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小肠镜可以在直视下对整个小肠进行检查，发现病变并进行活检，并且能够对部分病变进行内镜下治疗，实现“诊治一体”。但小肠镜技术难度大、花费高、操作时间长，属于侵入性检查项目，有一定并发症发生的风险。临床上需严格掌握其适应证与禁忌证。
1.潜在小肠出血（及不明原因缺铁性贫血）。
2.疑似克罗恩病。
3.不明原因腹泻或蛋白丢失。
4.疑似吸收不良综合征（如乳糜泻等）。
5.疑似小肠肿瘤或增殖性病变。
6.不明原因小肠梗阻。
7.外科肠道手术后异常情况（如出血、梗阻等）。
8.临床相关检查提示小肠存在器质性病变的可能。
9.已确诊的小肠病变（如克罗恩病、息肉、血管畸形等）治疗后复查。
10.小肠疾病的治疗 如小肠息肉切除术、小肠异物（如胶囊内镜等）取出术、小肠血管病变治疗术、小肠狭窄扩张术等。
11.困难结肠镜无法完成的全结肠检查。
12.手术后消化道解剖结构改变导致十二指肠镜无法完成的ERCP。
1.严重心、肺等器官功能障碍者。
2.无法耐受或配合内镜检查者。
1.小肠梗阻而无法完成肠道准备者。
2.有多次腹部手术史者。
3.妊娠妇女。
4.其他高风险状态或病变者（如中度以上食管-胃底静脉曲张、大量腹水等）。
对小肠梗阻的患者而言，胶囊内镜成为禁忌，小肠镜不仅可以明确病因，甚至能够进行内镜下治疗，发挥了很大作用。经口小肠镜无需特殊肠道准备，一般禁饮食一段时间后便可操作，必要时也可进行胃肠减压，并非禁忌。需行经肛小肠镜的患者可采取缓泻、清洁灌肠的方法，并且经肛小肠镜对肠道准备的要求并不如结肠镜高，因此非绝对禁忌证。有多次腹部手术经历的患者可能会因为肠粘连、肠道走行及结构的改变导致进镜困难，增加并发症发生的风险，是小肠镜检查的相对禁忌证，操作者需特别注意避免暴力进镜。对于妊娠妇女及其他高风险状态或病变者，需结合临床，根据病情综合判断，亦非绝对禁忌证。值得注意的是，曾经12岁以下的低龄儿童被视为是小肠镜检查的相对禁忌证，但是目前临床上认为儿童小肠镜检查是较安全的。
（马 田 寇冠军）
中华医学会消化内镜学分会小肠镜和胶囊内镜学组.中国小肠镜临床应用指南［J］.中华消化内镜杂志，2018，10（35）：693-702.