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新中国成立初期，我国大部分农村地区存在着不同程度的饮水困难和饮水卫生问题，缺水、取水用水不便和水质不佳的问题普遍存在。由饮水导致的肠道传染病和寄生虫病等发病率高居不下，介水传染病、地方病占农村发病率总数的80%左右，严重威胁人民健康。为保护健康，改变农村供水的落后面貌，农村改水应运而生。
初期的改水主要是以打井、引水为工程措施，同时实施水井加盖、井台加高等简易的水源卫生防护措施。进行水源防护和改善饮水是预防传染病，特别是介水传染病的重要手段，对减少疾病起到很大促进作用。各地结合实际，因地制宜地采取了多种新技术、新方法，采取水源保护和兴修水利相结合的基本做法。北方通过打井、打窖，解决缺水的问题；南方通过引泉、手压井、人畜分塘饮水等解决水质污染的问题。
到20世纪70年代末，我国仍有5亿多农村人口的生活饮用水需要改善，包括饮用不洁净的地表水、苦咸水、高氟水，还存在大量的缺水地区。同时，乡镇企业和农村经济的发展，人口增加和生活水平不断提高，对水的数量和质量的需求均有所提高。1981年4月，我国政府决定参与“国际饮水供应和环境卫生十年”活动，承诺“以1981年至1990年的10年为目标，争取通过10年或更长时间的努力，使我国人民的饮水和卫生条件有较为显著的变化，为实现‘国际饮水供应和环境卫生十年’奋斗目标，做出中国人民的贡献”。自“七五”计划开始，连续将农村改水列入“五年计划”任务目标，制定了具有中国特色的农村改水指导方针，依靠地方政府，加强部门合作，广泛发动群众，大力推动落实，在全国范围内开启了农村改水工作的新局面。1986年国民经济和社会发展第七个五年计划提出目标——1990年争取使80%的农村人口饮用安全卫生水。自此后的“八五”“九五”“十五”计划均列入了饮用安全卫生水目标，要求到2000年，农村改水率达到90%，其中集中式供水占50%以上。到1990年底，全国农村改水累计受益人口率占农村总人口的75.4%，建自来水厂（站）33.2万座，饮用自来水人口占农村总人口的30.7%。
1985年5月，世界银行和我国政府签订协议在中国农村开展供水项目，这是我国改革开放后首次利用国际组织软贷款开展农村改水项目，并由此开始了持续二十余年的四期世界银行项目。四期项目执行地区共21个省份、181个县，遍布我国各个地区。项目总投资为68628.60万美元，其中利用世界银行贷款32200万美元。项目共建集中式供水系统6058处，分散式供水系统65772处，改水受益人口2437.71万人，其中自来水供水受益人口占97.15%，建设卫生公厕、校厕和户厕7.21万座，1511.5万人接受了供水、环境卫生和健康教育培训。四期项目的实施对当地的经济社会发展产生了一定的影响，显现出良好的效益，主要体现在对项目地区提供了有效援助，对农民群众卫生行为改变有明显促进，农民群众健康水平有显著提高，节省大量取水劳动力，促进经济发展，提高当地经济收入水平。通过项目的实施进一步引入先进管理理念和市场机制，创造出“以改水为中心、以健康教育为先导，带动环境卫生整体改善”的“三位一体”模式，并成为我国开展农村改水改厕与环境卫生工作的指导原则，在国际上也得到广泛认可和称赞。
通过20年的改水，到“十五”期末，农村改水受益率达到94.06%。虽然改水受益率几近全覆盖，但是农村改水仍然处于低水平保障的阶段。进入21世纪，中央政府高度重视农村饮水安全。
2000年以来，农村饮水工作逐步纳入中央政府财政支出范围。“十五”期间，中央政府主导实施了“农村饮水解困工程”。自2005年以来，历年中央1号文件都将农村饮水列入党和国家农村工作的重点，在不同时期提出与现状和发展相适应的规划和发展要求，从水量保障、水质安全、运行管理、水源保护等角度部署农村饮水阶段发展目标。
2005年，《中共中央国务院关于进一步加强农村工作提高农业综合生产能力若干政策的意见》指出，在巩固人畜饮水解困成果的基础上，高度重视农村饮水安全，解决好高氟水、高砷水、苦咸水、血吸虫病等地区的饮水安全问题，有关部门要抓紧制定规划。2005年以来，中央政府将农村饮水安全工作列入对各有关地区和部门完成《政府工作报告》量化考核指标的重要内容，中央财政逐步加大了对农村饮水的投入，各级政府将保障农民群众的饮水安全问题作为政府的重要任务和民生工程的重点任务。2005—2006年，实施了“农村饮水安全应急工程规划”，启动了“农村饮水安全工程‘十一五’规划”。
2007年，《中共中央国务院关于积极发展现代农业扎实推进社会主义新农村建设的若干意见》指出，“十一五”时期，要解决1.6亿农村人口的饮水安全问题，优先解决人口较少民族、水库移民、血吸虫病区和农村学校的安全饮水，争取到2015年基本实现农村人口安全饮水目标，有条件的地方可加快步伐。增加农村饮水安全工程建设投入，加快实施进度，加强饮水水源地保护，对供水成本较高的可给予政策优惠或补助，让农民尽快喝上放心水。2009年，调整农村饮水安全工程建设规划，加大投资和建设力度，把农村学校、国有农（林）场纳入建设范围。2010年，《中共中央国务院关于加大统筹城乡发展力度进一步夯实农业农村发展基础的若干意见》指出，要加大农村饮水安全工程投入，加强水源保护、水质监测和工程运行管理，确保如期完成规划任务。
2011年，《中共中央国务院关于加快水利改革发展的决定》指出，要继续推进农村饮水安全建设。到2013年解决规划内农村饮水安全问题，“十二五”期间基本解决新增农村饮水不安全人口的饮水问题。积极推进集中供水工程建设，提高农村自来水普及率。有条件的地方延伸集中供水管网，发展城乡一体化供水。加强农村饮水安全工程运行管理，落实管护主体，加强水源保护和水质监测，确保工程长期发挥效益。农村饮水安全工程“十二五”规划项目启动。
2014年，要求提高农村饮水安全工程建设标准，加强水源地水质监测与保护，有条件的地方推进城镇供水管网向农村延伸。2015年，要求确保如期完成“十二五”农村饮水安全工程规划任务，推动农村饮水提质增效，推进城镇供水管网向农村延伸。
2016年，要求强化农村饮用水水源保护。实施农村饮水安全巩固提升工程。推动城镇供水设施向周边农村延伸。2017—2018年，将农村饮水安全巩固提升列入乡村振兴战略的重要措施之一。2019年要求，推进农村饮水安全巩固提升工程，加强农村饮用水水源地保护，加快解决农村“吃水难”和饮水不安全问题。2020年提高农村供水保障水平。全面完成农村饮水安全巩固提升工程任务。统筹布局农村饮水基础设施建设，在人口相对集中的地区推进规模化供水工程建设。有条件的地区将城市管网向农村延伸，推进城乡供水一体化。中央财政加大支持力度，补助中西部地区、原中央苏区农村饮水安全工程维修养护。加强农村饮用水水源保护，做好水质监测。
2021年提出，实施规模化供水工程建设和小型工程标准化改造，有条件的地区推进城乡供水一体化，到2025年农村自来水普及率达到88%。
在“十一五”到“十三五”三个五年的时间里，从优先解决水致地方病区、缺水地区的问题，发展到建设集中供水工程、加强水源保护、水质监测和运行管理，措施持续升级、标准不断提升。“十四五”开局之年，农村饮水安全的目标提高为“推进标准化和城乡一体化供水”。从“农村改水”到“饮水安全”不仅是名称的变化，也是积极的农村发展政策、民生保障水平和饮水安全标准提升的体现。