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患者在多机构就诊接受不协调、不连续的医疗服务一直是世界各国医疗服务系统面临的共同难题。县域医疗服务体系的分割成为我国服务提供体系割裂的典型，“不整合”的现状成为制约县域医疗服务体系难以发挥整体功效的重要原因。这种状况直接加剧医疗服务系统的分化和离散，病人在接受多机构服务过程中出现了不可及的、重复的甚至是不必要的服务。我国农村人口占总人口的57.01%，而卫生资源却仅占卫生资源总量的20%，医疗机构的设置与重点人群的客观需求不相适应。
中国人口的快速老龄化以及由此导致的慢性病的流行双重叠加，严重冲击现有的卫生服务体系和健康保障制度。全国卫生服务体系规划纲要指出，经过长期发展，我国已经建立起了由医院、公共卫生机构、基层医疗卫生机构等组成的覆盖城乡的医疗卫生服务体系。截至2016年年底，全国卫生人员总量达1 117.3万人，卫生技术人员845.4万人，每千人口医师数达到2.31人，执业（助理）医师大学专科及以上学历人员比例为81.2%，高层次专业人才逐年增加。每千人口护士数达到2.54人，医护比达到1∶1.1。在农村地区，2011—2015年，国家投入420亿元，重点支持建设了1 500多个县级医院、1.8万个乡镇卫生院、10余万个村卫生室和社区卫生服务中心。截至2016年底，全国医疗卫生机构达983 394个，其中医院29 140个（公立医院12 708个，民营医院16 432个），乡镇卫生院36 795个，社区卫生服务中心（站）34 327个，村卫生室638 763个。但是，医疗卫生资源总量仍然不足，尤其是农村卫生人力资源呈现严重短缺和结构性失衡。根据WHO发布的《世界卫生统计2011年》，截至2010年年底，每千人拥有医生数指标来看，欧美各国为3.0～4.9人，古巴最多，为6.4人。中国截至2016年底每千人拥有医生数仅有2.3人，见表2-4。虽然达到WHO提出的每千人拥有2.0人的平均指标，但与欧美发达国家平均水平的6.0～8.0人/千人相比，差距仍然较大。从医院床位数、大型设备来看，我国每万人拥有的床位数与医疗消费需求较高的美国相差无几（30/31）。从医护比来看，WHO提出的医护比为1∶（2～4），发达国家的平均水平为1∶（4.7～5），而我国在2014年年底才达到1∶1.04的水平。从人力资源数量看，西部省份每千人口卫生技术人员数值远低于东部发达地区，如西部的贵州、甘肃、云南的数据则分别为5.76人、5.16人、5.23人，西藏最低，仅为4.49人，而北京、上海、浙江、江苏的数据分别为10.77人、7.36人、7.74人、6.46人。2016年，我国每千常住人口拥有执业（助理）医师2.3人，注册护士2.5人，而西部农村地区仅有1.3人和1.4人，低于中部和东部地区。
表2-4 2016年西部、中部、东部地区与全国每千人口卫生技术人员数比较
资料来源：2017年中国卫生和计划生育统计年鉴。
从全科医生拥有量看，西部地区每千人为1.14人，略低于中部的1.16人，但更低于东部地区的2.03人，全国平均数是1.51人。2010年，国家发改委发布的《以全科医生为核心的基层医疗卫生队伍建设规划》中要求基层医疗卫生机构起码要有1～2名合格的全科医生，以满足“小病在基层”的人力资源需求。从贵州省情况看，在抽查的贵阳市、安顺市、六盘水市、遵义市等4个地级市的119个社区卫生服务机构中，每个机构全科医生仅为0.79人。从区域分布看，西部地区与中、东部存在较大差异，西部地区医疗卫生资源质量较低，医疗卫生人力资源每千人拥有量明显偏低。因此，我国卫生资源总量不足，结构不合理，城乡差异、地区差异较大，医疗资源集中在城市、东部、大医院，基层医疗卫生机构服务能力不足，利用效率不高。随着交通条件的改善以及人民收入的提高，必然会对农村地区的医疗卫生服务体系产生影响。
在医疗服务体系缺乏整体发展的情况下，拥有市场势力及技术优势的大型公立医院却具有单兵突进的开拓能力，普遍存在追求床位规模，忽视医院内部机制建设等粗放式发展的问题。2009年《中国卫生统计年鉴》数据表明，在各级各类医疗机构中，尤以综合医院病床扩张更为迅猛：从床位规模总量来看，2008年我国综合医院床位数达到211万张，分别比1990年和2000年增长54.3%和28.8%，而同期卫生院床位仅增长19.7%和16.8%；从800张床位以上的综合医院数量来看，20世纪90年代初我国还没有此类规模综合医院，2000年达到71所，2005年猛增到252所，2006年增加到295所，2007年则增长到345所，2008年达到418所，8年内年平均增长速度高达25%。到2016年，已达到1 602所，8年期间平均每年增长47.91%。新医改方案实施后，不少地方在医疗机构设置规划中再次掀起了规模扩张现象，省级公立医院不惜重金购买土地，纷纷构建分院或实行医院整体拓展，市级的二三级医院则向三甲看齐，甚至不少县级医院都已按三级医院标准实施规划。
国际经验表明，完善的医疗服务体系都是建立在有序、协同和有效率的基础上，以社区首诊、分级转诊作为协作和互动的制度框架。我国面临的慢性病高发等健康问题控制效果不佳的主要原因之一就是缺乏连续性的医疗服务提供。当前我国县域纵向医疗机构间的协作仍然缺少以患者健康价值为中心的共同目标凝聚，无论是松散的协议合作，还是托管等紧密型合作，大多是以核心医院的利益最大化作为其出发点，合作内容仅限于低层次的对口支援、技术指导和向上转诊安排，很少触及临床路径推进、标准化下转、医师多点执业等深层次的整合内容，且合作多不稳定，无法构建有效的保健连续体。再加上纵向医疗机构间缺少共享的诊疗文化和互通互联的信息技术支撑，无法强化机构间对临床路径和规范共享的价值认同。从总体上看，我国县域医疗卫生服务体系难以有效应对慢性病的挑战。
同时，由于整个卫生服务体系缺乏宏观规制，实际执行缺少地方政策的系统配套，服务体系的价值导向并不明确，不同层级医疗机构功能错位发展仍然没有较大改观，纵向医疗机构间的竞争关系整体上仍然大于协作关系，无序就医等配置机制的低效率，更加导致协作程度低且缺乏有效沟通、资源共享困难，甚至纵向协作变成了在较为宽松的政策环境下各医疗机构依据各自服务能力拓展或延长其功能边界，导致区域各医疗机构功能定位趋于模糊。每家医疗机构只需承担各自职责范围内的诊疗责任，而由医疗服务系统应该承担的“共同责任”则成了模糊地带，甚至“共同责任”俨然变成“共同缺失”。在县域医疗服务网络中，存在“级在、网不在”，上下联动机制出现联而“小动”，动而不稳的状况，网络协调关系远未建立，网络的整体功能恢复仍然困难重重。同样，医疗机构和公共卫生机构也没有建立合理的分工协作机制，缺乏联通共享，碎片化的问题比较突出。外加不合理的资源布局，必然加剧患者的就医流向不合理。随着居民医保异地报销的打通，在就医方便的同时也产生一些较高的县域外医疗费用。胡敏，Winnie C-M Yip等（2014）于2009年对甘肃省5个县的一项调查发现，县内1/3村卫生室不开展门诊服务，所有村卫生室仅承担居民门诊量的20%，却约有40%的门诊发生在县级及以上医疗机构，与全国农村（第四次国家卫生服务调查显示全国农村地区门诊40.30%在村卫生室，23.82%在乡镇卫生院）差距也较大，甚至低于四类农村地区的平均水平。从住院流向分布来看，乡镇卫生院无论住院人次（约占30%）还是住院费用（约占7%）所占比重都较小，县外医院住院人次占比虽相对不高，却占近40%的总住院费用，且县外住院人次及其住院费用占比均有逐年增长态势，导致日益严重的医保基金支出风险。
2003年以来我国基本医疗保障体系与医疗服务供给体系取得了长足发展，当前农村慢性病的救治特点也要求区域医疗服务体系整体来提供，同时迫切需要医疗保障制度由保医疗迈向健康保障，既要加强对单个医疗机构的费用控制，也要加强整个区域医疗服务系统的费用控制，而后者越来越成为费用控制的关键点。在县域医疗服务体系中，县级医院成为了农村医疗服务提供质量的核心，起着主导作用。但由于公立医院改革尚未到位，县级医院经受财务压力较大，采取大处方、多检查、延长住院日等提供过多服务的不合理机制不同程度存在。同时，由于没有破除以药补医机制，而科学的补偿机制尚未建立，县乡村三级医疗机构间目标不尽相同，不能形成利益共同体，无法在县域服务体系内实现基层首诊、双向转诊、急慢分治、上下联动的分级诊疗政策目标，无法凝聚合力协调一致以病人需求为目标提供合适的服务。在主要依靠市场机制的背景下，县级以上医疗机构无需与下级机构进行有效的业务合作。即使合作，也往往是以市场份额占有为目标，既蚕食基层医疗市场的患者资源，又虹吸基层优质的人力资源，这种“双占有”效应既无法推动以患者为中心的纵向服务整合，也无法推动以有效利用为导向的资源纵向整合。
医改长期以来缺少整合的理念使得医疗保险筹资和公私医疗机构之间存在明显的边界。当前我国促进县域医疗机构的协作以强化行政措施的硬约束而忽视医保和经济激励的软约束，这种方式使得卫生行政部门在市场经济环境下对纵向医疗服务体系的监管处于被动应付状态。筹资的政策性分割、费用支付的基层分割，缺少对县域医疗机构协作有相互配套的系统激励，对基层医疗机构缺少综合激励，分散了基层医疗机构的综合服务优势，医疗和预防分开，存在激励标的的不统筹，使得原本薄弱的基层服务能力难以在短期内获得有效提高，甚至在基金的偏向诱导下基层服务综合保健功能出现了严重偏移。比如公共卫生服务均等化项目实行后，基层医疗机构在资金的诱导下比较重视公共卫生工作，而放弃或减少基本医疗服务提供，由此造成了“重防轻医”态势。而缺少基本医疗功能支撑的基层机构又接不住上级医疗机构的下转病人。其次，医保仅对单个医疗机构的支付方式实行改良而不是基于临床路径进行科学测算的按病种付费、按床日付费或按总额付费方式，其本身只能作为一种简单的费用限制工具，在促进医疗机构间的协作激励方面几乎没有显著效果。再次，医保支付方式改革仅针对医疗机构组织而在薪酬制度设计上没有针对医务人员的协作行为提供进行经济激励，导致协作长期处于低效状态。虽然医生受医保的限制一定程度上减少开大处方的动机，但医保和经济激励并没有明显致力于改善不同层级医生的多机构协作行为，并不能倒逼区域上级医疗机构基于为本地公众提供公共卫生服务所关注的社会效益尤其是健康效益的改善。医保对需方的激励也仅仅是通过对区域纵向医疗机构间采取自下而上递减式的报销等级设计，仅能算作是分级补偿下的按项目付费方式，因其对区域不同医疗机构间的补偿差异并不明显，引导患者理性由低到高的就医行为激励非常有限。据国内一项较早的测算研究表明，在大医院就诊的慢性病病人中，65%的门诊病人可分流到社区医院，由此可节约40%的费用；62%的住院病人可分流到低级别医院，由此节省46%的住院费用。2014年甘肃省新农合基金支付患者县外就医补偿45亿元，占新农合总支付资金的52%。
临床路径和支付方式改革作为重要工具和手段逐渐引入到县域医疗服务体系，它为指导临床实践、提高服务质量、促进成本效益提供了可靠的规程，也为服务连续性提供了基本的可能性。但是由于长期以来形成的经验诊疗、粗放诊疗，激励机制缺少创新，自实施以来，就受到部分医院及其医生的不认同甚至选择性排斥。再加上缺少互联互通的信息化及其管理能力不高等因素的影响，卫生行政和医保管理机构只得采取临床路径的粗略替代形式——单病种付费，允许医疗机构赚取少许边际利润，但这种支付方式充其量只能成为县域医疗卫生改革一个小小的点缀。同时，目前对县域医疗机构间协作尚缺少一个专业的业务评估机构。尽管一些地方政府通过自身或委托专业机构对医疗机构进行绩效评价，但这些机构却具有临时性、评完即解散的特征，无法进行持续的跟踪评估。在评价指标体系构建上，目前多关注单个医疗机构的评估指标人为地或技术性忽略了区域纵向医疗机构间的协作和连续性服务质量内容，从而不能把握各机构通过协同后的内在逻辑和系统效率特征，无法促进纵向医疗机构在整合服务行为的规范框架下协调和互动。
目前，区域卫生规划在实施过程中存在着权威性与约束性不足、科学性和前瞻性不够等问题，未能有效实现政府对医疗卫生资源的宏观调控。在医疗服务领域，预算分配一般是通过自上而下的方式分解到各级行政部门，再由各级行政部门（主要还是卫生行政部门）分配给各级医疗机构。但医疗服务系统由公立和私立、营利和非营利性质的医疗机构组成的复杂网络，呈现错综复杂的联系及其相互影响，这就需要政府相关部门及其他类型的组织机构密切合作。但是由于不同层级行政部门、同一层级不同相关部门对医疗机构的协作联动机制尚未有效建立，政府各职能部门根据各自职责对各自管辖的医疗机构提供专业化分工管理，但却缺少维护区域医疗服务系统整体协作的共同职责，既使得部门管理存在大量“缝隙”，又因职责不清和多头管理引致服务提供系统陷入裂解性困境。
实际上，我国对县域医疗机构的治理缺少一个以公众健康利益为根本目标的利益集合，各个利益相关者在多机构利益博弈中以自我利益最大化作为合作的前提，缺少一个制度化的协调组织平台。在政府内部，对纵向医疗机构的治理涉及卫生行政、财政、人事等10多个部门。除卫生行政部门外，对区域医疗机构的协调仅是每个部门的一项职能，治理主体群往往以领导小组或管理委员会的名义加强协调，这种组织缺少足够的稳定性，而卫生行政部门协调又缺少第一行动团体协调网络的能力，公共卫生、医疗服务、医疗保障、药品供应之间彼此分割，造成卫生体系难以发挥协同效应和整体优势。在政府之外，尚缺少有力的第三部门的治理力量。诚然，政府虽有统一强制的行政权力，但却缺少良好的专业判断能力，因而往往会注重强化对区域中各个医疗机构的单一行政治理如行政命令和威慑替代原本属于不同机构之间的技术性管理。在政府、市场、社会基本关系明确定位方面存在着界限和责任方面的模糊，缺乏跨部门明确的和一贯的政策方向。治理主体的碎片化可能导致组织间协调失灵，协调失灵最终可能破坏整合的效果。
目前我国区域医疗服务提供缺少一个整体性整合框架，各级政府层面的政策制定和实施仍然注重各自管辖范围内对单一机构群体的调适，如大型公立医院改革、县级公立医院改革、基层卫生综合改革，尚缺乏统一的纵向协调机制，无法形成针对同一区域不同层级医疗服务连续性提供的系统性政策联动机制。即使在同一层级，政府也过多重视单个医疗机构的小系统管理而忽视整个区域医疗机构网络的整体性管理，注重把单个机构分工功能发挥到极致而忽略了各机构在整个区域网络中的功能互补衔接，这在目前各级财政加强基层医疗机构能力的背景下，县级医院整体规模和能力的拓展已经将乡镇卫生院的能力增长远远的甩在后面就是明显的例证。即使政府进行某种程度的机构协作政策实验，如实行医联体或一体化，但却往往过度注重机构间组织要素的重组而忽略了它们业务技术要素的协调和整合及其运行机制的配套跟进，最终使得纵向医疗机构的运转仍然远离系统功能的整体发挥。