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改革开放以来，党领导下的医药卫生科技事业快速发展，医药卫生科技工作方针和政策不断完善，医学科研机构发展壮大，医学科技管理水平显著提升，医学科技国际合作稳步发展，医药科技重大成果不断涌现，人民健康水平显著提升，为我国卫生健康事业的发展奠定了扎实的基础。
随着分子时代的到来，医学基础研究得到了蓬勃发展，取得了丰硕的成果，为探讨人类疾病的发生发展提供了新的思路和方法，极大地促进了临床诊断和治疗技术的发展。基础研究领域的众多成果如动物克隆、人类基因组计划、干细胞治疗、组织工程研究为未来医学发展勾勒出了美好蓝图，也为基础研究罩上了无坚不摧的绚丽光环。20世纪70年代开始的造血干细胞研究及80年代开展的视觉研究和心脏内分泌研究都取得了显著进展。1982年，在世界上首次人工合成转移核糖核酸。这些生物化学领域的研究成果居当时世界领先水平。20世纪90年代以后，我国科学家采用基因重组、分子克隆、微量生化检测、计算机图像分析等技术方法，打开了解剖学发展的新局面。中国不仅加入了举世瞩目的人类基因组计划（HGP），而且提前完成了测序任务。
病理学工作于20世纪20年代从国外引进。近一个世纪以来，不断涌现的新技术新方法精细地反映了组织、细胞、分子多方面多层次的信息，使病理学诊断和研究有了更加科学、准确、可靠的形态学和分子生物学依据，提高了诊断的准确率，加深了我们对疾病病因、病理变化及疾病发生发展过程规律的认识，促进了病理学的飞速发展。20世纪80年代，免疫组织化学技术开始在我国推广应用，由于免疫组化-非标记免疫酶法（PAP法）、ABC免疫酶染色法等敏感性高，不仅能检测到冷冻切片的组织抗原，而且能够应用于石蜡切片，使得免疫组织化学技术被广泛应用于病理学研究并显示出巨大潜力。20世纪90年代，出现了许多新的更敏感的技术方法如链霉抗生物素蛋白-生物素法（LSAB法），由于LSAB法比PAP法、ABC免疫酶染色法等敏感性更高，因此LSAB法基本取代了PAP法和ABC免疫酶染色法，成为了主要的常用方法。20世纪80年代后期和90年代初，随着分子生物学技术的突飞猛进，分子病理学应用分子生物学基本技术结合病理形态学的特点，将核酸原位分子杂交、聚合酶链反应（PCR）、核酸测序等应用于病理研究和诊断。
改革开放以来，临床治疗学的进步大大提高了患者的生存率。20世纪50年代，实验诊断学发展迅速；70年代以后，超声诊断仪、内镜及医用电子仪器更多地被应用到临床中，丰富了临床诊断的手段。20世纪70年代前的X线片、胃肠道钡餐造影、泌尿系统碘剂造影及70年代后的CT、MRI，80年代后的多重聚合酶链反应（MPCR）、磁共振尿路水成像（MRU）、经内镜逆行胰胆管造影（ERCP）等检查技术，不仅可以准确诊断疾病，而且可以协助制订治疗方案。
在外科方面，有学者认为20世纪是传统普通外科发展的极盛时期。在短短的50年中，新的领域被开拓，“禁区”被打开，带来了医疗技术上的巨大成就，这种成就又伴随尖端科技的进步而发展。20世纪50年代，吴孟超院士最先提出人工肝脏解剖五叶四段见解，60年代首创常温下间歇肝门阻断切肝法，随后在肝脏外科领域取得多项重大成果（图1-3-1、图1-3-2）。
图1-3-1 医药卫生界向吴孟超同志学习座谈会
图1-3-2 卫生部医药卫生界向吴孟超同志学习座谈会合影
20世纪80年代初，我国建立了腔道泌尿外科，体外冲击波碎石技术和经尿道手术也逐渐发展并成熟。1985年，研究人员借助PUMA 560工业机器人辅助定位，开展了神经外科活检手术，这是首次将机器人技术运用于医疗外科手术中，标志着医疗机器人发展的开端，之后经过几十年的快速发展，医疗机器人已在神经外科、腹部外科、胸外科、骨外科、颅面外科等手术中得到了广泛的应用。20世纪80年代以后，我国口腔医学体系逐渐完备，在龋齿预防、义齿种植、颌面修复、错颌矫正、口腔材料等方面均已达到世界先进水平。妇产科方面，除原来的产科和妇科临床工作外，增添了计划生育、优生学、围生医学、防癌普查等多项内容。20世纪90年代，以内镜和腹腔镜所构成的微创外科体系通过腹腔镜胆囊切除术的成功震撼了外科学界。现代外科的一个明显特点就是治疗手段的多样化和微创化。现代外科的微创化原则认为，在任何外科领域中的任何诊治措施都应该使用微创技术和贯彻微创理念，以此来有效减少患者生理和心理上的损伤。
与外科联系比较紧密的学科之一是重症医学。与西方国家相比，我国的重症医学起步较晚、发展较快。1982年，在著名外科学家曾宪九教授的倡导和支持下，陈德昌教授在北京协和医院设立了第一张现代意义的重症监护病床。1984年，北京协和医院正式建立加强医疗科。20世纪90年代末期，我国重症医学学科建设步入了快速发展轨道。2003年严重急性呼吸综合征（SARS）肆虐中国大地之际，重症医学为患者诊疗发挥了重要作用，该学科首次被国内普通大众广泛关注，其重要性获得了社会各界的认可。2005年3月，中华医学会重症医学分会于北京成立。
随着我国疾病谱的改变，肿瘤学的发展也成为临床医学值得重视的学科之一。新中国成立之初，人民群众最迫切需要的是最基本的生活和医疗保障。当时造成居民死亡前几位的疾病是感染性疾病或烈性传染病，对于肿瘤的认识才刚刚起步。这期间，在肝脏解剖学研究的基础上发展了肝门阻断下行肝切除术。随着1969年全国肿瘤防治研究办公室的成立，全国性肿瘤防治机构纷纷建立，初步构建起了我国肿瘤防治体系的基本框架。1971年，应用甲胎蛋白对肝癌进行早期诊断，采用“量体裁衣”式的肝切除术，使肝癌外科治疗有了突破，并成为我国乃至亚洲的肝癌外科治疗模式。1985年，中国抗癌协会成立。1986年，全国肿瘤防治研究领导组和全国肿瘤防治研究办公室重组。次年，第一个全国肿瘤防治规划纲要出炉，并基本完成了肿瘤防治体系的建设。2003年，《中国癌症预防与控制规划纲要（2004—2010）》正式颁布，其突出了公共卫生观念，强调癌症的早诊早治和提高癌症防治资源的利用效率。近年来，肿瘤的诊疗技术一方面朝着个体化治疗的方向发展，强调因人施治；另一方面，分子靶向治疗和生物学疗法的应用强调通过“特异性地杀伤”达到既杀伤癌细胞又保护正常细胞的目的。
新中国成立后，我国新生儿死亡率大幅下降。到20世纪80年代和90年代，我国大部分城市新生儿死亡率降至15‰以下，农村新生儿死亡率维持在15‰～46‰。1995年，国务院颁布了我国第一部妇女发展纲要——《中国妇女发展纲要（1995—2000年）》，提出要提高农村孕产妇住院分娩率，使孕产妇死亡率在1990年的基础上降低50%。2000—2001年，我国政府投资2亿元在378个国家级贫困县实施“降低孕产妇死亡率和消除新生儿破伤风”项目（以下简称“降消”项目）。2002—2005年，中央财政和项目地区配套投入4亿元继续实施此项目，并扩展至全国1 000个县，覆盖3亿多人口。2002年10月，我国明确提出各级政府要积极引导农民建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度（以下简称“新农合”）。2008年，部分城市开始了乳腺癌和宫颈癌的免费筛查，这是落实癌症早诊早治方针的具体体现，也是我国肿瘤防治事业的重大进步。2009年，中央政府作出深化医药卫生体制改革的重要战略部署，确立新农合作为农村基本医疗保障制度的地位。除“降消”和“新农合”项目外，近几十年间，提供初级孕产妇保健服务、建立良好的转诊和急救系统、对孕产妇进行健康教育等措施的综合推进，使得我国孕产妇死亡率得到大幅下降，各项妇幼健康指标得以明显改善。
1978年6月7日，国务院批转了卫生部《关于建议成立国家医药管理总局的报告》，宣告医药行业开始进行自上而下的改革。随后，我国药品研制领域出现了蓬勃发展的局面，虽然仿制药占据主流，但是中国医药科技工作者依然在药品研发的道路上不断拼搏。1979年，原中国医学科学院抗菌素研究所等三家单位发明了疗效好、毒性小的广谱抗肿瘤抗生素——平阳霉素。1981年，中国科学院上海生物化学研究所等六家单位完成人工合成酵母丙氨酸转移核糖核酸；之后，又进行了五次重复合成实验，全部获得成功。这是世界上首次运用人工方法合成具有与天然分子相同化学结构和完整生物活性的核糖核酸。药品改革是2009年深化医药卫生体制改革的重要内容。2009年8月18日，国家发展改革委、卫生部等9部委发布了《关于建立国家基本药物制度的实施意见》。国家将基本药物全部纳入基本医疗保障药品目录，报销比例明显高于非基本药物，降低个人自付比例，用经济手段引导广大群众首先使用基本药物。目前，国家基本药物制度基本建立，实现药品统一目录、统一生产、统一配送、统一定价、统一标识，统筹推进国家基本药物供应保障综合试点。
随着原国家医药管理局的组建，医疗器械产业开始走上生产技术质量集中统一管理的道路。1987年，《关于加速发展医疗器械工业的请示》和《关于发展医疗器械工业若干问题的通知》中提出：医疗器械产业的全社会统筹规划和协调发展，打破系统和部门界限，为医疗器械大发展创造了良好的政策环境。1989年12月，中国第一台磁共振成像系统正式在深圳安科高技术股份有限公司诞生。从20世纪90年代初开始，我国着手建立能与国外医疗器械产品主要生产国家相通的医疗器械产品市场准入和市场监督管理制度。1996年，全国医疗器械监督管理组织机构体系设置。1997年，国内首台CT机问世。2000年，国务院颁布《医疗器械监督管理条例》，初步建立了以上市前审批、对生产企业监管及上市后监督为核心的“三位一体”的监管体系。
改革开放后，我国传染病防控取得了较大成绩，脊髓灰质炎病毒的传播被成功阻断，白喉、鼠疫、病毒性肝炎、艾滋病、肺结核病、SARS、甲型H1N1流感等得到了较好的控制。
1978年，我国开始实行计划免疫。1994年，在原湖北省襄阳县发现最后一例患者后，至今没有发现由本土野病毒引起的脊髓灰质炎病例。2000年，世界卫生组织证实，本土脊髓灰质炎野病毒在中国的传播已被阻断，我国实现了无脊髓灰质炎的目标。
1993年，我国成功研制出安全有效的国产无细胞百白破疫苗（DTaP），大大减轻了人体接种后的不良反应，人群接种率得到显著提高。2007年至今，我国已经连续13年没有白喉病例出现。
1984年，我国首次未发生人间鼠疫病例，是我国有鼠疫记载和新中国成立35周年以来的第一次。在鼠疫防控工作的稳步开展下，鼠疫上报例数每年不超过10例，疫情得到了稳定控制。
我国病毒性肝炎发病率在1956年为1.04/10万，1965年为61.87/10万，此后二十年发病率仍然呈波动上升趋势。1978年，我国将病毒性肝炎纳入乙类传染病范围进行管理。1983年，卫生部科委成立病毒性肝炎专题委员会，制定了《病毒性肝炎防治方案》，此后发病率从1988年的132.5/10万下降至2000年的64.9/10万。2008年，传染病防治专项实施后，病毒性肝炎发病率逐渐下降。
艾滋病自1985年传入我国。1986年，卫生部成立了“预防艾滋病工作小组”。1987年，卫生部发布了《全国预防艾滋病规划》（1988—1991）。1989年，全国人民代表大会常务委员会通过了《中华人民共和国传染病防治法》。1995年，我国制定了第一部《HIV/AIDS诊断标准及处理原则》。2002年，我国实现了治疗艾滋病药物国产化。“四免一关怀”政策出台后，全面启动了艾滋病免费抗病毒治疗。2005年，第一部《艾滋病诊疗指南》发布。虽然我国防控艾滋病力度在不断加大，但目前防控形势仍很严峻。2016年和2019年全国艾滋病发病率分别为6.40/10万和5.10/10万，死亡率分别为0.94/10万和1.50/10万，艾滋病死亡人数约占法定传染病总死亡人数的83%。
1978年，我国召开了第一次全国结核病防治工作会议，制定了《1978—1981年结核病防治规划》。1981年，卫生部成立全国结核病咨询组。1984年，卫生部发布《全国结核病防治工作暂行条例》，并编写了《结核病防治工作手册》。这一系列措施使得我国结核病患病率从1979年的717/10万下降至1990年的523/10万。2003年，肺结核发病率有所上升；2005年达到96.31/10万。2004年，肺结核由丙类传染病被调整为乙类传染病。自2005年之后肺结核发病率开始逐年下降。
2003年，作为突发急性传染病的SARS的流行及防控引发了我国公共卫生领域里程碑式的变革。SARS的发生和流行，暴露出我国在传染病治理体系中存在的问题。此次疫情过后，国家陆续颁布和修订了《突发公共卫生事件应急条例》《中华人民共和国传染病防治法》《国家突发公共事件总体应急预案》等一系列法律法规和规章制度，加速了我国应对突发性公共卫生事件的制度化进程。随后，在以卫生应急体系和核心能力建设为主体，以突发急性传染病防治、突发事件紧急医学建设为“两翼”的“一体两翼”发展思路指导下，我国成功抗击了禽流感等疫情。
2009年，面对突如其来的全球甲型HIN1流感疫情，中国迅速建立并扩大了全国监测网络，最先研制出技术最优的甲流病毒检测试剂；组织、设计了全球规模最大的甲流疫苗临床试验，使中国成为全球第一个完成甲流疫苗研发并大规模使用的国家，向全球提出了免疫方案建议。