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远古时代，由于生产水平和认知能力有限，人们对很多自然现象不能理解，于是产生了一种“万物有灵”的原始宗教思想。原始人在原始逻辑思维指导下，幻想用自然的力量去战胜自然社会所遇到的一切灾害，于是巫术活动便由此产生。先民相信巫术是沟通神与人的桥梁，是驾驭自然的精神武器，因此，巫术成为原始社会的普遍宗教行为。
人们普遍认为疫病都是由鬼神作祟，巫者借用仪式、祝祷、诅咒等方法可达到驱鬼逐疫的效果。《山海经·大荒西经》：“有灵山，巫咸、巫即、巫盼、巫彭、巫姑、巫真、巫礼、巫抵、巫谢、巫罗十巫，从此升降，百药爰在。”
汉代《说苑·辨物》：“吾闻上古之为医者曰苗父，苗父之为医也，以菅为席，以刍为狗，北面而祝，发十言耳，诸扶而来者，舆而来者，皆平复如故。”
上古巫医在防治疫病方面起到了独特的作用。杨堃先生指出：“我国古代原是巫、医并称的。到了春秋战国时期，巫和医才逐渐分开，但在一些地区，解放前还很流行。”巫医和巫师往往是一职两兼的，他们治病，常常一面使用巫术驱走鬼邪，一面用原始药物进行治疗。与巫术相关的一个重要实用方面为祝由术，当时能施行祝由之术的都是当时文化水平较高的人，他们都十分受人尊敬。