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原始咽的形成开始于胚胎第4周，由原始前肠端膨大形成，它与咽侧鳃弓的发育关系密切。第一鳃弓在第6周时，形成外侧两腭突。两腭突在第9周开始相互融合，前半部分骨化形成硬腭；后半部分无骨化，形成软腭。如果在这个过程中两外侧腭突不融合，就会发育成腭裂，也是先天性头面部畸形中相对发病率较高的疾病。第三鳃弓向原始咽腔突入，分别形成腭舌弓与腭咽弓。第四鳃弓腹侧与鳃下隆起的尾侧部形成会厌，它是口咽和喉咽的分界线。腭扁桃体在胚胎第3个月后期由第二鳃囊中胚层衍生而来，鼻咽部的咽扁桃体也在胚胎第3个月时开始产生。