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20世纪50年代以前，由于缺乏有效的抗结核治疗药物，结核病患者主要采取以疗养、卫生营养疗法和外科疗法为主的治疗方法。该方法起源于乔治·博丁顿1840年提出的以建立结核病疗养院作为对抗结核病的主要武器，该策略延续了一个多世纪。我国东南沿海和一些大城市，陆续建立了一批结核病疗养院（室），但床位数远远不能满足民众的需求。为解决疗养床位紧张的问题，部分地区如上海开展了“集体自办疗养室”的探索。新中国成立后，“集体自办疗养室”的经验逐步在上海各大院校、团体单位，以及全国各大、中城市的厂矿、企业、机关、事业和学校纷纷推行。
X线检查法不仅对肺结核病理学研究的发展具有很大推动作用，对各种治疗方法的效果评价也提供了很好的标准。这使肺结核的诊断从靠医生的眼睛来观察向病理学发展，也使肺结核的治疗向萎陷和肺切除方向发展。
切开胸壁、胸腔有空气侵入使肺萎陷这一点在古代已知之。1820年，英国的Carson（公元1772—1843年）通过动物实验了解到肺的萎缩性，胸腔插入一种空针，外界气体侵入，肺萎陷，而且这种肺萎陷动物生命体征未见异常。1882年，Forlanini发表了人工气胸对肺结核治疗的可能性。1888年开始在人体应用，1894年、1895年发表了治疗结果。人工气胸在20世纪20年代逐步推广，其后的20年成为相当盛行的治疗方法。然而这一方法对陈旧性空洞、后壁空洞的效果不好，而且伴有副作用。随着化学疗法的进步，人工气胸疗法的适用范围明显减小。
对胸膜粘连患者，由于人工气胸萎缩不完全，Jacobaeus于1913年开始胸廓内粘连烙断术，并发表文章。Banyai于1931年开始人工气腹治疗肺结核，这一方法像人工气胸那样，对病灶影响十分大，而且副作用很少，应用相当广泛。可是，经过长期应用观察，萎陷疗法未必十分有效。由于化学疗法和肺切除法的发展，萎陷疗法应用领域逐渐缩小。与其使用萎陷疗法使病灶稳定并治愈，不如干脆切除病灶更为彻底。切除方法不仅可切除难以治愈的空洞，消除扩散源，而且可将有再发可能的病灶切除。
介入治疗是近几十年兴起的介于传统外科、内科治疗之间的新兴治疗方法，其特点是创伤小、操作简便、过程安全、时间短、效果好。目前介入治疗在结核病领域应用最多的是经支气管镜治疗气管支气管结核，具体治疗方法包括气道内局部给药术、球囊扩张术、冷冻术、热消融术及支架置入术等。
1944年，链霉素首次被用于结核病的治疗，取得令人鼓舞的效果。随后，一批抗结核药物陆续被发现，我国的结核病治疗进入了化学治疗时代。1963年提出了“早期、联合、规则、适量、全程”的抗结核病治疗原则，推荐了链霉素、异烟肼、对氨基水杨酸钠组成的“标准化疗方案”，疗程12～18个月至24个月。20世纪90年代初期，随着利福平的广泛使用，该方案逐步被6～8个月短程化疗方案所取代。由于住院治疗需要较多的资源，而且床位数有限，并且部分轻症患者也无需住院，国内逐步推广不住院治疗的治疗管理模式。
在结核病的初治方案中，采用2个月强化期和4～6个月巩固期；强化期联合3～4种杀菌药，可在2周内控制症状。为了杜绝DOTS不能严格保障的情况下耐药结核病的发生，尽量采用全程每日用药的方式。2017年，WHO也在《药物敏感结核病的治疗和患者关怀指南》中不再推荐间歇用药。
耐多药患者应根据用药史、耐药菌株的流行情况、药敏试验结果以及可供选用的药物设计合理的治疗方案，利福平耐药患者治疗至少需要有5种确定有效或几乎确定有效的核心药物。耐药结核病的化疗药物按先后顺序划分为3组：A组为首选药物，包括左氧氟沙星或莫西沙星、贝达喹啉和利奈唑胺；B组为次选药物，包括氯法齐明、环丝氨酸或特立齐酮；C组为A组和B组药物不能组成有效治疗方案时可添加的药物，包括乙胺丁醇、德拉马尼、吡嗪酰胺、亚胺培南/西司他丁或美罗培南、阿米卡星或链霉素、乙硫异烟胺或丙硫异烟胺、对氨基水杨酸。
耐药结核病和耐多药结核病化疗方案包括长程治疗方案和短程治疗方案，长程治疗方案是指至少由5种有效抗结核药物组成的18～20个月的治疗方案，可为标准化或个体化方案，其中推荐方案一：6 Lfx（Mfx）Bdq Lzd Cfz Cs/12 Lfx（Mfx）Lzd Cfz Cs；推荐方案二：6 Am（Cm）Lfx（Mfx）Lzd Cfz Cs Pto（Z）/12 Lfx（Mfx）Lzd Cfz Cs Pto（Z）。
短程治疗方案是指疗程为9～12个月的治疗方案，这种方案大部分是标准化方案，其药物组成和疗程可因证据不同而异，推荐方案一：4～6 Am（Cm）Mfx（Lfx）Pto Cfz Z-H高剂量E/5 Mfx（Lfx）Cfz Z E；推荐方案二：6 Am（Cm）Lfx（Mfx）Pto Z Lzd Cfz（Cs）/6 Lfx（Mfx）Pto Z Lzd Cfz（Cs）。