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人类黏膜主要位于呼吸道、胃肠道、泌尿生殖道和眼。黏膜免疫系统独立于系统性免疫系统。黏膜相关淋巴组织（mucosa-associated lymphoid tissue，MALT）沿黏膜表面分布，是一种无明确范围的淋巴组织，由黏膜表皮细胞下方的淋巴小结以及表皮细胞之间的微皱褶细胞组成。
MALT有多种类型，包括肠相关淋巴组织（gut-associated lymphoid tissue，GALT）、鼻咽相关的淋巴组织（nasopharynx-associated lymphoid tissue，NALT）、支气管相关淋巴组织（bronchus-associated lymphoid tissue，BALT）等。MALT可被分为诱导部位和效应部位，这两个部位可能并不一致。当抗原侵入MALT后刺激局部免疫反应，活化的致敏性T细胞和B细胞通过血液或淋巴管进入循环，发育成熟后向上皮下的黏膜固有层迁移。活化的产IgA细胞多数倾向于向原位归巢，但也可能向其他地方迁移，最后定位场所受循环中活化的T细胞表面整合素归巢受体调控。T细胞表达α4β7整合素倾向于向黏膜归巢，而表达α4β1的细胞则归巢到骨髓。
GALT以小肠壁的Peyer’s结为代表，还有孤立性淋巴滤泡、隐窝结节和淋巴腺复合体等组织以及固有层内散在的淋巴细胞。NALT和BALT以扁桃体、腺体和Waldeyer’s咽淋巴环为代表，存在于兔和大鼠。人体和小鼠只有诱导性BALT，在感染或炎症时才形成，可分布于全肺。