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脉搏血氧测定的操作简单且仪器无需校准。但解读其读数时，必须考虑可能影响结果的各种技术和临床因素。
1.技术性误差包括运动伪影、探头放置不当及环境光线。对于较小的早产儿，脉搏血氧饱和度分析仪很难检测到低振幅的动脉搏动，也很难将其与静脉搏动和其他运动伪影区分。因此，推荐检查显示的波形来验证血氧饱和度分析仪的信号。另一种验证方法是比较血氧饱和度分析仪得出的脉率与心电图监测仪显示的心率，这两个值应该是相同的。若探头在指/趾放置不当或暴露于环境光线中，则会得出错误的数据。正确放置和遮挡探头可避免这些问题。
2.监测仪设计上的差别可能导致不同设备间存在2%～3%的差异。尤其是使用了不同的算法得出SpO 2 、校正血红蛋白轻微变异体或排除运动伪影。此外，不同算法在波形分析时计算平均值的时间长度也不同，这可能影响低氧饱和事件的发生率和识别。所以，一些脉搏血氧饱和度分析仪可能不适合新生儿使用。
3.灌注不足。血流动力学不稳定时或血管收缩造成肢体灌注不良的情况下会出现信号故障，这可导致脉搏血氧饱和度分析仪的读数假性偏低。应避免在同一个肢体上同时放置血压计袖带和血氧仪探头。
4.血红蛋白异常和重度贫血。如果异常血红蛋白或血红蛋白变异体的吸光特性与含氧血红蛋白或脱氧血红蛋白相似，则可干扰脉搏血氧测定。胎儿血红蛋白不会干扰血氧饱和度分析仪的测量值，除非其水平超过50%。虽然仅在贫血极其严重时脉搏血氧测定值才会假性降低，但临床医师必须知道血红蛋白浓度低可降低氧含量和氧输送。
5.在对早产儿监测血氧期间，常会出现触发声音警报的短时而明显的低氧饱和度事件。这些频繁出现的事件可能造成床旁医务人员过度为警报所累，进一步加大将目标血氧饱和度维持在较窄范围内的难度。为减少这些“滋扰警报”的影响，生产商使用的波形分析越来越复杂，采用的算法可能计算更长时间的平均值。不同的求平均值时间结合延迟报警的参数校正（取决于生产商），可能影响低氧饱和度事件的持续时间和医护人员的反应。目前临床上暂无标准，但NICU内部可制定统一的策略。