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依据病因的不同，外科疾病大致分为以下七个门类：
1.损伤（trauma）
即由暴力或其他致伤因素引发的人体组织破坏，如内脏破裂、骨折、皮肤烧伤等，大部分需要手术或其他外科处理，以修复组织及恢复功能。
2.感染（infection）
病原体侵入人体，导致组织、器官实质性破坏，形成局限性、积聚性的感染病灶，如脓肿，往往需要外科手术治疗，如化脓性阑尾炎。
3.肿瘤（tumor）
由自体细胞分裂产生的赘生性细胞群，有良恶性之分，良性肿瘤切除后可治愈；恶性肿瘤依据情况不同，手术切除能达到根治、延长生存或缓解症状等不同效果。
4.畸形（abnormality）
先天性畸形，如唇裂腭裂、先天性心脏病、新生儿肛门闭锁等，需行外科治疗；后天性畸形，如烧伤后机体瘢痕挛缩，也往往需要外科整复，才能恢复功能及改善外观。
5.内分泌功能紊乱（endocrine disorder）
如甲状腺及甲状旁腺功能亢进，在药物治疗不能控制时，可通过手术治疗。
6.寄生虫病（parasite）
如肝棘球蚴病和胆道蛔虫病等。
7.其他
器官梗阻如肠梗阻、尿路梗阻；血液循环障碍如下肢静脉曲张，门静脉高压症；结石形成如胆结石、尿路结石；以及不同原因引发的大出血（massive hemorrhage）等，常需行外科治疗。
外科疾病与内科疾病，是人为定义的概念，在学术分类中虽然相对，但疾病的外科治疗与内科治疗，却绝非非此即彼的对立，而应兼收并蓄互为补充。一些外科疾病已不一定均需要手术治疗，而是发展到当保守治疗不能限制其损害时方需手术。而一些内科疾病如不能及时控制或出现并发症，则也需要外科手术。另外，随着医学的发展，一些原来认为应当手术的疾病，现在可改用非手术方法治疗，如大部分的尿路结石可应用体外震波碎石促进结石自然排出。有些原来不能施行手术的疾病，现在已经可以有效地手术治疗，如复杂的先天性心脏病。特别是近年来由于介入放射学和内镜技术的蓬勃发展，使得内外科诊疗逐渐出现交叉趋势。
随着现代外科学在深度及广度上的不断发展，同一名医生处理所有门类的外科疾病已不可能，而外科学向专业化、精细化方向发展已成为必然，也符合社会主义生产方式进步的要求。外科学分科方式有很多种：如根据工作对象和性质，分为临床外科和试验外科。而临床外科又依据人体系统分为骨科、泌尿外科、神经外科、血管外科；按人体部位分，有头颈外科、胸心外科、腹部外科。按年龄特点，可分为小儿外科、老年外科；现在已有为妊娠期内胎儿施行手术的案例，但尚未确立独立专科。按手术方式分，有整复外科、显微外科、腔镜外科、移植外科，近年又有微创外科。按疾病性质，又可分为肿瘤外科、急症外科；按器官功能，有内分泌外科等。一些传统意义上的外科已脱离外科范畴，如口腔及耳鼻喉头颈外科均已成为独立专科。