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抗原通常具有免疫原性和抗原性两种基本特性。抗原本身性质、机体因素以及进入机体方式等均可影响抗原的免疫原性。 抗原表位是决定抗原特异性的分子结构基础，其性质、数目、位置决定了抗原的特异性。
根据抗原与机体的亲缘关系，可分为异种抗原、同种异型抗原、自身抗原和异嗜性抗原；根据抗原诱导机体产生抗体是否需要T细胞辅助，可分为胸腺依赖性抗原和非胸腺依赖性抗原；根据抗原是否在抗原提呈细胞内合成，可分为外源性抗原和内源性抗原。
医学上重要的抗原物质包括：病原微生物、外毒素与类毒素、动物免疫血清、血型抗原、组织相容性抗原、自身抗原、肿瘤抗原、变应原与耐受原等。超抗原和丝裂原属非特异性的淋巴细胞多克隆激活剂。