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由于当时的人们对疫情并不了解，多以巫术治病，或以鱼、枣子为药。如甲骨卜辞：“丙戌卜，贞：疛，用鱼。”“甲戌卜，贞：有㾷（疟），秉枣。”中医认为鱼有“行水”之性，可治感染疫病的腹部不适症；枣味甘平，安中养脾，可治心腹邪气，亦可用治疟。
《神农本草经》明确指出木香能“辟毒疫温鬼”、升麻“主解百毒……辟瘟疫”。
升麻，味辛、甘，性微寒，功能清热解毒，发表透疹，升阳举陷，主治时疫火毒等。现代药理研究表明，升麻对人体免疫功能有重要影响，能增强淋巴细胞的活性，能诱导淋巴细胞产生干扰素，有促进淋巴细胞转化的作用。
秦汉时期，在传统哲学思维的指导下，中医药学趋于成熟，在实践经验的基础上形成了防病治病的理论和技术体系。中医经典《黄帝内经》中有完整的疫病防治思想，包括“五运六气”致病观、“正气存内，邪不可干”的防疫观和“不治已病治未病”的防治观等。“五运六气”理论构建了推衍疫病发生的宏观预测体系，在今天看来其精华实质在于探索影响人体发病的内外因素。外因是否导致发病，又取决于内因“正气”，即人体的体质与抵抗力，所以增强正气可以预防疾病。人们应该在发病之前加强预防，或者在发病早期及早治疗，或者治疗后防止复发。如《素问·刺法论》说：“五疫之至，皆相染易，无问大小，病状相似，不施救疗，如何可得不相移易者？”《素问·四气调神大论》中说：“圣人不治已病治未病，……夫病已成而后药之，乱已成而后治之，譬犹渴而穿井，斗而铸锥，不亦晚乎？”《灵枢·逆顺》也说：“上工治未病不治已病。”
《黄帝内经》把一年分为四季、七十二候，详细记录了每一候的特点和人体生理的正常反应。如“从其气则和，违其气则病”。其中《天元纪大论》《五运行大论》《气交变大论》等章节，将人体健康和天、地环境的运行变化做了较为系统的阐述。这些都具体体现了唯物辩证法的观点。其他古史文献都与《黄帝内经》的思路有相似性，如《吕氏春秋》说：“孟春……行秋令，则民大疫”；“季春……行夏令，则民多疾疫”；“仲夏……行秋令，……民殃于疫”。
《素问·刺法论》：“黄帝曰：余闻五疫之至，皆相染易，无问大小，病状相似，不施救疗，如何可得不相移易者？岐伯曰：不相染者，正气存内，邪不可干，避其毒气。”也提醒隔离的重要性。
东汉时期的著名医学家张仲景，在与疫病的长期斗争中，将自身对于疾病的诊治经验写就《伤寒杂病论》一书。这里的“伤寒”是指一切发热性外感病，包括了当时大部分急性传染病，其中方子在当世被尊称为“经方”。张仲景“勤求古训，博采众方”著成《伤寒杂病论》，动机来自于其家族200多人中有140余人死于伤寒。后因战乱，《伤寒杂病论》原著无处可寻，后人在整理时，将其中的伤寒部分整理而成《伤寒论》（图2-5），而杂病部分曾一度失传，后经北宋林亿等整理，将其命名为《金匮要略》（图2-6）。该书基于当时流行肆虐的疫病而作。
图2-5 明·赵开美影宋刻本《伤寒论》
图2-6 元·邓珍本《金匮要略方论》
五石散最早由仲景发明，其本意是用于伤寒患者的治疗，利用石钟乳、石硫黄、白石英、紫石英和赤石脂等5种石类药燥热之功治疗伤寒病证，但是到了汉末乃至魏晋时期，却成了士大夫们防疫且追求长寿的良方，甚至在某种层面上还成为了富裕和高贵的象征。东汉末年创作的诗歌中对五石散就有相应的记载，如在《古诗十九首》的《驱车上东门》一诗中得到了展示——“驱车上东门，遥望郭北墓。白杨何萧萧，松柏夹广路。下有陈死人，杳杳即长暮。潜寐黄泉下，千载永不寤。浩浩阴阳移，年命如朝露。人生忽如寄，寿无金石固。万岁更相送，贤圣莫能度。服食求神仙，多为药所误。不如饮美酒，被服纨与素”，可见当时的习俗认为五石散可以很好地防止疫病的侵袭。当然以现在的观点看，这一习俗无疑非常荒唐，对人体百害而无一利。
第一，东汉时期的疫病属于寒疫范畴。如前文所说，当时处在一个较为寒冷的阶段，自然环境恶劣。如仲景所言，当时患者发病时的症状以恶寒发热、头项强痛为主，其病机可认为是外感风寒、风寒束表，故以“伤寒”而得名。此外，仲景还认为，伤寒之病若迁延不愈，或失治误治，则寒邪可入里化热，或热结肠腑，或热盛伤津，出现各种变证。
第二，仲景开创了辨证论治的先河。在《伤寒论》中，仲景提出了六经辨证体系。根据外感病的发生、发展阶段，综合发病的病因病机、正气盛衰、脏腑经络和气血阴阳的情况，将各类症状综合概括为6个基本证型——太阳病、少阳病、阳明病、太阴病、少阴病、厥阴病。这6种基本证候是辨证论治的纲领，即以六经论治伤寒。由于六经包含三阳经和三阴经，较为客观地反映了外感疾病由外入里、由表及里、由浅入深、由轻到重的传变规律，并且将疾病的发生发展与相关脏腑经络相连，可谓当时医学的一大飞跃。
第三，强调解表的作用。寒邪由外而入，由表及里，为此寒邪初犯人体时，多停留于肌肤腠理，属表证，应解表达邪。仲景在《伤寒论》中批判了时医滥用吐、下之法的弊端，提出以汗法解表。如“太阳病，头痛发热，身疼腰痛，骨节疼痛，恶风无汗而喘者，麻黄汤主之”。以麻黄汤发汗解表，以开腠理，使外感之邪随汗而解。但是仲景使用汗法亦较为谨慎，强调“发汗多，若重发汗者，亡其阳，谵语，脉短者死，脉自和者不死”，认为发汗应适度。
2020年2月6日，国家卫生健康委员会办公厅与国家中医药管理局办公室联合发布《关于推荐在中西医结合救治新型冠状病毒感染的肺炎中使用“清肺排毒汤”的通知》。通知中推荐的清肺排毒汤，主要包含四方——麻杏石甘汤、射干麻黄汤、小柴胡汤、五苓散。四方皆出自《伤寒杂病论》。仲景之方，灵活化裁，用法得当，当是可治伤寒（瘟疫）的良方。