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CytoFLEX基本配置为3激光13色，包含50mW 488nm、50mW 638nm、80mW 405nm共3根全固态激光器。用户可以根据自己的需求从单激光4色到3激光13色共21个配置中进行选择。在散射光的配置上，除传统的蓝激光收集前向及侧向散射光外，另外有一个405nm激光收集的紫光侧向散射光（VSSC），可以对小颗粒的检测进行优化，可以将200nm的微球与噪音区分开。所有通道均可收集峰值与面积信号，并可收集指定通道的宽度信号。
CytoFLEX S为CytoFLEX系列机型的订制版机型，除CytoFLEX机型上的3根激光外，额外还提供561nm及375nm激光。561nm激光可以提供比488更好的红色荧光蛋白及水果系列荧光蛋白（如mCherry、mKate等）的激发效果，另外对PE及PE耦合蛋白的激发效果更佳。375nm激光则可以更好地激发DAPI及Hochest染料，同时可以激发BUV系列染料。CytoFLEX S目前最高可提供4激光13色的选择，同样也可以选择更少激光的配置，据了解未来会有更多激光及通道配置的机型可供选择。
CytoFLEX仪器设计非常紧凑，整体主机大小在40cm³左右。仪器采用隔膜泵提供压力，无须额外的液流车，除主机外提供一个5L的鞘液桶及5L的废液桶，在保持小体积同时整机运行的噪音也十分小。单管上样器除支持传统流式管外还支持1.5ml及2.0ml EP管，此外，还可以选配96孔板自动上样器，支持标准的平底、V底及U底96孔板，并支持单管混匀。上样速度除标准的10μl/min、30μl/min、60μl/min 外，还支持10～240μl/min 无极调速，检测速度最高30 000 EPS。上样系统采用无脉冲蠕动泵，提供比其他蠕动泵系统更好的上样稳定性。
CytoFLEX光学系统方面的设计与传统流式细胞仪有着较大的不同。全固态高功率激光有着较高的稳定性及寿命，可以做到即开即用。一体化流动室-物镜设计，数值孔径达到1.3NA（numerical aperture，数值孔径系数越大，光收集能力越强，分辨率越好），最高可以支持7根激光同时检测，并且相互之间只有很小的串扰。散射光通过光纤传导至创新的光纤阵列光电探测器（FAPD）中，通过波分复用器（WDM）将光信号传导至各检测器中。CytoFLEX检测器采用雪崩式光电二极管（APD），相对于传统的光电倍增管（PMT），硅基的APD在可见光及远红外波段光的检测中有着灵敏度高、光电转化效率高、低噪音的特点。APD虽然相对PMT优势明显，但由于其需要高电压驱动的特点以前一直没有在流式细胞仪中使用，现在CytoFLEX平台很好地解决了这个问题。APD检测器的另一个好处就是他的整个检测范围基本上是全线性的，这意味着如果你调整好一个补偿矩阵，当你改动一个通道的电压时，电脑可以根据此改动实时计算出新的补偿矩阵。这也使得CytoFLEX系统具有一个全新的功能——“补偿库”。理论上只要你拥有了一个染料的单染结果后，它可以适用于任何电压、任何组合的多色实验中。每次实验无须做新的补偿实验，只需要在“库”里面调取结果用于新的实验，同时你可以根据新的样本修改适合的电压。
电子系统方面，CytoFLEX采用24bit数字精度，25MHz采样频率，总体可以达到7个对数域的检测范围，整体处于较高水平。高精度及采样频率保持数据很好的精度及极小的错误率，高检测范围可以显示更大范围的数据，满足各种实验的要求。
CytoFLEX及CytoFLEX S流式细胞仪采用成熟的流体力学聚焦原理，将样本悬液通过鞘液承载与聚焦，使得样本颗粒单个依次通过激光检测点。激光采用恒定激发空间独立排布，细胞顺次经过每个激光检测点，将激光间的干扰降低到最低。激发信号通过与流动室一体化的物镜收集，通过光纤传导至WDM收集装置，并将各特定波长激光信号传递至FAPD检测器。FAPD检测器完成信号的光电转换及放大，计算机将所有信号收集，并结合激光延迟将不同激光激发的信号进行整合形成最终的流式数据。
细胞仪可记录每个脉冲信号的积分面积（A）、高度（H）、半峰宽（W）并对其进行线性对数信号的转换，并可以通过自编公式及与Time参数组合出更多的数据结果。
CytoFLEX及CytoFLEX S细胞仪还可以通过微球法及体积法（免微球）对样品进行绝对计数，简单快捷。
CytoFLEX系列流式细胞仪配置灵活，从488nm单激光4色至3激光13色，共20余种配置。CytoFLEX S系列流式细胞仪最高可配置4激光13色。CytoFLEX及CytoFLEX S流式细胞仪均可配置内置高通量进样器，并不增加仪器体积。
CytoFLEX系统光学平台最多可安装4根空间分离的激光。该光学系统无须校准。日常质控系统将自动调节激光延迟，无须用户干预以确保最佳性能。
蓝色激光，波长488nm；功率50mW；光斑大小5μm×80μm；红色激光，波长638nm；功率50mW；光斑大小5μm×80μm；紫色激光，波长405nm；功率80mW；光斑大小5μm×80μm；黄色激光，波长561nm；功率30mW；光斑大小5μm×80μm；近紫外激光，波长375nm；功率60mW；光斑大小5μm×80μm。
该系统无须校准。固定式一体化光学系统和石英流动室设计，数值孔径＞1.3NA。流动室尺寸：内径420μm×180μm。
专利的轴光损失（ALL）传感器系统，内置488/8nm带通滤片的硅光电二极管。
荧光和侧向角散射光由光纤传导至雪崩光电二极管检测器阵列。专利设计能够确保高性能、高效和低噪的信号检测。发射光的收集由反射光路系统及单一带通滤片完成。CytoFLEX可选雪崩光电二极管检测器阵列采集紫光（405nm）的侧向角散射光。配备的（VSSC）通道可更好地用于300nm以下的纳米颗粒区分。
（1）侧向散射光分辨率＜300nm。
（2）紫光侧向角散射光分辨率（VSSC）＜200nm。
（3）前向角和侧向角散射光分辨率：侧向角性能的优化是为了区分淋巴细胞、单核细胞、粒细胞及纳米粒子。
（4）携带污染率：单管模式＜1.0%，孔板进样器模式＜0.5%。
（5）检测速度（板式进样器）：每孔10秒收集，＜32分钟；每孔10秒收集+3分钟混匀+3分钟清洗，＜45分钟。
（6）荧光灵敏度：FITC，＜30等量可溶性荧光素分子（MESF-FITC）；PE，＜10等量可溶性荧光素分子（MESF-PE）。
（7）荧光分辨率：rCV＜3%。
（8）质量控制：针对405nm、488nm、561nm和638nm激光检测通道，CytExpert QC自动化合格/不合格标准为rCV＜5.0%。针对375nm激光，上述标准为＜7.0%。
15个参数时，30 000事件/秒，用软件可以修改检测窗口扩展参数，在高事件率信号处理期间控制丢弃率。
拥有全数字化系统，7个十进制的数据显示。
所有通道的脉冲面积、高度，任一选定通道的脉冲宽度。
低维护系统，用户可以自行更换鞘液泵管道和采样泵管道（无须现场服务）。
固定流速为10μl/min、30μl/min 及60μl/min；自定义流速控制模式范围为10～240μl/min，按照1μl增量调节。重量校准。简单校准后，利用CytExpert软件实现按体积绝对计数。
标准4L鞘液桶，可选配10L鞘液桶。
启动（初始化）、样品混匀、反向冲洗、排气泡、关闭（日常清洗）、深度清洗。
5ml（12mm×75mm）聚苯乙烯和聚丙烯流式管1.5ml和2ml EP管。
96孔标准平底，U和V底板。
CytExpert软件，功能完备的专用程序，如果需要，可针对离线分析导出文件数据文件可以FCS格式导出，并通过Kaluza，FCSExpress，FlowJo和其他软件平台读取。
英文、中文。
FCS 3.0。
支持自动全矩阵补偿及手动全矩阵补偿。得益于补偿数据库的新颖设计，随着增益的变化，实现补偿矩阵自动实时调节。利用补偿数据库功能，输入/导出试验之间的补偿值。绝对线性增益放大器，用户可以在试验和样本类型之间使用补偿设置。
同DxFLEX章节。
同DxFLEX章节。