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在整个孕期可以通过三个步骤进行先天性心脏病的筛查。
第一步是在孕早期，在孕13～14周，做颈后透明层检查，胎儿的颈后透明层厚度称为NT，现在很多家长都知道如果NT增厚，如大于3.0mm，那发生复杂性先天性心脏病的概率就会明显增加。所以如果发现NT增厚，需要做染色体方面的检查，即遗传方面的检查。
第二步是孕中期超声的大排畸检查，这时可以对胎儿重要器官是否存在缺陷进行筛查，一旦发现心血管系统存在问题，应寻求有专业资质的医生进行检查。
第三步是胎儿心脏超声检查，明确心脏结构是否异常及严重程度。在孕早期时胎儿的心脏还非常小且不成熟，做胎儿心脏超声还不容易发现心脏结构的畸形。但是在孕17周以后，随着心脏的长大，羊水也慢慢增多，这个时候再进行心脏超声就会比较明显，如果时间过晚，孩子骨骼的发育会对心脏显像造成干扰，且在孕晚期，孕妇羊水较少，对检查图像的质量也会有影响。
看胎儿心脏结构的最佳时期是在孕22～25周，80%的先天性心脏病患儿可以在这个阶段被发现。