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殷墟发现了16万余片甲骨，这些甲骨上的文字不少是与医学相关的，从一定程度上反映了商人对疾病、医药的认识。这些甲骨中，有323片、415辞与疾病相关。在出土大批甲骨的殷墟，还发掘出了完善的下水道，说明城市已有公共卫生设施，有利于减少疫病发生。
甲骨文反映了商人对传染病、流行病有一些认识。如《甲骨卜辞合集》13658片上有“甲子卜，㱿，贞疒（疾）役不
（延）”的记载。甲骨文不乏“疾年”“降疾”“雨疾”“疾疫”等记载：“疾年”指该年份有疾病流行；“降疾”表示疾病仿佛是上天降下来一样；“雨疾”表示生病的人很多，疫病有如下雨一般。
卜辞有“疾，亡入”，意为不要接近患者，可能因为得的是疫病。在《小屯殷虚文字乙编》上，商代巫师向上天卜问，常有疫情之事的问卜，如商王是否染上瘟疫，卜问疫病是否会扩散流传，举行䃾祭能祛除疫疾吗？疾病是蛔虫吗？多疾之年等记载，可以说是世界上已知最早的关于瘟疫的记载（距今3000多年）。
先秦时代，人们普遍将疫病视为瘟神作祟或阴阳失调所致。汉代疾疫被看作是灾异的一种，如果君王不明、德行不盛会引发疾疫，由此逐渐衍化为一种神秘的以灾异附会社会人事的灾异说。
由于当时医疗技术落后，因恶鬼造成疫病的看法十分普遍，祈祷逐疫去病的仪式也十分盛行。《尚书》上有“周公祷武王之疾而瘳”的说法。秦汉时期，民间逐渐兴起一种“追傩”的习俗，农历十二月底，立春前一天，动员数百名持桃弓棘矢、头缠红巾的童子，以奇怪的服装和动作驱除恶神。
对于阴阳失调，古人认为疫情的产生是由于“阴阳失位，寒暑错时，是故生疫”，只有顺应节气的规律作息才能避免。《礼记》中记载：“孟春……行秋令，则其民大疫；……季春……行夏令，则民多疾疫；……仲夏……行秋令，……民殃于疫；……孟秋……行夏令，……民多疟疾。”
瘟疫有一定的自然环境因素。“疠疾，气不和之疾。”《后汉书·孝顺孝冲孝质帝纪》载：“上干和气，疫疠为灾。”气候反常、寒暑错位是形成瘟疫环境条件的重要原因。《周礼·天官冢宰》《公羊传》等古籍都说明瘟疫流行的重要原因是气候反常。《淮南子》明确地说：“季春……行夏令，则民多疾疫。”
根据我国著名气象学家竺可桢的研究，东汉中后期是我国历史上的一个寒期，到东汉后期天气转为极其寒冷，可见寒冷的天气是疫病发生最重要的自然原因。如《后汉书·苏竟杨厚列传》记载：“四年，厚上言‘今夏必盛寒，当有疾疫蝗虫之害’。是岁，果六州大蝗，疫气流行。”《后汉书·卓鲁魏刘列传》也有相应记载：“自三月以来，阴寒不暖，物当化变而不被和气。《月令》：‘孟夏断薄刑，出轻系。行秋令则苦雨数来，五谷不熟。’又曰：‘仲夏挺重囚，益其食。行秋令则草木零落，人伤于疫。’”此外，寒冷的气候同时诱发了诸如蝗虫之类的自然灾害，使得本不乐观的疫情防控雪上加霜。如《后汉书》记载汉桓帝时期“觽灾并凑，蝗虫滋生，河水逆流，五星失次……人民疾疫”。
秦、西汉时期中原地区极为富有，“有过大面积的森林……到处都是郁郁葱葱，绿荫冉冉”，但是到了东汉中后期朝廷上下极尽奢华，“殚极土木，互相夸竞”（《后汉书》），可谓五步一楼，十步一阁；廊腰缦回，檐牙高啄；各抱地势，钩心斗角。这样的楼室就要砍伐大量木材来建造，生态环境因此被改变，由此病原微生物滋生，最终暴发瘟疫。
《山海经》“见则大兵”与“见则大疫”意义相同。医史学者范行准认为传染病被引起重视也正因为起于军队中发生传染病，由士兵服役而得，故称“役病”，因病加疒，后逐渐为“疫”。
当时战乱频发，军营人员密集，卫生条件差，加之战争造成兵士大片伤亡，又有高强度的行军，造成兵士疲惫，抵抗力下降，为此军营也是疫病发作的重点地区。建武十八年（42）马援征交阯，起初虽幸而获胜，但至建武二十年（44），军吏因瘴疫（恶性疟疾等传染病）死者达十之四五，终于失败；建武二十四年（48），马援又奉命出师镇压五溪蛮（今湖南常德、辰州一带少数民族）的起义，到了次年夏天，军中又发生了大疫，战士成千上百死亡，马援因感染瘴疫而死于军中。东汉末年的建安十三年（208），长江赤壁（今湖北省赤壁市西北）一带，曹操大军与孙权、刘备联军大战，失败的原因之一就是遇到了“大疫”。《三国志·魏书·武帝纪》：“公至赤壁，与备战，不利。于是大疫，吏士多死者，乃引军还。”
东汉京师洛阳是当时全国的政治经济中心，人口众多。据史料记载，京师洛阳人口可达百万之多，为此京师是疫病的高发地带。
此外，当时有吃鼠肉的社会习俗。吃老鼠还有一个美称——“鼠朴”。《战国策》中记载“周人谓鼠未腊者为朴”，意思就是周人把没有风干的老鼠肉称作“朴”。战国时期《尹文子》记载了“周人怀璞”的故事：周人怀里藏着一块璞，向郑国的商人问道：“你要买璞吗？”郑人说：“我要买。”结果周人拿出璞，郑人一看原来是一块新鲜的老鼠肉，赶忙说不要了。
到了汉代，贵族们依旧保留着吃老鼠的习俗，河北满城西汉中山王妻窦绾墓中，南耳室放的一件有盖的陶壶中储藏的整鼠骨达百只，有社鼠、褐家鼠和大仓鼠3种，可能是作为食品随葬的。汉景帝阳陵墓的一个藏坑中有几块骨头是褐家鼠的骨头，专家认为，这个藏坑代表的是掌管帝王膳食的地方。考古挖掘中除了汉景帝和其子中山靖王刘胜墓中有鼠骨外，在广州南越王墓、湖南长沙马王堆汉墓、湖南沅陵虎溪山汉墓中均发现过鼠骨。
贵族吃老鼠肉，普通人也会食用老鼠充饥。《汉书·李广苏建传》记载苏武牧羊，匈奴人不供给食物，于是他挖掘野草、采掘果实、捕捉老鼠充饥。《三国志·魏书·臧洪传》中记载，将军臧洪在大兵围城之际，粮草供给不上，于是煮老鼠为食。这样的记载有很多。
在汉代以鼠入药，长沙马王堆三号西汉墓出土有帛书《五十二病方》，在治“诸伤”的药方中，有以鼢鼠入药的记录。鼢鼠即鼹鼠，《名医别录》云其“味咸，无毒，主痈疽、诸瘘，蚀恶疮、阴
、烂疮”。