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药物对胎儿产生不良影响最主要的因素是药物本身的性质、药物的剂量、使用药物的持续时间、用药途径、胎儿或新生儿对药物的敏感性，以及用药时的胎龄。
脂溶性药物渗透性越高，越容易透过胎盘；离子化程度越高（渗透性越低），越不容易透过胎盘；分子量越小越易转运至胎儿，如止痛剂、镇静剂、安眠药（如地西泮）等。
胎儿对药物的反应存在个体化，效应和剂量有很大关系，少量药物有时只造成暂时的机体损害，而大量则可使胚胎死亡。用药持续时间长和重复使用，都会加重对胎儿的伤害。
药物对机体的损害与机体的遗传因素有关。同样的药物在动物与动物之间、动物与人之间有不同的影响，如沙利度胺人比鼠敏感60倍、比大鼠敏感100倍、比狗敏感200倍、比田鼠敏感700倍。
用药时胎龄与损害性质有密切关系。受精后2周内孕卵着床前后，药物对胚胎的影响是“全”或“无”的，“全”的表现为胚胎早期死亡导致流产；“无”则为胚胎继续发育，无异常。受精后3～8周内（即停经5～10周以内）处于胚胎器官分化阶段，胚胎开始定向发育，受到有害的药物作用后，机体产生形态上的异常而导致畸形，称为“致畸高度敏感期”，如神经组织于受精后15～25日、心脏于受精后20～40日、肢体于受精后24～46日均易受药物影响。
受精后第9周至足月是胎儿生长、器官发育、功能完善阶段，唯有神经系统、生殖器官和牙齿仍继续分化。特别是神经系统的分化、发育和增生，是在妊娠晚期和新生儿期达最高峰。在此期间受到药物作用后，由于肝酶结合功能差及血脑通透性高，易使胎儿受损，对中枢神经系统的损害还可表现为胎儿生长受限，出生体重和功能行为异常，早产率亦有所增加。