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原发闭经多为先天性疾病或功能失调所致，继发闭经多为器官功能障碍或肿瘤引起。本节主要以引起闭经的主要病变所涉及的部位来详解病理性闭经。
宫颈闭锁、阴道横隔、阴道下1/3闭锁和无孔处女膜等，均可引起经血流通障碍而发生闭经，多于月经初潮后发现。如子宫及阴道发育正常，初潮后经血积存于阴道内，继而扩展到子宫，形成阴道、子宫积血，积血过多可流入输卵管，通过伞部进入腹腔，伞部附近的腹膜受经血刺激发生水肿、粘连，致使输卵管伞部闭锁，形成阴道、子宫、输卵管积血。
临床表现：青春期后出现逐渐加剧的周期性下腹痛，但无月经来潮。严重者伴有便秘、肛门坠胀、尿频或尿潴留等症状。无孔处女膜检查时可见处女膜向外膨隆，表面呈紫蓝色，无阴道开口。
子宫性闭经分为原发性和继发性子宫性闭经两种。原发性子宫性闭经：由于子宫的发育异常和初潮前的子宫内膜病理性破坏导致的闭经。继发性子宫性闭经：多由于初潮后进行宫腔创伤性操作而导致的宫腔粘连或感染、放疗造成子宫内膜破坏、子宫切除术后等。
约20%的青春期原发闭经伴有子宫阴道发育不全。这是由于副中肾管发育障碍引起的先天畸形，可能是基因突变所致，染色体核型正常。临床表现：始基子宫或无子宫、无阴道，而外生殖器、输卵管、卵巢发育正常，性激素分泌及排卵正常，女性第二性征正常。部分患者合并其他脏器畸形（如泌尿道、骨骼、心血管系统）及听力障碍等。
又称睾丸女性化综合征或男性假两性畸形。患者性染色体为XY，性腺为睾丸，可位于腹腔内或腹股沟区，且具有男性血清睾酮水平。这是因为外阴靶器官缺乏雄激素（双氢睾酮）受体，对睾酮不反应，使外阴被动发育成女性外阴，有浅短的盲端阴道，但无子宫及输卵管。
临床表现：青春期后可有乳房发育，但乳头发育欠佳，乳晕苍白，阴毛、腋毛稀少。患者常因原发闭经就诊，因异位睾丸有恶变风险，确诊后应切除性腺，但何时切除目前尚有争议，有的学者认为应等青春期发育后再切除性腺。
创伤性宫腔粘连是指子宫内膜破坏引起继发闭经。多发生于流产吸宫术后，少数发生于产后刮宫术或剖宫产术后。手术时损伤子宫内膜基底层及颈管内膜，引起子宫腔及子宫颈管部分或全部粘连，导致子宫内膜不应性或阻塞性闭经。子宫腔可有积血（因颈管粘连阻塞），甚至经血自输卵管反流入腹膜腔。
临床表现：在吸宫或刮宫术以后出现闭经或月经过少，可伴有周期性腹痛。
流产及产后子宫内膜严重的感染或子宫内膜结核均可破坏子宫内膜，引起闭经。
临床表现：子宫内膜结核多数为原发性，少数处于结核活动期，可以伴有结核症状，涉及卵巢者较少见。
卵巢先天发育不全或功能缺陷、卵巢周期异常、结构破坏以及肿瘤等，均可引起卵巢激素水平低下或缺乏周期性变化，发生闭经。
特纳综合征（Turner’s syndrome）是一种先天性染色体异常所致的疾病，也是人类唯一能生存的染色体单体综合征。Turner综合征于1959年被证实系因性染色体畸变所致，由于性染色体异常，卵巢不能生长和发育，呈条索状纤维组织，原始卵泡在胚胎期消耗过快，至出生时已无卵子，故缺乏女性激素，导致第二性征不发育和闭经。染色体为45，XO/46，XX嵌合体的患者，当46，XX细胞系占多数时，卵巢能发育而维持正常功能。
其异常核型主要包括：①45，XO：最常见，95%自然流产淘汰，仅少数存活出生，有典型的临床表现。②45，XO/46，XX：即嵌合型，约占患病总数的25%。典型的Turner综合征在出生时即呈现身高、体重落后，手、足背明显水肿，颈侧皮肤松弛。出生后身高增长缓慢，成年期身高135~140cm。
临床表现：女性表型，后发际低，50%有颈蹼；盾形胸，乳头间距增宽；肘外翻和多痣等。约35%患儿伴有心脏畸形，其中以主动脉缩窄最为多见。此外，也有患者可见肾脏畸形（如马蹄肾、异位肾、肾积水等），指/趾甲发育不良，第4、5掌/跖骨较短等。患儿外生殖器一直保持婴儿型，小阴唇发育不良，子宫不能触及。大部分患儿因生长迟缓、青春期无性征发育、原发闭经等就诊。
卵巢呈条索状无功能实体，部分患者呈家族性分布，卵巢可有不同程度的功能，有些可以出现乳房发育和月经，以后再出现继发闭经。身材正常，血清促性腺激素水平增高。
临床表现：女性生殖器发育不良，第二性征发育差，但无畸形。
基因突变使发育为男性的中肾管退化而副中肾管发育为女性。性腺为条索状，表现为原发闭经。
临床表现：身材偏高大，腋毛及阴毛少，血雌激素水平低，促性腺激素水平增高，睾酮水平低。因容易发生性腺肿瘤，一旦确诊，需切除性腺。
由于卵巢的胞膜受体缺陷，不能对促性腺激素产生反应，无法分泌性激素，更谈不上负反馈抑制垂体。
临床表现：卵巢形态饱满，内有多数始基卵泡及少数初级卵泡，第二性征发育欠佳或不发育，出现闭经及促性腺激素（特别是FSH）升高。但有学者认为，这类患者的血促性腺激素水平升高并不意味着卵巢功能不可逆，也不代表其永久衰竭。临床上约有20%的患者可以恢复月经，甚至有排卵及成功受孕的报道。
40岁前绝经的患者可以称之为卵巢功能早衰。卵巢内无卵母细胞或虽有原始卵泡，但对促性腺激素无反应，无明确诱因的卵巢功能早衰最常见。另外，自身免疫性疾病亦可引起卵巢功能早衰，循环中存在多种器官特异性自身免疫抗体，卵巢活检可见淋巴细胞浸润。部分卵巢功能早衰者可有性染色体异常的情况，如45，XO/46，XX或47，XXX。遗传因素、病毒感染、医源性损伤与卵巢功能早衰也有关。
临床表现：继发闭经，常伴围绝经期症状，具有低雌激素及高促性腺激素特征。
以长期排卵障碍及高雄激素血症为特征，常伴有胰岛素抵抗和卵巢多囊样改变。临床表现为闭经、不孕、多毛和肥胖。
由于产生过量的雄激素抑制下丘脑-垂体-卵巢轴的功能而闭经，产生雄激素的卵巢肿瘤如睾丸母细胞瘤、卵巢门细胞瘤等。或是因持续分泌雌激素抑制了排卵，使子宫内膜增生过长而短暂闭经。分泌雌激素的卵巢肿瘤如卵巢颗粒细胞瘤、卵泡膜细胞瘤等。
垂体性闭经为中枢性闭经，主要致病环节在腺垂体，其器质性病变影响促性腺激素的分泌，继而导致卵巢功能低下而引起闭经。
产后大出血休克会造成垂体急性缺血或是坏死，腺垂体最敏感，其丧失正常功能后可引起一系列腺垂体功能低下的症状。比如，促性腺激素分泌细胞坏死，也可累及促甲状腺激素分泌细胞、促肾上腺皮质激素分泌细胞。
临床表现：出现闭经、无泌乳、性欲减退、毛发脱落等症状，第二性征衰退，生殖器官萎缩，以及肾上腺皮质、甲状腺功能减退，出现畏寒、嗜睡、低血压、低基础代谢率等，可伴有严重而局限的眼眶后方疼痛、视野缺损及视力减退等症状。
垂体肿瘤分泌激素抑制GnRH分泌和/或压迫分泌细胞，使得促性腺激素分泌减少。腺垂体位于蝶鞍内，它包含着各种腺细胞，可发生催乳激素腺瘤、生长激素腺瘤、促甲状腺激素腺瘤、促肾上腺皮质激素腺瘤，以及无功能的垂体腺瘤。如常见的催乳素细胞肿瘤可引起闭经溢乳综合征。
临床表现：不同类型的肿瘤可出现不同症状，但都有闭经的表现。
因蝶鞍膈先天发育不全、肿瘤或手术破坏，造成蝶鞍内出现空隙，脑脊液趁势流向蝶鞍的垂体窝。垂体受压缩小，而蝶鞍扩大，重压之下，下丘脑与垂体间的门脉循环受阻，出现闭经和高催乳素血症，有时发生泌乳。
临床表现：X线检查仅见蝶鞍稍增大；CT或MRI检查则更精确显示，在扩大的垂体窝中，可见萎缩的垂体和低密度的脑脊液。受压明显时患者可有头痛、视力下降、视野缺损等压迫症状。
这是最常见的一类闭经，以功能性障碍为主。下丘脑弓状核含有传导神经内分泌的神经元，它接受多处脑功能区的神经冲动，并汇合成信号促使GnRH脉冲式释放。在卵泡期，为维持正常卵泡功能，约每90分钟有一次GnRH脉冲，若脉冲式分泌模式异常，比如频率、幅度及量的变化，都会导致卵泡发育障碍而闭经。
精神创伤、环境变化等因素均可使机体处于紧张的应激状态，扰乱中枢神经与下丘脑之间的联系，从而影响下丘脑-垂体-卵巢轴而闭经。这种应激状态多见于年轻未婚的女性，或是工作节奏紧张的脑力劳动者；如盼子心切、畏惧妊娠等强烈的精神压力，也可能干扰内分泌功能，发生假孕性闭经。其发病机制可能是人体处于应激状态时，下丘脑分泌的促肾上腺皮质激素释放因子持续上升，抑制了GnRH的脉冲式释放。
临床表现：闭经多为一时性，精神因素解除后，月经通常很快自行恢复，也有持续时间较长的患者。
中枢神经对体重急剧下降特别敏感，不论是单纯性体重下降，还是真正的神经性厌食，均可诱发闭经。神经性厌食通常是由内在情感产生剧烈的矛盾，或是为保持体形而强迫节食引起的下丘脑功能失调。GnRH浓度降至青春期前水平，促性腺激素和雌激素水平低下而发生闭经。
临床表现：精神性厌食、严重消瘦和闭经。
剧烈的运动或是高强度的训练，如长跑、芭蕾和现代舞蹈等可导致闭经，其原因是多方面的。
临床表现：体内脂肪含量降低和营养低下可引起瘦素水平下降及应激状态，引起生殖轴功能抑制，GnRH释放障碍。
这是一种先天性下丘脑GnRH分泌缺乏或不足引起的闭经，常伴有嗅觉丧失或嗅觉减退。因基因缺陷引起先天性GnRH缺陷，是由于染色体Xp22.3的 KAL - 1 基因缺陷所致。
临床表现：低促性腺激素、低性激素性闭经，主要表现为原发闭经，无性征发育，女性内生殖器分化正常。
位于蝶鞍上的垂体柄漏斗部前方可发生颅咽管瘤，它是由先天性残余细胞发展形成，相对罕见。
临床表现：瘤体增大压迫下丘脑和垂体柄时，可引起闭经、生殖器官萎缩、肥胖、颅压增高、视力障碍等症状，也称肥胖生殖无能营养不良症。
长期应用某些药物如吩噻嗪衍生物（奋乃静、氯丙嗪）、利血平以及甾体类避孕药，偶尔也可出现闭经和异常乳汁分泌。其机制是通过下丘脑抑制催乳激素抑制因子或多巴胺的释放，间接引起催乳素升高所致。
临床表现：药物性抑制常是可逆的，一般在停药后3~6个月月经多能自然恢复。
先天性肾上腺皮质增生症（21-羟化酶缺乏）：最多见的是外阴不同程度男性化和女性核型，为常染色体隐性遗传病。肾上腺21-羟化酶不完全缺乏，皮质醇减少对下丘脑和垂体的负反馈减弱，导致垂体促肾上腺皮质激素分泌增加，使皮质醇趋于正常，但雄激素异常升高，性腺为卵巢，内生殖器为女性。
临床表现：婴儿出生时阴蒂肥大，阴蒂下方见尿道口，阴唇融合遮盖阴道口和尿道口。过早男性化表现在青春期乳房不发育，内生殖器发育受抑制，原发闭经。内分泌特征包括ACTH、17α-羟孕酮显著升高，T和P升高，皮质醇偏低，雌激素和FSH低水平。
常见的甲状腺疾病为桥本病及毒性弥漫性甲状腺肿（Graves病）。常因自身免疫抗体引起甲状腺功能减退或亢进，并抑制GnRH的分泌从而引起闭经；也可因抗体的交叉免疫破坏卵巢组织而引起闭经。