的吸收SL情况下，药物的固体形态会显著影响药物的口服吸收。
对于不可解离型药物和游离型酸性药物，胃的pH值变化对于药物的溶解度和溶出速率的作用可忽略不计；因此，这两种化合物的生物药剂学模型是最简单的，主要的论述请参见第8章。
游离型碱性药物在低pH值环境的胃中比高pH值的小肠中的溶出速率大。但随着胃内容物进入小肠，pH被中和，药物的溶解度降低。在胃中因溶出变成小颗粒的游离碱颗粒，到了小肠后，重新变大（溶出的药物分子重新聚集到游离碱颗粒的固体表面）。相对于盐型药物，游离碱的生物药剂学建模比较简单，主要的论述请参见第8章。
对于盐型药物，口服吸收过程要复杂得多。盐型的药物通常在胃肠液中迅速溶出。然而，一旦盐型药物浓度达到过饱和溶解度的临界点，游离型药物就会在胃肠道中沉淀析出固体。因此在生物药剂学建模时，必须考虑成核现象。但目前尚不清楚药物分子在胃肠道环境下是如何成核的，因此还无法通过体外数据定量地预测胃肠道过饱和的程度和持续时间。同样，共晶、无定型、过饱和制剂处方也不能从体外数据预测。因此，为了提高未来生物药剂学建模的质量，该领域需要进行大量的研究。