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耳鼻咽喉头颈外科属于外科范畴，常见疾病多以手术治疗为主，手术治疗在耳鼻咽喉头颈外科中具有极其重要的地位，部分疾病一旦诊断明确，应首选手术治疗。部分疾病在经生活方式调整、环境控制、规范药物治疗仍无效的情况下，应积极考虑手术治疗。如慢性鼻炎和慢性鼻窦炎患者给予鼻内镜手术，切除鼻息肉，开放鼻窦，矫正鼻中隔，改善鼻窦通气引流；对于慢性扁桃体炎、腺样体肥大患者，在采用非手术治疗无效的情况下，可进行扁桃体和腺样体切除；耳鼻咽喉头颈部的良性及大多数恶性肿瘤也首选手术治疗（除鼻咽癌等少数恶性肿瘤首选放疗外）。药物治疗在耳鼻咽喉头颈外科疾病中仍具有非常重要的地位，对于某些疾病或疾病的某些阶段，以药物治疗为主，如变应性鼻炎、突发性聋、咽喉反流性疾病等，有关耳鼻咽喉头颈外科疾病的临床用药原则见第二章第一节。
眼科疾病的治疗目的是保住或者提高视力，以提高患者的生活质量。目前病因明确的眼科疾病并不多，有许多的眼科疾病是不可逆的病变，如高度近视造成的眼底改变，青光眼造成的视神经及其视觉通路和视觉功能的损害，老年性黄斑变性造成的视力损害等，需要从源头上去预防。
养成良好的生活习惯与用眼习惯，对于眼病的预防非常重要。比如预防紫外线照射，可以预防白内障、翼状胬肉；保护好眼睛尽量不受外伤，可以预防外伤导致的角膜病、白内障、眼内炎等；控制好血糖、血压，可以预防相关的眼底病变等；对于儿童来说保持足够的户外活动时间，不仅可以增加运动量，更可以让孩子接触阳光、防止过度用眼，每天累计2个小时以上的户外活动时间，或每周累计10个小时以上，都可以有效预防近视等。
针对病因进行治疗，根据疾病的特点及进展程度选择合适的治疗方法，包括药物和手术治疗。眼科疾病以手术治疗、激光治疗为主导，适宜的用药对眼科疾病的治疗同样具有重要意义。如感染性眼部疾病，需要针对相应的病原体进行抗感染治疗；近视可通过调整生活方式、配镜、用药等干预措施以延缓进展；干眼需要调整生活方式以及应用人工泪液、抗炎药物等进行治疗；葡萄膜炎根据发病的部位以及病情的严重程度进行局部或者全身抗炎治疗；糖尿病视网膜病变需根据筛查的结果进行玻璃体腔注射抗血管内皮生长因子（vascular endothelial growth factor，VEGF）药物或者玻璃体切割术或者暂行观察；对于青光眼的患者，根据疾病的特点进行降低眼内压的药物治疗或者手术治疗等。
很多全身疾病常伴有眼部的表现，例如高血压、糖尿病和血液病常有眼底的改变，甲状腺功能亢进可引起眼球突出和眼肌运动障碍等，管理好全身疾病，也有助于相关眼病的治疗。
口腔科疾病主要治疗方式包括局部操作、手术治疗和药物治疗。
如洁牙、牙周刮治、根管治疗等，无创或创口较小，可尽量保存患牙，以较小的代价维持口腔的正常功能。
口腔疾病发展到较严重阶段，或某些口腔疾病单靠局部操作无法达到满意治疗效果，需要通过手术的方法对口腔及颌面组织进行处理，如牙龈切除术、牙拔除术、牙种植术、肿瘤切除术、正颌手术等。和其他外科手术一样，口腔手术会对局部组织造成不同程度的损伤，产生出血、肿胀、疼痛等反应，同时也可能引发全身并发症。由于口腔手术多在患者清醒状态下实施，会对患者产生明显的心理影响。良好的术前沟通，医师对手术每一环节的严格把握是手术成功的关键，同时可辅以药物减轻患者焦虑，控制疼痛、出血、感染等并发症。
药物在口腔疾病的防治中发挥着十分重要的作用。由于解剖部位和发病机制的差异，口腔疾病的药物治疗有其特异性。
（1）操作治疗为主，药物治疗为辅：
口腔疾病治疗特点是以手术或局部操作为主、药物治疗为辅，很大一部分用药是为了提高口腔治疗的舒适性，减少术后并发症。因此口腔用药除直接用于疾病治疗外，还与手术操作相关。比如同样诊断为“牙髓炎”，根管治疗则不需要使用抗菌药物，如果患牙无法保留需要拔除则可能要使用抗菌药物预防拔牙创口感染。审核这类处方时，除关注疾病诊断、所用药物以外，还需要了解开展了何种操作，将疾病、操作和用药联系起来评价用药的适宜性。
（2）给药途径多样：
口腔直接与外界相通，局部用药方便。口腔结构复杂，牙体更是高度钙化的硬组织，一般药物很难渗透，因此除部分疾病需全身用药外，局部用药更为常见，包括局部冲洗、含漱、敷用、牙周袋给药、牙髓给药、局部注射等。比如牙髓感染通常不需要口服或注射抗菌药物，而是局部使用酚、醛类消毒防腐药，牙周感染也可以向牙周袋注射抗菌药物，注意不是所有药物都适合局部给药，注意审核给药途径的适宜性。
（3）超说明书用药较多：
与其他系统疾病相比，药物治疗在口腔疾病的治疗中占辅助地位，大多数药品说明书中适应证未提及口腔疾病。其次，口腔用药途径多样，除使用口腔专用制剂外，亦存在一些超说明书途径给药，比如用5%碳酸氢钠注射液稀释后含漱。对于这些超说明书用药医师或药师需要充分论证其合理性，做好备案，为处方审核提供依据。