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药物的作用受药物和机体等多种因素的影响，这些因素引起不同个体或是表现为药动学差异（pharmacokinetic variation），或是表现为药效学差异（pharmacodynamic variation）。这两个方面的差异均能导致药物效应的个体差异（interindividual variation）。个体差异在绝大多数情况下只是“量”的不同，但有时药物作用出现“质”的差异。
药物可制成各种不同的剂型，采用不同的途径给药。如供口服给药的有片剂、胶囊、口服液；供注射用的有水剂、乳剂、油剂；还有控制释放速度的控释剂和缓释剂。通常注射药物比口服起效快，作用显著。缓释制剂用无药理活性的基质或包衣减慢药物的释放，控释制剂则可控制药物释放的速度。
药物的制备工艺和原辅料不同，也可能显著影响药物的吸收和生物利用度。如不同药厂生产的相同剂量的同一药物，口服后血浆药物浓度可相差数倍甚至十余倍。
有的药物采用不同的给药途径时还会产生不同的作用。如硫酸镁（magnesium sulfate）外敷可消炎，内服可以导泻和利胆，注射则产生抗惊厥和降低血压的作用。
2 种或2 种以上的药物同时或先后序贯应用时，使药物的药理效应或毒性发生变化，称为药物相互作用（drug interaction）。药物相互作用有利也有弊。合理的联合用药可提高疗效，减少不良反应，降低医疗费用。不合理的联合用药增加了不良反应的发生率，合并用药的种类越多，不良反应的发生率越高。有资料报道，合并用药1～5种其不良反应的发生率为3.5%，6～10 种为10%，10～15 种为28%，16～20 种为54%。这些不良反应可能比原疾病更为严重。
合并用药后效应增强者称为协同（synergism），效应降低者称为拮抗（antagonism）。药物相互作用产生的机制有药剂学、药动学和药效学3 个方面。药剂学机制指药物在体外发生物理性或化学性相互作用（变色、混浊、沉淀、药效降低或生成新的毒性物质等），又称为配伍禁忌（incompatibility）。药物混合静脉注射或滴注时尤其应注意。
大多数药物经肝脏和肾脏消除。新生儿和老年人的肝脏功能降低和肾脏排泄功能不全，大部分药物对新生儿和老年人作用更强烈、更持久，故有特殊的老年人剂量、儿童剂量。
老年人的各系统多有退行性变化（如心血管反射减弱），脂肪在机体中所占的比例增大，导致药物分布容积发生相应的改变。同时由于老年人常需服用更多的药物，发生药物相互作用的可能性相应增加。
新生儿体内的药物结合代谢能力低，如胆红素与清蛋白结合的位点被药物置换后引起核黄疸。由于肝脏的结合代谢能力低下导致氯霉素蓄积，可致“灰婴综合征”。
由于脂肪在机体内的构成比例随着年龄增长而增加，引起脂溶性药物的分布容积增高，导致一些药物的半衰期随着年龄的增长而延长。
新生儿的肾小球滤过率和肾小管最大分泌率均仅为成人的20%，故主要经肾清除的药物在新生儿中的半衰期比成人长。肾小球滤过能力大约从20 岁开始缓慢减弱，到50 岁和75 岁时分别降低约25%和50%，导致药物的肾清除速率降低。
老年人对药物的敏感性发生相应改变，如苯二氮䓬类药物在老年人中更易引起精神错乱。降压药物在老年人中因心血管反射减弱，常引起直立性低血压。
雄（雌）激素类药物可使女（男）性患者男（女）性化。妇女月经期不宜服用峻泻药和抗凝血药，以免盆腔充血、月经过多。女性的体重一般轻于男性，在使用治疗指数低的药物时，女性可能需要较小的剂量。女性较男性有较高比例的脂肪和较低比例的水，也可影响药物的分布和作用。
由于进入母体的药物多能进入胎儿体内，凡能对母体产生影响的药物都可能影响胎儿的发育，故除维持妊娠的药物以外，其他药物应尽量不用。震惊世界的“沙利度胺（反应停）”事件极大地促进了临床药理学的发展。在分娩过程中，对母体使用的药物可影响子宫收缩而改变产程，也可能对新生儿产生影响。因为新生儿不仅自身对药物的代谢和排泄功能不全，而且也因切断和母体的循环联系而不能利用母体内消除药物的机制。此外，药物可影响乳汁的分泌或通过哺乳进入婴儿体内，故哺乳期妇女用药要慎重，现已发展为一门围生期药理学（perinatal pharmacology）。
遗传是影响药物效应的最重要的因素。基因可决定药物代谢酶、药物转运蛋白和受体活性及功能表达等的结构基础，其突变可引起所编码的药物代谢酶、转运蛋白和受体蛋白的氨基酸序列和功能的异常，成为产生药物效应个体差异和种族差异的主要原因。特异质反应也与遗传因素有关。
消化道黏膜水肿时，会因吸收障碍而使药物吸收不完全。肝、肾功能损伤易引起药物体内蓄积，产生过强或过久的药物作用，甚至发生毒性反应。中枢神经系统处于抑制状态时，能耐受较大剂量的中枢兴奋药。任何降低机体抵抗力的因素都会降低疗效。甲状腺功能低下时对镇痛药哌替啶的敏感性增高。体温过低（特别是老年人更易发生）可显著降低许多药物的消除。
患者的精神状态、对医师的信任程度等与药物疗效关系密切。安慰剂（placebo）一般指由本身没有特殊药理作用的物质如乳糖、淀粉等制成的外形、气味似药的制剂。但从广义上讲，安慰剂还包括那些本身没有特殊作用的医疗措施，如假手术等。安慰剂产生的效应称为安慰剂效应。
药物治疗的效应实际是由多种因素引起的，包括药理效应、非特异性药物效应、非特异性医疗效应和疾病的自然恢复等。安慰剂不仅对功能性疾病有效，对器质性疾病也有效。因此，在评价药物的临床疗效时，应充分考虑安慰剂效应的影响。实际上不少药物或其他手段的治疗效果往往不是药物本身的作用，只是安慰剂效应。故在药物临床研究中，应采用盲法安慰剂对照试验。
长期用药可引起耐受性（tolerance）和耐药性（resistance）、依赖性、停药反应等，均可影响药物疗效。
与高敏性相反，机体（人或动物）对药物的敏感性或反应性降低称为耐受性。耐药性则指病原体或肿瘤细胞对化疗药物（抗病原体药物、抗肿瘤药物的总称）的敏感性或反应性降低。耐受性与耐药性两词的意义相似而所指的对象不同。
耐受性有先天的和后天获得的2 种。先天耐受多与遗传有关，第一次用药即可出现，属于个体差异（individual variability）。后天获得性是在反复多次用药后发生的，增加剂量可达到原有的效应，停药后机体对药物的敏感性或反应性可逐渐恢复到原有的水平。其中，短期内反复用药数次即产生耐受性的称为快速耐受性（tachyphylaxis）。麻黄碱、垂体后叶素和硝酸酯类药物等可引起快速耐受性。
耐受性是非常普遍的现象。由于机体在长期的生物进化过程中获得了强大的适应能力，能对药物的多次刺激发生适应性变化，所以很多药物反复使用后均可产生耐受性，只是产生的速度与强度不等而已。麻醉药也不例外，如硫喷妥钠、氯胺酮都较易产生耐受性。此两药耐受性的产生除与连续用药使神经组织对其产生适应性外，还与两药的自身酶诱导作用有关。此两药均经肝微粒酶进行生物转化，同时又都是此酶的诱导剂，均可增加此酶的降解活力，从而加速了自身的代谢而产生耐受性。
局麻药可产生快速耐受性，局麻药在同一部位（如硬脊膜外阻滞）多次使用后，药效很快降低。这是因为局麻药制剂多为盐酸盐，多次使用后，盐酸在局部蓄积增多，使pH 下降之故。
耐药性（resistance）指病原体或肿瘤细胞对化疗药物（抗病原体药物、抗肿瘤药物的总称）的敏感性或反应性降低。产生耐药性后，化疗药物对病原微生物、寄生虫或肿瘤细胞等的疗效降低或消失，需增大剂量或更换药物方能见效。
时间因素如时间节律，有年节律、季节律、月节律、周节律、昼夜节律等。其中，昼夜节律对药效的影响较大大，研究也较为深入。机体“生物钟”对药物效应有明显影响，由此产生了时辰（间）药理学。时辰药理学是研究药物与机体生物节律之间的相互关系的科学，是时间生物学与药理学的交叉学科。生物节律对药物的药动学、药效学、毒理学均有影响，药物也可影响生物节律。如肾上腺皮质激素在晨间分泌最多，血药浓度也最高；氨茶碱对小鼠的LD 50 在4：00 时低于16：00。
生活习惯如吸烟、饮酒、喝茶等，以及环境因素如食品、饮料中的添加剂、农药、杀虫剂，饮水中的重金属离子，空气中的尾气、粉尘等均能对药物的作用产生影响。
（戴体俊）