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造血干细胞分化发育成不同系列的造血细胞，在分化、发育、成熟的各个阶段，细胞胞膜和胞内的抗原成分会发生变化，这些抗原成分是细胞种系和分化阶段的特征性标志。FCM鉴别恶性细胞的能力是基于它能鉴别正常和异常细胞的不同抗原表达。造血系统的恶性克隆性细胞通常表达与其同源非肿瘤细胞相似的抗原，同时又会违背正常发育规律，并且不同疾病有各自特异性的抗原表达谱。
正常特定组织或样本中血细胞的数量稳定并有一定的比例关系。一些反应性疾病或肿瘤性疾病，细胞构成比和构成成分会变化，描述为表达某抗原的细胞百分比增加，如骨髓标本中CD34 + 细胞比例增多。数量的扩增通常还伴随着物理特性的异常和免疫表型的异常。
表现为散射光信号异常，即FSC和SSC异常。如成熟大B细胞淋巴瘤，FSC增大；骨髓增生异常综合征，中性粒细胞颗粒减少，表现为SSC减低。
免疫表型异常或紊乱指异常细胞的抗原表达紊乱，表现为抗原跨系列表达和抗原非同步表达（跨阶段表达）。抗原跨系列表达指某一系列的细胞表达其他系列的抗原，如急性髓细胞性白血病时，髓系原始细胞同时表达CD7、CD56等淋系抗原。抗原非同步表达指早期阶段的抗原和晚期阶段的抗原同时出现，如急性髓细胞性白血病的早期抗原CD34和晚期抗原CD11b等共表达。
抗原表达量异常指抗原表达水平异常或强度异常。与同系列、同期分化的正常造血细胞相比，白血病细胞的某些抗原表达明显异常，表现为荧光强度的增强、减弱或缺失。而对抗原表达量的描述通常是与已知的正常细胞进行比较，用半定量的词语，如高强度表达、低强度表达或表达强度增加/减弱来描述。荧光强度的改变对肿瘤细胞的诊断、治疗和预后具有价值。
很多用来检测抗原的单克隆抗体并非特异性的仅表达于一种血细胞，需联合使用不同的抗体组合来辨别细胞群体的不同抗原表达情况。另外，细胞所处的细胞周期不同，在不同的分化、发育阶段，细胞胞膜或胞内的蛋白质也会发生变化。
对于阳性细胞，通常定性描述要比百分率的描述更有价值。百分率的描述适用于明确表达某种抗原的细胞群及单一细胞群，如培养的细胞株。对于异质性较大的细胞或细胞产生的荧光信号较弱时，可应用定性和定量相结合的分析方法。
荧光强度是抗原密度的反映，荧光强度通常用半定量分析，分析时最好是在相同条件下，与正常细胞的强度作对照。荧光强度除了与细胞抗原密度有关，还与荧光素及它所结合的抗体有关，必要时用平均荧光强度来定量。
在做出诊断性结论时需全面考虑，结合临床资料、形态学、遗传学等检测信息综合分析，这在白血病/淋巴瘤的诊断中尤为重要，要避免单纯地依据免疫表型分析进行诊断。
（袁小庚）