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足月新生儿出生时已经具有较好的吸吮及吞咽功能，3～4个月唾液分泌开始增加，婴幼儿口底浅，不能及时吞咽全部唾液，所以在麻醉术前应积极使用阿托品。新生儿食管长度为8～10cm，1岁时为12cm，5岁时为16cm。刚出生时新生儿胃液pH＞7，呈碱性，出生后第2日胃液pH与年长儿呈相同的生理范围。新生儿及婴儿食管下段括约肌发育不成熟，控制能力差，且吞咽与呼吸的协调能力在出生后4～5个月才发育完全。
新生儿及婴儿胃排空时间较成人慢，麻醉前禁食禁饮标准：清饮料2小时，母乳4小时，牛乳和配方奶6小时。早产儿胃排空更慢，容易发生胃潴留，所以要注意避免出现反流，即便是保留自主呼吸，插管时也有反流误吸的风险。当有胃肠道畸形时，常在出生后24～36小时出现症状，上消化道畸形时出现呕吐和反流，下消化道畸形时出现腹胀和便秘。
新生儿肝功能发育不全，与药物代谢有关的酶系统虽然已存在，但药物的酶诱导作用不足。随着年龄的增长，肝血流增加，酶系统发育完全，肝脏代谢药物的能力会迅速增加。但在新生儿时期相关酶与药物的结合能力差，易导致新生儿黄疸，对药物的降解反应减少，以致药物清除半衰期延长。
早产儿肝脏糖原储备少，且处理大量蛋白负荷的能力差，故当喂养食物中蛋白含量太高时，早产儿会有低血糖和酸中毒倾向且体重不增加。新生儿比婴儿血浆蛋白和其他与药物结合的蛋白含量低，白蛋白浓度低时蛋白结合力低，血浆中游离药物的浓度高。此外，婴儿期的某些病理性高胆红素血症可影响药物与白蛋白的结合。