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消毒方法也称消毒措施，是指用各种消毒因子处理消毒对象，作用于目标微生物，达到所需消毒效果的所有措施。消毒方法按照消毒因子作用目标微生物的目的分类，包括灭菌法、消毒法、抗（脓）毒法、抗菌法、抑菌法等。按照消毒因子对微生物作用的水平分类，包括灭菌法、高水平消毒法、中水平消毒法和低水平消毒法。按照消毒因子的性质不同，分为物理消毒法、化学消毒法和生物消毒法。下面介绍常用的物理消毒法和化学消毒法。
利用物理因子作用于病原微生物，将之杀灭或清除，称为物理消毒法。
具有较好消毒灭菌能力的物理因子有热力、微波、红外线与电离辐射。热力消毒包括火烧、煮沸、流动蒸汽、高压蒸汽、干热灭菌。热可以杀灭一切微生物，蛋白质破坏和酶活性的丢失，是热力杀灭微生物的机理。热力消毒法是一类应用最早、效果最可靠、使用最广泛的方法。微波与红外线的消毒灭菌作用也是通过热效应完成的，灭菌能力较强，使用较为广泛。电离辐射设备昂贵，对物品及人体有一定伤害，故使用较少。
紫外线、超声波等物理因子具有一定的消毒作用。其中，紫外线是一种低热量的电磁辐射，当其照射到微生物时，微生物的蛋白质、核酸、酶的结构随即发生变化，从而抑制微生物的生长繁殖，继而导致死亡。紫外线的杀菌作用决定于波长、强度和作用时间，在250.0～270.0nm范围内具有杀菌力，一般以253.7nm作为杀菌紫外线波长的代表。该波长的紫外线可杀灭细菌繁殖体、分枝杆菌、病毒等，较大剂量时可杀灭细菌芽孢，真菌孢子对其抗力最强。超声波是声振频率达到20 000Hz以上的特殊声波，能穿透固体和液体。理论和实验证明具有一定的杀菌作用，但对水和空气的消毒效果较弱，需结合其他消毒方法才能收到较好的灭菌效果。
日光照射、干燥属于自然作用的消毒物理因子。它们杀灭微生物的能力有限，仅在自然净化中发挥作用。但由于大气层中的散射和吸收使用，到达地面的热量有限，故仅适用于耐力低的微生物，且须较长时间暴晒。
清洗、机械清除、通风与过滤除菌等为需要借助一定的外力或滤膜达到除菌作用的物理因子。虽不能杀灭微生物，但可将它们从传播媒介上除掉，因而不失为消毒措施中简单有效的方法，在卫生防疫工作中使用亦较为普遍。
具有辅助作用的因子如真空、磁力、压力、光催化剂等可作为辅助除菌的手段，其对微生物的杀灭、抑制或清除创造有利条件。例如，真空能去除容器中的氧气，有利于抑制某些微生物的生长与繁殖；磁水冲洗污垢，效果较好，有利于清除沾染的微生物；加压可促进药物的穿透，有利于缩短消毒时间。
利用日光的热、干燥、紫外线的作用来杀菌。
常用于床垫、毛毯、被褥等公共用品的日常消毒。
将待消毒物品摊开，完全暴露在阳光下暴晒4～6h。
定时翻动，使物品的各个侧面均能受到阳光照射。
煮沸的水达到98～104℃的高温，保持15min以上，可杀灭细菌繁殖体和病毒。煮沸2～3h，可杀灭细菌芽孢。
餐（饮）具、毛巾等耐热用品的消毒。
将待消毒物品完全浸没于水中，加盖加热至水沸腾，保持15min以上。
物品消毒前应清洗干净。从水沸腾开始计时，中途加入物品应重新计时。海拔较高的地区，应适当延长煮沸时间。煮沸消毒用水宜使用硬度较低的水，以免水垢在消毒物品上留下渍迹。
利用由蒸汽发生器产生的100℃蒸汽的穿透作用，15～30min可杀灭细菌繁殖体和病毒。
适于餐（饮）具、毛巾、浴巾、枕套、被套、床单等耐热耐湿用品的消毒。
由蒸汽发生器或蒸锅、蒸笼内的水沸腾后产生流动的水蒸气进行消毒，作用时间15～30min。
消毒物品的包装不宜过大、过紧，以利于水蒸气穿透。物品应洗净并干燥，垂直放置，物品之间留有一定空隙。消毒时间应从水沸腾后有水蒸气产生时计算。海拔较高的地区，应适当延长煮沸时间。
利用紫外线灯或杀菌器发出的紫外线能够破坏微生物的核酸分子结构，使蛋白质变性、酶失活，造成生长性细胞死亡和/或再生性细胞死亡，达到杀菌消毒的效果。
室内空气和物体表面的消毒。
采用紫外线杀菌器（灯）在室内无人情况下进行消毒。采用吊悬式或移动式紫外线器（灯）直接照射消毒。灯管吊装高度距离物体表面1.8～2.2m，安装紫外线灯的数量为平均≥1.5W/m 3 ，照射时间≥30min。采用紫外线空气消毒器消毒时，应符合《紫外线消毒器卫生要求》（GB 28235—2020）的规定。
当对物体表面消毒时，应使消毒物品表面充分暴露于紫外线下；应保持紫外线灯表面清洁，每周用75%酒精湿巾擦拭一次；用紫外线消毒室内空气时，保持待消毒空间内环境清洁、干燥，关闭门窗，避免与外界空气流通；温度低于20℃或高于40℃，相对湿度大于60%时，应适当延长照射时间；紫外线消毒灯（器）应按照产品使用说明书进行安装、使用、定期维护和保养。
利用化学药剂杀灭病原微生物的方法叫作化学消毒法。能够产生消毒作用的化学药剂称化学消毒剂。消毒剂通过渗透菌体内，使菌体蛋白凝固变性，干扰酶的活性，抑制细菌代谢和生长或损害细菌膜的结构，改变其渗透性，破坏其生理功能，从而达到消毒灭菌作用。理想的消毒剂要求安全、廉价、杀菌谱广、有效使用浓度低、作用速度快和持续抑菌时间长。
分为含氯消毒剂、含溴消毒剂、含碘消毒剂、过氧化物类消毒剂、醛类消毒剂、杂环类消毒剂、醇类消毒剂、季铵盐类消毒剂、酚类消毒剂、胍类消毒剂等。一些复方消毒剂，由两种及以上消毒成分搭配组合，起到增溶、协同效应，具有更高的消毒杀菌效果。
分为空气消毒剂、水消毒剂、餐（饮）具消毒剂、物体表面消毒剂、手消毒剂、皮肤消毒剂、黏膜消毒剂和环境消毒剂等。常用的空气消毒剂有过氧乙酸、过氧化氢、臭氧、二氧化氯等。
分为固体消毒剂、液体消毒剂和气体消毒剂。固体消毒剂包括漂白粉、二溴海因泡腾片等；液体消毒剂包括过氧乙酸、过氧化氢、乙醇等；气体消毒剂包括环氧乙烷、臭氧、甲醛等。
分为灭菌剂、高效消毒剂、中效消毒剂和低效消毒剂。
能杀灭包括细菌芽孢在内的各种微生物，并能达到灭菌保证水平的化合物及其制剂。例如，甲醛、戊二醛、环氧乙烷、过氧化物类消毒剂等，在规定的条件下，以合适的浓度和有效的作用时间可以达到灭菌的水平。
能杀灭包括细菌芽孢在内的各种微生物的化学消毒剂，但不能保证灭菌水平。这类消毒剂包括含溴消毒剂（常用二溴海因、溴氯海因）、含氯消毒剂（常用次氯酸钠、漂白粉）等。
有些灭菌剂，由于作用时间和浓度不足，达不到灭菌水平，只能作为高效消毒剂使用。如过氧化氢作为灭菌剂，浓度需10%～25%，作用时间为30～60min；作为消毒剂使用，浓度只需3%～7.5%，作用时间为5～30min。2%戊二醛作用10h可达到灭菌要求，作用20～45min不足以杀灭所有细菌芽孢，因而仅作为高效消毒剂使用。
能杀灭细菌繁殖体、结核分枝杆菌、真菌孢子和病毒，但不能杀灭细菌芽孢。这类消毒剂有碘类消毒剂（如碘伏、碘酊）、醇类消毒剂（如乙醇、异丙醇）、酚类消毒剂。
只能杀死一般细菌繁殖体、部分真菌和病毒，不能杀死结核分枝杆菌、细菌芽孢、抗力较强的真菌和病毒，如季铵盐类消毒剂、双胍类消毒剂。
化学消毒剂的使用方法，可以是消毒液浸泡、擦拭或喷洒，也可以是气体或烟雾进行熏蒸，还可以是粉末进行处理。化学消毒法的多样性为各种对象的消毒提供了有利条件。
是指将被消毒的物品洗净、擦干后完全浸没在规定浓度的消毒液内一定时间，达到消毒目的的方法。浸泡法利用溶液无孔不入的特性，可实现对消毒物品的全方位、无死角的清洁消毒。浸泡法是一种高效、简便易行、可靠的消毒方法，适用于大多数耐湿物品、器械，特别是手术器械、内腔镜和感染性织物等物品的消毒处理。注意事项有：
（1）不耐湿和不耐化学试剂腐蚀的物品不能用该法进行消毒。
（2）浸泡前要打开物品的轴节或套盖，管腔内要灌满消毒液。
（3）浸泡容器应尽可能密封，防止消毒剂的挥发或污染。
（4）当使用低效或中效消毒剂时，应注意消毒液的污染问题，应定时监测有效成分含量或更换消毒液。
（5）应先洗净并擦干再浸泡。因为污物的存在会削弱消毒剂的作用效果，水分的存在会降低消毒剂的浓度。消毒完，应用清水洗净，去除残留消毒剂。对于特殊感染性物品，应先消毒，再洗净擦干，最后彻底消毒。
指将消毒剂用自来水充分溶解或稀释成使用浓度，用干净的布或其他擦拭物浸入其中，再拧至湿而不滴的状态，按照一定顺序有力度地擦拭拟消毒物品表面，保持表面湿润并作用至所用消毒剂规定的时间。应注意的事项有：
（1）不耐湿物品表面不能应用此法。
（2）应按照一定顺序进行擦拭，防止遗漏。
（3）污物可降低消毒剂的作用效果，应先清洁，后擦拭消毒。
（4）消毒后应用清水擦洗，去除残留消毒剂，以减轻可能引起的腐蚀、漂白等损坏作用。
是指用常量喷雾器喷洒消毒液进行表面消毒的一种处理方法，喷洒应以使物品表面全部润湿为度，并作用至规定时间。喷洒消毒法适用于对物体（品）表面、地面、室内墙面、室外建筑物和帐篷表面、车辆外表面、装备及植被等实施消毒。使用方法为先从足下喷洒，开辟无害化通道至操作端点，而后按先上后下、先左后右的顺序依次喷洒。注意事项有：
（1）喷洒有刺激性或腐蚀性消毒剂时，消毒人员应佩戴防护口罩、眼镜，穿防护服。
（2）室内喷雾前，将食品、餐（饮）具、衣被及其他不需消毒的物品收叠放好，或用塑料膜覆盖防湿。
（3）室内禁止使用75%乙醇进行喷洒式消毒，以防发生火灾。
是指用超低容量喷雾器喷雾消毒液，进行空气或物体表面消毒的处理方法。由于所喷雾粒小，雾粒直径20μm以下者占90%以上，可长期浮于空气中，且易蒸发，故兼有熏蒸的效果。适用于对室内、车辆、帐篷内的空气消毒，物体、器物、皮肤表面及伤口的消毒。喷雾前，需关好门窗。喷雾时，手持喷头朝向空中，按从里到外，自上而下、由左向右的顺序均匀喷雾。喷雾量以消毒剂溶液可均匀覆盖在物品表面或消毒液的雾团充满空间为度。作用一定时间后，打开门窗通风半小时以上，驱除空气中残留的消毒液的雾粒及气味。注意事项同喷洒法，需特别注意防止消毒剂气溶胶进入呼吸道，必须佩戴密闭性好的防护口罩和护目镜。
是指应用气体消毒剂或加热易挥发消毒剂，利用气体分子或气溶胶的渗透性进行消毒的方法。常用的有杂环类气体消毒剂、甲醛、复方含氯消毒剂等，宜在仓库、帐幕、房屋、车厢、船舱等能密闭或近于密闭的条件下施用，在被熏蒸物体大量集中的情况下，可以有效地消灭隐蔽的害虫或致病菌。使用剂量根据熏蒸场所空间体积计算，浓度根据熏蒸时间、熏蒸场所密闭程度、被熏蒸物的量和对熏蒸剂蒸汽的吸附能力确定。
是指由喷粉器或人工撒布消毒粉剂进行消毒的处理方法。消毒时需要较高的湿度，药物潮解才能发挥作用。适用于空气相对湿度大于90%时的潮湿地面和人、畜排泄物的消毒。如使用含氯消毒粉剂洒在受污染的粪便、呕吐物表面，略加搅拌，作用至一定时间，可达到消毒的目的。
使用合适浓度的消毒剂，对污染物品、医疗器械和设备进行刷洗或冲洗，连续冲洗或刷洗至规定时间，可达到消毒目的，对灭菌也有辅助作用。