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支原体（ Mycoplasma ）是一类缺乏细胞壁、呈高度多形性、能通过细菌滤器、在无生命培养基中能生长繁殖的最小原核细胞微生物。从人体中分离获得的支原体有16种（表2-1），其中对人类致病主要有肺炎支原体（ M . pneumoni ae）、人型支原体（ M . hominis ）、生殖支原体（ M . genitalium ）等。
表2-1 致病性支原体的感染部位与所致疾病
目前，肺炎支原体感染发病率最高，是社区获得性肺炎中第一位的病原体，多采用大环内酯类或喹诺酮类抗感染药物治疗，但对大环内酯类药物的耐药率较高。
肺炎支原体主要经飞沫传播，一年四季均可发病，但夏末秋初多发，以5～15岁的青少年发病率最高。肺炎支原体感染引起的病理改变以间质性肺炎为主，又称原发性非典型性肺炎，临床症状较轻，以咳嗽、发热、头痛、咽喉痛和肌肉痛为主。5～10d后症状消失，但肺部X线改变持续4～6周才能消退。有时可并发支气管肺炎，个别患者可发生呼吸道外并发症，如皮疹、心血管和神经系统症状，这可能与免疫复合物和自身抗体有关。
阳性率不高且成本较高，不适宜用于临床快速诊断。
曾用冷凝集试验辅助诊断，但仅50%左右患者出现阳性。此反应为非特异性，呼吸道合胞病毒、腮腺炎病毒、流感病毒等感染时也可出现冷凝集现象。
抗原和核酸检测。方法有：①采用P1蛋白和P30蛋白单克隆抗体的ELISA方法检测患者痰、鼻洗液或支气管灌洗液中肺炎支原体抗原；②采用PCR检测患者痰液标本中肺炎支原体16S rRNA基因或P1基因。此法简便快速，且特异性和敏感度高，适合大量临床标本检查。
衣原体（ Chlamydiae ）是一类能通过细菌滤器的原核细胞型微生物。其特性：①圆形或椭圆形，有细胞壁，革兰氏染色阴性；②二分裂方式繁殖；③有DNA和RNA两种核酸；④有核糖体；⑤严格细胞内寄生，具有独立的酶系统，但不能产生代谢所需的能量，须利用宿主细胞的三磷酸盐和中间代谢产物作为能量来源。
不同的衣原体由于种特异性抗原主要外膜蛋白等不同，其嗜组织性和致病性存在差异。有些衣原体仅引起人类疾病，如肺炎衣原体和沙眼衣原体；有些只引起动物疾病，如猪衣原体等；有些是人畜共患病原体，如鹦鹉热衣原体。
肺炎衣原体经飞沫或呼吸道分泌物在人与人之间传播。播散较为缓慢，具有散发和流行交替出现的特点。约有50%的成人曾有肺炎衣原体感染，故大部分感染者为亚临床型。肺炎衣原体是呼吸道感染性疾病的重要病原体，易引起肺炎、支气管炎、咽炎和鼻窦炎等。起病缓慢，临床症状与肺炎支原体相似，表现为咽痛、咳嗽、咳痰发热等，一般症状较轻。病原体存在持续性及隐蔽性可造成机体组织的慢性病理损伤。
微量免疫荧光试验是目前检测肺炎衣原体感染最常用且较敏感的血清学方法，被称为“标准”。该试验可分别测定血清中特异性IgM和IgG抗体，可区别近期感染和既往感染，也有利于区别原发感染和继发感染。凡双份血清抗体滴度增高4倍或以上，或单份血清IgM抗体滴度 ≥ 1：16、IgG抗体滴度 ≥ 1：512，可确定为急性感染，IgG ≥ 1：16提示为感染。
根据肺炎衣原体的16S rRNA基因或 MOMP 编码基因的保守序列设计特异性引物，采用PCR检测特异性DNA片段，可用于临床标本的快速诊断。
沙眼衣原体（ Trachaven chlamykharma ）主要寄生于人类，根据侵袭力和引起人类疾病的部位不同，将沙眼衣原体分为三个生物型，即沙眼生物型、生殖生物型和性病淋巴肉芽肿生物型。治疗药物可选用大环内酯类、喹诺酮类、四环素类抗感染药物。预防重点是注意个人卫生，避免直接或间接的接触传染。
主要通过眼-手-眼传播，沙眼衣原体感染眼结膜上皮细胞后，在其中繁殖并在细胞质内形成包涵体，引起局部炎症。早期症状是流泪、黏性或脓性分泌物、结膜充血及滤泡增生。晚期出现结膜瘢痕、眼睑内翻、倒睫等；可引起角膜血管翳，导致角膜损害，影响视力甚至致盲。
分为婴儿结膜炎和成人结膜炎，前者系婴儿经产道感染，引起急性化脓性结膜炎，不侵犯角膜，能自愈；后者经眼-手-眼或污染的游泳池水感染，引起滤泡性结膜炎，又称游泳池结膜炎，其病变类似沙眼，但不出现角膜血管翳，亦无结膜瘢痕，一般经数周或数月痊愈，无后遗症。
经性接触传播，由生殖生物型引起，男性多表现为非淋菌性尿道炎，不经治疗可缓解，但多数会转变成慢性，病情周期性加重，可合并附睾炎、前列腺炎、直肠炎等。女性表现为尿道炎、宫颈炎、输卵管炎和盆腔炎等。若输卵管炎反复发作，可导致不孕或宫外孕等严重并发症。
生殖生物型可引起婴幼儿肺炎。
由沙眼衣原体性病淋巴肉芽肿生物型引起，人是其自然宿主，主要通过性接触传播。此类衣原体侵犯男性腹股沟淋巴结，引起化脓性淋巴结炎和慢性淋巴肉芽肿，常形成瘘管；亦可侵犯女性会阴、肛门、直肠，引起会阴-肛门-直肠组织狭窄。也可引起结膜炎并伴有耳前、颌下及颈部淋巴结肿大。
多数衣原体引起的疾病可根据临床症状和体征确诊。例如，急性期沙眼或包涵体结膜炎患者，通过其特殊的症状和体征即可作出诊断，实验室检查可取眼结膜刮片或眼穹隆部及眼结膜分泌物涂片镜检。泌尿生殖道感染者，由于临床症状常不典型，因而实验室检查较为重要，可采集泌尿生殖道拭子、宫颈刮片、精液或其他病灶部位活检标本，进行镜检或抗原、核酸检测。
鹦鹉热是由鹦鹉热衣原体（chlamydia psittaci）引起的一种自然疫源性疾病。从事鸟类养殖和禽类加工的人员应加强防护，对进口的鸟类和禽类应加强检疫。确诊病例宜及早使用多西环素、大环内酯类或喹诺酮类抗感染药物治疗。
人类主要经呼吸道吸入鸟粪便、分泌物或羽毛的气雾或尘埃而感染，也可经破损皮肤、黏膜或眼结膜感染。潜伏期为5～21d（最短3d，最长可达45d）。临床表现多为肺炎，以发热、头痛、干咳、间质性肺炎为主要症状，偶尔可发生系统性并发症，如心肌炎、脑炎、心内膜炎与肝炎、肝脾肿大等。外周血白细胞计数正常或略增多。约有50%～95%患者胸部X线显示为片状、云絮状、结节状或粟粒状阴影，由肺门向外呈楔形或扇形扩大，也可表现为大叶性肺炎。
病原学检查是确诊的重要依据。取患者血、痰标本或咽拭子直接涂片染色观察包涵体，如必要可先采用组织培养或动物接种进行病原体分离，再通过Giemsa或Macchiavello染色观察原体或网状体。血清学诊断可采用重组鹦鹉热衣原体抗原及IFA或ELISA检测特异IgM抗体（滴度 ≥ 1：16）进行早期特异性诊断。也可根据16S rRNA或 MOMP 基因设计特异引物，采用PCR进行快速检测与诊断。
1976年在美国费城召开的一次退伍军人大会，其间突然暴发流行一种原因不明的肺炎，当时称为军团病，后从死者肺组织中分离出一种新的革兰氏阴性菌，命名为军团菌。1984年，该菌正式命名为军团菌属，我国1982年首次报道该菌感染。军团菌属（ Legionella ）是一类革兰氏阴性杆菌，广泛分布于自然和人工的水环境中，如空调冷凝水、河水、冷却塔、医院淋浴喷头及其他污水和供水系统中，人可通过吸入污染水所形成的气溶胶（来自空调、雾化器、淋浴头、呼吸机、冷却水等）后感染发病。军团菌病不会引起人与人之间的传播。
本属细菌现已有超过50个种、超过70个血清型。对人致病的主要为嗜肺军团菌（ L . pneumophila ），引起80%～90%的人类感染，多流行于夏秋季。军团菌易感的危险因素包括吸烟、慢性肺病、高龄以及应用免疫抑制。根据其临床特征可分为庞蒂亚克热和军团菌肺炎。庞蒂亚克热是一种急性、自限性、流感样疾病，潜伏期为24～48h，不伴肺炎；最常见的症状有不适、疲劳和肌痛、发热、头痛；可在数日内恢复，无需抗感染治疗。军团菌肺炎与衣原体、支原体引起的肺炎一起作为“非典型肺炎”的鉴别诊断。军团菌肺炎通常比其他“非典型肺炎”的临床表现更严重，其病程和预后更接近菌血症性肺炎球菌肺炎。社区获得性军团病患者比其他病因肺炎的患者更需要收入ICU。军团菌肺炎的潜伏期通常为2～10d。患者普遍有发热，部分患者高热超过40℃。症状和体征可以表现为轻度咳嗽和发热，也可快速进展为广泛肺部浸润、多器官功能衰竭。军团菌肺炎有时伴痰血，胸膜炎性或非胸膜炎性的胸痛，是一个突出的特征；胃肠不适通常很明显，腹泻、腹痛、恶心、呕吐。最常见的神经系统症状是精神混乱和变化，意识模糊、头痛、嗜睡等。低钠血症、肝功能异常、血尿也常有发生。
病原体在镜下表现为小的、多形性的、模糊的革兰氏阴性杆菌。
军团菌属细菌为专性胞内寄生菌，需氧，体外培养营养要求苛刻，在血平板或普通琼脂平板上不生长，含 L -半胱氨酸、酒石酸和α-酮戊二酸的活性炭酵母浸膏培养基是临床分离军团菌的主要培养基。军团菌生长缓慢，培养3d后，形成直径1～2mm、凸起、灰白色、有光泽、湿润、半透明、有特殊臭味的圆形菌落。
军团菌特异性基因16S rRNA和嗜肺军团菌特异基因 mip 是快速鉴定有无军团菌的方法之一。采用核酸探针技术也可以确定有无军团菌感染。单克隆抗体分型、以测序为基础的分型及脉冲场电泳分型法可用于军团菌流行病学调查。
血清学主要用作流行病学调查研究，但不支持早期诊断。
尿嗜肺军团菌的抗原检测是一种简便、快速、经济的诊断方法，对社区获得性肺炎的检测比培养更敏感，但只能检出嗜肺军团菌Ⅰ型，该型引起约80%的军团菌感染。尿抗原在发病后3d可检测到，并在2个月内消失；当患者接受糖皮质激素治疗时，阳性持续时间可延长，该试验不受抗感染药物影响。