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新生儿的呼吸节律主要通过迷走神经反射控制。新生儿存在典型的肺牵张反射［又称黑-伯反射（Hering-Breuer reflex）］，深吸气时触发气道平滑肌上的肺牵张感受器，通过兴奋迷走神经，抑制脑桥深吸气中枢的吸气神经元，切换为呼气相，可以预防肺过度扩张作用。此反射足月儿可持续至生后4～5天，但早产儿可存在数月。当呼吸调节系统发育未完善时，可维持简单的呼吸节律，有利于维持肺膨胀，增强新生儿胸廓的稳定性。
新生儿可以通过脑干网状结构中的呼吸神经元发出冲动，经中枢神经整合、协调而实现。新生儿的中枢神经系统发育不完善，故容易出现呼吸暂停，尤其是早产儿，发病率更高，一般呼吸中枢在32～34周基本成熟。
足月儿对于高碳酸血症的反应，表现为兴奋呼吸作用；新生儿对缺氧的呼吸反应是双向的，急性缺氧时可以表现出肺通气快速增大，约1分钟后下降至原先水平，继续缺氧则表现为呼吸抑制。足月儿外周化学感受器处于抑制状态，早产儿的呼吸中枢化学感受器对二氧化碳的敏感性较低，一般PaO 2 高时对CO 2 的敏感性相对较高，而PaO 2 低时对CO 2 的敏感性降低。