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本草学家认为，人和自然界的生物都是禀天地之气而生的，其结构和功能具有一定的相似性，所以可以借助自然界其他生物的组织器官来治疗人体相应组织器官的疾病，使之恢复正常形态和功能。
在中国古人的思维中，植物同人类一样，都由天地二气交感而生，且赖天地二气的滋养而生存。例如，一株绿色开花植物有根、茎、叶、花、果实、种子六大器官，其中地上的枝叶吸收天气，得天气较多；地下的根吸收地气，得地气较多；天地之气交感则植物能生长繁衍。果实是植物的精华，担负繁育后代的重任，得天气与地气都多
。因为植物不同的器官所感受的天地之气不同，它们的作用也就各不相同。
《温病条辨》云：“古来著本草者，皆逐论其气味性情，未尝总论夫形体之大纲，生长化收藏之运用，兹特补之。盖芦主生，干与枝叶主长，花主化，子主收，根主藏，木也；草则收藏皆在子。”说明药物不同部位与生长化收藏相对应，各有不同的功用。
《侣山堂类辩·药性形名论》指出，植物的药用部位、药物的外观特征与药物的药性药效之间存在必然的联系：“皮以治皮，节以治骨，核以治丸，子能明目，藤蔓者治筋骨，血肉者补血肉，各从其类也……凡物感阴阳之气而生，各有清浊升降之质性者也。”植物的根、茎、叶、花、果实、种子、心、皮、节、芽、脂、筋等不同的药用部位就具有不同的功用。中医用药时，常会考虑到病位的不同，而选择不同的药物进行治疗。如《温病条辨》用一加减正气散治疗“三焦湿郁，升降失司，脘连腹胀，大便不爽”时，“藿香但用梗，取其走中不走外也”，不同的药用部位，功用各有不同。
根生长在水土之中，主要有两个作用：①固定植物体。根在土中扎得越深，散得越宽，植株越牢固。从这个方面来说，根的形态是向下延伸的，其性下降。②吸收水土中水分和无机盐等并向茎叶输送。从这个方面来说，根的作用是上升的，其性主升。按照中医阴阳交感理论，根处土中，得地气多，地气属阴，所以根在阴阳属性上属阴。从另一角度而言，植物生长发育，一般都是先生根，后由根部长出茎叶，所以根的性质是主上升。以中国哲学观点来看，根所得之阴气需上升与阳气交感方能维持植物的生长发育，所以根性主升。综合起来，根的阴阳属性为阴中之阳，升多于降。
根有不同的形态。植物的根有直根系和须根系的不同。
直根系是由明显发达的主根及各级侧根组成，入药一般取主根，去侧根。由于主根是植物根系中形状粗大的根，主要功能是向茎叶输送水分和无机盐，所以从功能上看为阴中之阳，其性主升。有的直根可变态为肉质直根，如萝卜、胡萝卜；有的侧根、不定根可变态为块根，如甘薯；它们都贮存着较多的营养物质，称为贮藏根。但直根的形态是向下延伸，所以一些直根的作用又是主降的。
须根系主要或全部由不定根及其侧根组成，须根系的主根不发达，粗细长短相差不多，入土较浅，呈丛生状态，或似胡须样，入药多取根系全体。由于侧根生于主根的四侧，须根生于根的末端，其功能主要是向水土伸展以扩大根系，所以从形态看，其性主降、主旁散。但是，须根有从土壤中摄取水分和无机盐的作用，所以从功能看，其性也可主收。
如此说来，根有主升者，也有主降者；有主散者，也有主收者。但中医用药，取用的是形质，利用的却是功能，所以药物的功用主要与植物部位的功用一致，这样，如果不考虑药物滋味的因素，多数主根的作用主升，而多数须根的作用主收。当然，具体到某一特定的药物，还必须与气、味、形、质等综合起来才能作出较准确的判断，其中与味互参尤其重要。比如说，如果某药用植物的主根味甘，则能升能补基本可以确定；但是，如果某药用植物的根味苦而涩，因味苦主降，其药性反而更可能是下行。
黄芪、党参、山药都是常用的食疗药物，它们都以主根入药，味微甜而气清香。主根主升，甘能补，而且它们都色黄气香入脾，色白入肺，所以黄芪、党参、山药能补益脾肺之气。因为黄芪较党参的主根更深长，所以升补之力比党参强。党参味甘而质润，所以气阴双补。而山药更是质黏、汁液多，养阴之功在三者之中更优，同时体重质坚实，所以能入肾。
莲藕是莲的肥大根茎，生长在池沼水底，味甘多汁，可见受阴气独多，所以性凉，有养阴清热的作用。莲藕在泥中是横着生长的，所以没有升提之力；味甘能补，甘味又入脾胃，所以有健脾益胃之功。莲藕又色白可入肺，色兼赤可入心，内有多数纵行通气孔洞，孔中有丝，藕断丝连，所以莲藕有凉血行瘀之功，可用于治疗产后血闷、肺胃出血、金疮伤折等。
胡萝卜味甘入脾而补，黄色的胡萝卜更能入脾补脾。又胡萝卜为主根主升，但次生韧皮部发达，韧皮部主降，形圆主通，所以能升能降，补而不滞，有健脾化滞之功，可用于治疗脾虚证。红色的胡萝卜因色赤入血，所以能补血。一般来说，色越红则补血之力越强。《本草省常》云：胡萝卜“黄者养气，红者养血，久食令人强健”。
在一株植物之中，茎处地上，是连接根和叶的部分。茎有草质茎和木质茎的区别。
草本植物的茎是草质茎，木质部不发达，由于茎干软弱，支持力不强，植物一般较矮小，寿命较短。草质茎中密布很多相对细小的维管束，其中既有向上输送水分和无机盐的管道（导管），也有向下输送有机物的管道（筛管）。草本植物的维管束与木本植物不同，不具有形成层，不能不断生长。
根据以上情况可知，在草本植物和较矮小的灌木的茎中，向上和向下运输物质的两种管道通常密不可分，所以它们的茎能升能降，故性和。如紫苏梗为草质茎，茎细小，所以能升能降，能和胸腹之气；气芳香，味微辛（气味皆辛），所以性温且入肺；梗呈方柱形而气香，故入脾；表面带紫色故入血，木部黄白色（亦入脾肺），髓部白色而疏松，主能理气宽中。所以紫苏梗常用于胸膈痞闷、胃脘疼痛、嗳气呕吐等症。
在日常食物中，甘蔗以茎为食用部位。甘蔗也是多年生草本植物，虽然茎比较粗，但是它的茎在结构方面与其他草本植物的茎是相同的。由于甘蔗食用部分以茎的中心为主，且越近根部越甜，可见甘蔗的茎中向下输送的管道十分发达，作用趋势是向下。又因甘蔗味甘多汁入胃，所以甘蔗能下气和胃降逆，可用于反胃呕吐、呃逆等症。
对于植物而言，茎有树皮，根有根皮，果实有果皮，地下茎有表皮；对于动物而言，体表有皮肤，体内黏膜有表皮，有些动物还有蜕下的皮。在常用药物中，有很多皮类药物，如肉桂、杜仲、厚朴、五加皮、桑白皮是以树皮、根皮入药，大腹皮、瓜蒌皮、陈皮、青皮是以果皮入药，刺猬皮、蛇蜕、蝉蜕是以动物的皮或蜕下的皮入药。
皮类药物的功用都有一个共性，古人称之为“以皮治皮”，即植物或动物的皮可用来治疗人体皮肤的疾病。皮类药物能达皮，但其具体功用应当结合其他特点来具体分析。
植物的树皮或根皮中含有运输有机物的管道——或者，用中医的话来说——在植物中，阳气循外皮下行，所以植物的树皮性主降。由于树皮处在枝干的外表，得阳气较多，而且植物的阳气循外皮下行，所以，只要树皮没有很重的苦味，它们的药性常常偏温。
在日常食物中，用植物的皮作为食物的很少。但某些地方取白萝卜皮。白萝卜皮为根皮，功用与树皮相似，有降气之功。又白萝卜皮气味辛辣而色白，所以入肺降气止逆之功较著。
动物的皮为血肉有情之品，以皮达皮，则可用来治疗各种皮肤和黏膜的损伤。食疗中常用到猪皮。猪为水畜，皮下脂肪丰厚，所以猪肤受津液之滋养最多，所以猪皮能滋养皮肤。
中医药理理论认为，叶在四旁，主宣发，所以性主散，能散周身皮肉之邪。绿色开花植物中，叶的主要功用有两个方面：一是进行光合作用，此时需消耗二氧化碳，释放氧气；二是蒸腾作用，即通过叶的表面散失水分，起到水泵的作用，使土壤中的水分和无机盐源源不断地向上输送。所以，叶的主要生理作用表现为散——一是放散氧气，一是放散水蒸气。从形态上来看，叶在植物的上半部分及四周，有发散之象。
食用的叶类菜蔬有菠菜、香菜、芹菜、生菜、苋菜、莴苣、空心菜等。此外，紫苏叶是常用的调味品，荷叶、艾叶也是药食两用品。
紫苏全株气味大辛而微甘，辛甘合化为阳，辛主散，所以有发表散寒的作用。紫苏的茎、叶、花序、苞片、花梗、花冠均密被柔毛，所以得金气独厚而入肺，有宣肺化痰之功。因叶性主散，质地又轻能上浮，所以发散风寒多用叶，尤其适宜于治疗风寒表实证，常用于治疗风寒感冒所致之鼻塞流涕、腹痛呕吐、咽痒咳嗽等。又因紫苏气辛香而能行气，色带青紫而能入肝血，所以还有行气理血的作用。
荷叶虽然不作为食物，但是某些地区有用荷叶烧饭的习惯，使米饭别有风味。荷叶气清香能醒脾，味微苦能降火，产于盛暑能清暑，出于水中能祛湿，所以能清暑祛湿，对于感受暑湿之邪者尤为适宜。又荷叶为莲藕之叶，从形态上看，荷叶向上仰生，有引泥中之气上升之形，所以有升发清阳之功。
在一个植株之中，花一般质轻，居于茎梢之上，入水则浮，所以性上浮，能治上焦或头目之病；花多清香四溢，所以能清利头目；花形从中绽放，所以性主散。综合起来，花的主要作用是芳香解表散邪。《本草问答》云：“凡花多散头目之邪，头目居上而花居茎梢之上，气更轻扬，故多归头目而散其邪也。甘菊花气香味平，散头目之风邪；金银花散阳明头目之风热；辛夷花散脑鼻内之风寒；密蒙花散眼内之风邪。总见花在梢上，故上行头目。”
常用的花类药物有丁香、合欢花、红花、鸡冠花、玫瑰花、金银花、夏枯草、菊花、白梅花、槐花、密蒙花、辛夷等。食用花类则有菜花、黄花、榆树花、金针菜、油菜花、花椰菜等。
金针菜是百合科百合目多年生草本植物萱草、黄花萱草或小萱草的花蕾，又名黄花菜。嵇康《养生论》中有“合欢蠲忿，萱草忘忧”之语。金针菜以花为用而主散，气微香而能疏，质轻而能上扬，所以有宽胸解郁的作用。
在常用中药和食材中，相当一部分取自植物的种子、果仁及果实部分。
果实和种子具有三个基本特点：①果实和种子是植物的繁殖器官，种子浓缩了植物的精华，含有植物的全部遗传信息（生殖之精），只要在适宜的温度和湿度的条件下，种子就可以萌发长成新的个体。植物依赖种子以繁殖，人类依赖肾精以繁衍，所以，种子具有入肾的先天优势。②许多种子含有胚萌芽发育成新个体必需的营养，在萌芽时除了需要水分外，几乎不需要外界的其他营养成分。也就是说，许多种子营养丰富而全面，具有补养作用。③许多果实和种子结实在植物的顶端，位处高空，质重而下垂，所以总的作用趋势是下降。
果实与种子在功用方面具有一些共性，主要包括：
1.子实主降
果实和种子主降主要有四个方面的原因：①种子入肾，肾处下焦，所以子实主降。②果实和种子大多结实在高处，质重而下垂，所以性主降。③许多种仁含有较多的油脂，质油润而能滑泄。④许多种仁气辛味苦，辛能散，苦能泄。符合以上条件越多，则沉降之性越强。如枸杞子、韭子等作用专在下焦。薏苡仁、火麻仁、郁李仁、酸枣仁等功专降气。
果实和种子主降，又可以分为降肺气、降肝气、降胃气三个方面。一般而言，质轻者主降肺气，质重者主降肝气，质不轻不重者主降胃气。
多数种仁类的食物具有甘味，如莲子、扁豆、大米等，它们都有健脾益肾的功效；还有一些味淡微甘的种仁类药材，因为种子趋于肾，味淡能渗，所以能走膀胱，有利湿通淋之功，如芡实、薏苡仁、赤小豆等，由于它们兼微甘之味，所以还能健脾，常用于治疗脾虚水湿停滞诸症。
刀豆是常见的食物。刀豆子呈扁肾形或扁椭圆形，体大而质硬，所以性主降。刀豆具肾形，所以能沉降入肾以补肾，主温中通气，利于调养肠胃，止呃逆，益肾补元气。《本草纲目》云：“刀豆本草失载，惟近时小书载其暖而补元阳也。又有人病后呃逆不止，声闻邻家。或令取刀豆子烧存性，白汤调服二钱即止。此亦取其下气归元，而逆自止也。”
白果也是药食两用品种，它是银杏的干燥成熟种子。白果质重，所以性主降，又色白属金而入肺，所以能降肺气而定喘。但白果“其花夜开，人不得见，盖阴毒之物，故又能杀虫消毒”，超量食用也会受阴毒之伤。
2.子实主养
果实和种子主养也主要有四个方面的原因：①种子寓含新生命的原始个体，含有植物的全部遗传信息（生殖之精），植物赖种子以繁殖，人类赖肾精以繁衍，所以，种子具有补肾的作用。②许多果实或种子形状似脾或似肾，所以能入脾肾。③许多果实有肥厚甘美的果肉，或种子味甘而营养丰富，所以主养。④许多种仁富含油脂，质油润而能养阴。符合以上条件越多，补养之力就越强。
很多植物的果实和种子味道甘美。《本草纲目》云：“甘能补益，补益气血，滋生津液。”因味甘则入脾，能补后天之本，又种子能繁衍，相当于人类的肾精，所以能入肾，补先天之本。综合起来，这些果实和种子兼补脾肾，如各种谷类、豆类、干果等。如果果实或种子质柔润则能养血滋阴，如桑椹、枸杞、龙眼肉等。此外，许多瓜果类也味甘，如黄瓜、丝瓜、冬瓜、南瓜、栉瓜、菜瓜等，都有一定的补益作用。
比如，大枣是鼠李科植物枣的成熟果实。干燥的果实略呈卵圆形或椭圆形，表面暗红色，略带光泽，有不规则皱纹，外果皮薄，中果皮肉质松软，如海绵状，黄棕色，富糖性而油润。气微香，味香甜。大枣肉味大甘而色黄故能补脾，表面暗红而质油润故能入心补血，具有补中益气、养血安神等作用。
在一般人看来，龙眼肉是龙眼的果肉，但它实际上是龙眼的假种皮。鲜品龙眼肉包裹在圆球状黑色种子的外面，半透明而汁多。干品龙眼肉棕褐色。质柔润，气微香，味甜。龙眼肉味甜而色黄能补益脾气，色微赤而质润能补益心血，故有补益心脾、养血安神之功，常用于气血不足、心悸怔忡、健忘失眠、血虚萎黄等症。
3.子实多润
果实和种子多润主要有五个方面的原因：①许多果实的果肉濡润多汁。②许多种子的仁含较多油脂，质油润而能养阴。③许多果实的果肉或种子色白能入肺与大肠。④子实本性入肾易趋下行，加之一些子实质重而更能下行。另外，一些果实或种子质润与气辛同具，质润能治燥，气辛能发散，故有敷布津液的作用（前人有“辛能润”之说）。符合以上条件越多，则润燥之力越强。
凡子实类药物，体润质滑者，多能润燥滑肠。尤其是许多种仁富含油脂，质地油润而具滑利下行之性，所以能润燥滑肠，缓下秘结，临床多用于肠燥津枯便秘。其中润肠缓下者如郁李仁、杏仁、桃仁；补虚润肠者如火麻仁、胡桃仁、黑芝麻仁等。
因为子实主入肾，子实主养，又子实多润，所以一些质地滋润的药物能下行肝肾而益精血、明眼目、乌毛发、退虚热，可用于肝肾阴亏、头目失养之头昏耳鸣、须发早白、眼目昏花、视物不清及肾阴不足之消渴证，如松子仁、胡桃仁、黑芝麻等。
4.子能明目
中医药理理论中还有“子能明目”的说法，是指多种植物的种子具有明目的作用。如枸杞子色赤味甘酸，能滋阴补血、益精明目，治疗肝肾阴虚、瞳仁失养所致之目暗。桑椹是桑树的成熟果实，味甘酸色紫红，入心肝肾三经，具有补血滋阴、生津止渴等功效，可用治阴血不足所致的头晕目眩等症。
种子都有胚。种子在适宜的温度、湿度等条件下，胚芽吸收子叶或胚乳的营养，突破种皮后发育成新的个体。所以，胚芽是生殖之精蕴藏之处，含“先天之精”。但胚芽极细，难于采集，不方便药用。临床所用的种芽实际上是种子萌发后的全体，包括幼根、嫩芽，甚至嫩茎等。常用的种芽类药物有麦芽、谷芽、大豆黄卷、赤小豆芽等。以芽作为食物的有绿豆芽、黄豆芽等。另外，竹笋、芦笋是植物的茎芽，与种芽有也一定的相似之处。
胚芽和种芽是植物可以发育成新个体的原始体和幼体，是植物生命之始源，具有孕育生发之性。另一方面，当种子萌发时，胚芽突破种皮的束缚而出，从形象上而言，嫩芽具有透达、发泄之力，寓破旧生新之气。
植物都具有汁液，只不过有的植物汁液多而稠厚，有的植物汁液少而清稀。植物的汁液，与人体相对应，则相当于人体的阴液，同气相求，所以植物的汁液均入阴液。
植物的汁液，味甘者则甘寒补液，常用于热病阴亏之证，如梨汁、西瓜汁、藕汁、甘蔗汁（蔗浆）等。因味甘能补，液以入液，而植物性偏阴，故能甘寒补液，常用于热病后期，热不盛而阴液已虚、正虚不复者。
植物的汁液，味苦者则苦寒泻火而能补液，常用于热病血热津亏之证。如生地所取之汁色赤味苦，色赤能入血，味苦能泻火，液以入液，又植物属阴，所以生地汁苦寒能泻血分之热，兼有补液的作用，常用于热病中期，热势盛而津已亏者。
植物的汁液，气辛者能散，故能散血化瘀。如韭汁气辛能散，色青入肝，汁入阴液，故入肝而散血（血亦阴也）。《本草纲目》云：“韭叶热，根温，功用相同，生则辛而散血，熟则甘而补中。一叟病噎膈，食入即吐，胸中刺痛，或令取韭汁，入盐梅卤汁少许，细呷，得入渐加，忽吐稠涎数升而愈。”