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一般认为，引起传染病的病原体对消毒因子的抵抗力从低到高的顺序为：
1．亲脂病毒（有脂质膜的病毒） 如乙型肝炎病毒、流感病毒等。
2．细菌繁殖体 如金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌等。
3．真菌 如酵母菌、白念珠菌。
4．亲水病毒（没有脂质包膜的病毒） 如甲型肝炎病毒、脊髓灰质炎病毒等。
5．分枝杆菌 如结核分枝杆菌、龟分枝杆菌等。
6．细菌芽孢 如炭疽杆菌芽孢、枯草杆菌芽孢等。
7．朊病毒（感染性蛋白质）。
对受到致病菌芽孢、真菌孢子、分枝杆菌和经血传播病原体（乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、人类免疫缺陷病毒等）污染的物品，应采用高水平消毒或灭菌；对受到真菌、亲水病毒、螺旋体、支原体、衣原体等病原微生物污染的物品，应采用中水平以上的消毒方法；对受到一般细菌和亲脂病毒等污染的物品，应采用达到中水平或低水平的消毒方法。
应采用灭菌方法处理。
应采用达到中水平消毒以上效果的消毒方法。
宜采用低水平消毒方法，或做清洁处理；遇有病原微生物污染时，针对所污染病原微生物的种类选择有效的消毒方法。
微生物污染程度轻，可以选择较低的作用强度或较短的作用时间。若微生物污染程度严重，就需要增加药物用量或能量和延长作用时间。当杀灭被有机物保护的微生物时，也应加大消毒剂的使用剂量。在实际消毒工作中，规定的剂量一般都能使污染比较严重的物品（每毫升洗液含菌量在10万左右）达到消毒要求，并还留有一定的安全系数。
选择消毒方法时还需要考虑，既要保护消毒物品不受或少受损坏，又要使消毒作用更易发挥。应遵循以下基本原则：
1．耐热、耐湿的诊疗器械、器具和物品，应首选压力蒸汽灭菌；耐高温的玻璃器材、油剂类和干粉类等应采用干热灭菌；不耐热、不耐湿的物品，宜采用低温灭菌方法如环氧乙烷灭菌、过氧化氢低温等离子体灭菌或低温甲醛蒸汽灭菌法等。
2．对器械进行浸泡灭菌时，应选择对金属基本无腐蚀性的消毒剂。
3．物体表面消毒，宜考虑表面性质。对于表面积较大、吸附能力强的衣服、毛巾、纸张等物品，毛细作用较强，适于采用浸泡、喷雾和熏蒸消毒法，相比于其他物品，其与消毒剂作用面积大，时间长，消毒效果更好。而对于不易吸收消毒剂的物品表面，如表面光滑的扶梯、门把手、按钮和家具等，宜采用消毒剂擦拭或紫外线灯近距离照射的方法，可达到理想的消毒效果。
一方面考虑当地所具备的条件，另一方面考虑当地环境对消毒效果的影响。房屋密闭性好的，可选择熏蒸消毒法和紫外线照射法；密闭性差的只能选择化学消毒剂处理。对空气进行消毒时，外界空气好且室内外空气高度通畅的条件下，首选自然换气法。否则，必须采用气体熏蒸的方法。如若室内长期无人，可不考虑消毒剂的刺激性；若近期有人，可选用刺激性小，更安全环保的消毒器械，如空气洁净器等消毒器。
1．消毒应以清洁卫生为主，预防消毒为辅。一般情况下先进行清洗，再进行消毒。被甲类传染病病人、朊病毒、气性坏疽、突发不明原因传染病污染时需先进行消毒再清洗。
2．消毒应遵循首选物理消毒法，如常规压力蒸汽灭菌法，其次选择用化学消毒法或其他消毒法。
3．消毒应坚持科学的原则，应根据消毒对象和消毒场所，选择适宜有效的物理或化学消毒法。调整消毒剂有效含量、作用时间和消毒频次。
4．消毒应坚持安全的原则，使用的消毒设备和产品应是对环境影响最小、人体伤害最低、物品损坏程度最小的合格产品。
5．消毒应根据消毒等级和消毒要求，科学合理消毒，不可随意提高浓度和缩短作用时间，防止过度消毒和滥用消毒剂，造成人和环境的危害及耐消毒剂病原体的出现。
国家卫生健康委办公厅于2020年2月18日发布了《消毒剂使用指南》，指南中明确指出在新型冠状病毒肺炎疫情防控期间，应合理使用消毒剂，遵循“五加强七不宜”原则，真正做到切断传播途径，控制传染病流行。
其中“五加强”分别指：隔离病区、病人住所进行随时消毒和终末消毒；医院、机场、车站等人员密集场所的环境物体表面增加消毒频次；高频接触的门把手、电梯按钮等加强清洁消毒；垃圾、粪便和污水进行收集和无害化处理；做好个人手卫生。“七不宜”分别为：不宜对室外环境开展大规模的消毒；不宜对外环境进行空气消毒；不宜直接使用消毒剂（粉）对人员进行消毒；不宜对水塘、水库、人工湖等环境中投加消毒剂（粉）进行消毒；不得在有人条件下对空气（空间）使用化学消毒剂消毒；不宜用戊二醛对环境进行擦拭和喷雾消毒；不宜使用高浓度的含氯消毒剂（有效氯含量大于1 000mg/L）做预防性消毒。