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鼻咽癌是指来源于披覆鼻咽腔表面或咽隐窝的上皮所发生的恶性肿瘤。与其他类型的上皮性癌比较，鼻咽癌有较为特殊的病理形态学特征。目前国内外关于鼻咽癌的组织学分类有多个标准，主要有世界卫生组织（World Health Organization，WHO）出版的《上呼吸道肿瘤组织学分型》，宗永生提出的鼻咽癌组织学分型，邵建永教授2016年新分型。其中WHO分类已获得世界各地区病理学家的认可，多数国际杂志鼻咽癌方向的文章均采用此分类。按照WHO 1978年的分类标准，鼻咽癌分为3型：Ⅰ型为鳞状细胞癌，经典型；Ⅱ型为非角化性癌；Ⅲ型为未分化型。2003年WHO将鼻咽癌的病理类型分为3型：非角化性癌，角化性鳞状细胞癌，基底样鳞状细胞癌。非角化性癌相当于1978年分类中的Ⅱ型和Ⅲ型，角化性鳞状细胞癌即1978年分类中的Ⅰ型。
有明确的鳞状分化特征，主要表现为癌细胞有细胞间桥和/或角化珠及单个细胞角化现象。该型鼻咽癌比较少见，约占鼻咽癌总数的5%～10%，多发生于年龄较大的人群或欧美国家等非高发区；该型对放疗不敏感。
该型鼻咽癌根据肿瘤细胞的分化程度又分为分化型和未分化型。该型鼻咽癌占高发区鼻咽癌总数的95%以上，与EBV关系密切，故必要时应加做EBERs（Epstein–Barr virus-encoded small RNAs）原位杂交以协助诊断。非角化性鳞状细胞癌通常比角化性鳞状细胞癌对放疗更敏感。该型鼻咽癌组织内常有数量不等的淋巴细胞浸润，因此早期也有人定义它为“淋巴上皮癌”或“淋巴上皮瘤样癌”。
该型肿瘤细胞多呈复层和铺路石状排列，常丛状生长。肿瘤细胞鳞状分化不明显，但有某些成熟上皮的分化特征，细胞境界清楚，可见胞界。肿瘤细胞常较未分化型小，核浆比低，染色质丰富，核仁不明显。
更常见。肿瘤细胞呈大的合体细胞样，细胞边界不清，核椭圆形或圆形，部分核呈空泡状，染色质少，集于核膜，核仁清晰，位于中央。有些病例可见肿瘤细胞呈梭形，核染色质深染；肿瘤细胞多呈不规则或边界中等清楚的片状排列，或呈松散连接样浸润于淋巴样间质中。临床中常见的所谓鼻咽部“泡状核细胞癌”或“大圆形细胞癌”等就是此类型的鼻咽癌。
该型鼻咽癌是第三版WHO病理分类（2003年）新增加的一个鼻咽癌组织学亚型，头颈部的其他部位如下咽部、喉及气管更为常见。所谓基底样肿瘤细胞，即小圆形细胞，胞质稀少，或紧密连接，或细丝状相连，间有黏液样背景，肿瘤的中间则有典型的鳞状细胞癌结构。检测EBV可呈阳性，特别在高发种族。免疫组织化学染色同普通鳞状细胞癌。
鼻咽部的其他上皮性恶性肿瘤尚有乳头状腺癌、涎腺型腺癌（包括腺样囊性癌、黏液表皮样癌）等，但相对较为少见，在此不细述。