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在人体内C3是含量最多的补体成分。虽然IgA肾病患者的C3水平一般波动在正常范围，但有亚洲人群的研究提示血IgA/C3比值> 3.01有助于IgA肾病诊断。但该比值能否预测IgA肾病预后的多项回顾性研究并未得出一致结论。另有，研究发现BMI与补体水平，如C3、C4、CH50呈正相关。在营养过剩的状态下，C3水平升高。而血C3、C4水平的波动，除了可能反映疾病活动外，也反映了IgA肾病患者的代谢情况。但IgA肾病患者外周血C3、C4基本都在正常范围内波动，因此单看其发病时的水平对临床意义不大，需要纵向观察。有报道对122例IgA肾病进行长达6.7年的随访，发现在血尿、蛋白尿、eGFR等临床指标改善的患者中，其外周血C3水平较肾穿刺术时明显上升。因此，长期监测血C3水平的升高可能提示临床指标好转。而血C3水平的下降（< 90mg/dl）则可能提示不良结局，表现为血肌酐快速翻倍从而进展至终末期肾病。
血甘露聚糖结合凝集素（MBL）水平也可能成为IgA肾病疾病严重程度的标志物。国内一项研究提示，MBL缺乏的患者比MBL充足（100～3 540ng/ml）的患者有更高的前驱感染发生率和肉眼血尿的出现。另外，MBL缺乏与不良预后有关。而MBL水平似乎不是越高越好，对MBL >3 540ng/ml的患者，其蛋白尿水平和新月体比例更高，但分析并无统计学差异。
其他外周血补体成分如FH水平可能升高，但目前研究结果不一致。
IgA肾病患者尿FH、C5b-9水平较之正常人明显升高，且可能与蛋白尿水平、血肌酐升高、间质纤维化和球性硬化正相关。但该研究没有设立疾病对照组。还需要进一步研究确定其相关性。而尿MBL水平也被发现可能可以提示IgA肾病预后，其升高与组织损伤、GFR下降和蛋白尿有关。且随访终点病情无缓解的患者，尿MBL水平明显高于病情缓解者，提示尿MBL可能作为评价IgA肾病严重程度及预后的无创性生物学标志物。
多种补体成分在肾内沉积情况可能具有临床意义。在一项尸检调查人群IgA肾病患病率的研究中，那些无症状IgA肾病的系膜中未发现C3的沉积。提示C3的沉积可能与IgA肾病进展有关。一项伊朗的研究显示，系膜区C3的沉积与血肌酐水平升高、新月体形成、毛细血管内细胞增生、系膜细胞增生和节段性硬化有关。另一个来自韩国人群的研究提示血C3水平的下降及系膜区C3沉积强度相关，且都与发展至终末期肾病有关。另外就C3裂解产物而言，C3c为主的沉积较之C3d为主的沉积更加与肾功能的快速恶化相关。
凝集素途径的激活也可反映疾病的严重程度。在一项队列研究中，肾活检组织发现MBL沉积的患者病理更差，如系膜细胞增生，节段性肾小球硬化，毛细血管内细胞增生和小管萎缩/间质纤维化。随访则发现该部分患者治疗后肾脏缓解率更低，因此提示MBL沉积可能是IgA肾病预后不良的标志。
补体旁路途径激活，可使C4裂解产生C4d。后者能与毛细血管基膜Ⅳ型胶原及内皮细胞共键结合并能持久存在，方便检测。有研究发现有C4d沉积的IgA肾病患者，其20年内终末期肾病（end-stage renal disease，ESRD）的发生率明显高于无C4d沉积的患者（85% vs 28%），提示C4d是IgA肾病发生ESRD的独立危险因素。同时肾活检C4d沉积的患者血压更高，蛋白尿更明显，并发现更多的节段性硬化和小管损伤，这些都提示该部分患者预后不良。