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药食同源在我国历史悠久，但是直到近30年来，随着我国食品和药品制度的完善，随着国务院卫生行政主管部门《既是食品又是药品的物质名单》的发布，药食同源管理制度才逐步建立。在一定程度上讲，药食同源管理制度是食品管理与药品管理协调的产物。
食品与药品作为维护人类生存和健康的重要物质，都具有各自适用的法律体系，从法律层面和管理制度来看，二者存在较为明显的区别。
根据我国1984年颁布的《中华人民共和国药品管理法》（以下简称《药品管理法》）第五十七条，药品包括“中药材、中药饮片、中成药、化学原料药及其制剂、抗生素、生化药品、放射性药品、血清疫苗、血液制品和诊断药品等”。2019年版《药品管理法》规定：“药品，是指用于预防、治疗、诊断人的疾病，有目的地调节人的生理机能并规定有适应症或者功能主治、用法和用量的物质，包括中药、化学药和生物制品等。”在历版《药品管理法》中，中药饮片始终作为药品进行监管。
在食品管理的法律法规中，为了保证食品安全，始终禁止食品中添加药品。许多中药如生姜、乌梅、八角茴香等已经广泛作为食品及调味料使用，这给既是中药又是食品物质的管理和使用带来了很大不便。为了调节“食品”与“药品”监管的矛盾，我国在食品法律法规中补充了关于“既是食品又是药品”的相关规定。
1982年11月19日，第五届全国人民代表大会常务委员会第二十五次会议通过的《中华人民共和国食品卫生法（试行）》第二章第八条规定：“食品不得加入药物。按照传统既是食品又是药品的以及作为调料或者食品强化剂加入的除外。”第九章附则第四十三条规定，本法用语定义如下：“食品：指各种供人食用或者饮用的成品和原料以及按照传统既是食品又是药品的物品，但是不包括以治疗为目的的物品。”1987年版《中华人民共和国食品卫生法（试行）》规定了食品不得加入药物，但是按照传统既是食品又是药品的作为原料、调料的除外。原卫生部依照《中华人民共和国食品卫生法（试行）》制定了《禁止食品加药卫生管理办法》。1995年10月30日第八届全国人民代表大会常务委员会第十六次会议上通过的《中华人民共和国食品卫生法》第二章第十条规定：“食品不得加入药物，但是按照传统既是食品又是药品的作为原料、调料或者营养强化剂加入的除外。”2015年修订的《中华人民共和国食品安全法》第三十八条规定：“生产经营的食品中不得添加药品，但是可以添加按照传统既是食品又是中药材的物质。按照传统既是食品又是中药材的物质目录由国务院卫生行政部门会同国务院食品药品监督管理部门制定、公布。”
上述“既是食品又是中药材的物质”在民间简称为“药食同源”。通过食品与药品的监管演变历史可以发现，“药食同源”的诞生主要是为了协调部分中药材食品和药品双重身份的问题。
鉴于许多地方传统上将药物作为添加成分加入一些食品中并称其为特殊营养食品的现象逐渐兴起的形势愈演愈烈，1982年全国人民代表大会常务委员会颁布《中华人民共和国食品卫生法（试行）》，其第八条规定：“食品不得加入药物，按照传统既是食品又是药品的以及作为调料或者食品强化剂加入的除外。”但根据我国1984年颁布的《中华人民共和国药品管理法》第三条的内容，药品包括现代药和传统药，而传统药主要是指中药饮片和传统中药制剂。这给既是中药又是食品的物质的管理和使用带来了很大不便。为了协调“食品”与“药品”监管的矛盾，1987年10月，卫生部、国家中医管理局联合发布了“关于颁发《禁止食品加药卫生管理办法》的通知（卫防字〔87〕第57号）”，并第一次在附表中公布了第一批《既是食品又是药品的品种名单》。通知明确禁止食品中加入药物并宣传疗效，如果利用中药材作为食品新资源则需要按照《食品新资源卫生管理办法》规定的程序报批。
1990年6月9日，为贯彻中央治理整顿精神，加强对加药食品、新资源食品的卫生管理，卫生部卫生监督司下发了“关于征集第二批《既是食品又是药品》的品种名单的通知（卫监食发〔90〕第13号）”，文后还附了既是食品又是药品的物品推荐表。
1997年，在全国保健食品市场整顿工作的基础上，卫生部发布了“关于1998年全国保健食品市场整顿工作安排的通知（卫监发〔1998〕第9号）”，其中第一款第五项的内容是：“为了促进我国食品工业发展，根据多年安全性研究和人群食用观察，决定公布油菜花粉等六类十四个品种食品新资源作为普通食品管理；增补蒲公英等八种天然植物为既是食品又是药品品种。”
随着1995年《中华人民共和国食品安全法》和1996年《保健食品管理办法》的颁布实施，肖培根等参考《神农本草经》中列为上品的中药，重新拟定药食同源物品名单和可用于保健食品的物品名单。2002年，卫生部颁布“卫生部关于进一步规范保健食品原料管理的通知（卫法监发〔2002〕51号）”（简称“51号文”），其中第一部分（文件的附件一）为“既是食品又是药品的物品名单”。
2014年10月，国家卫生和计划生育委员会将《禁止食品加药卫生管理办法》的名称修改为《按照传统既是食品又是中药材物质目录管理办法》（国卫办食品函〔2014〕975号）。2014年11月，国家卫生和计划生育委员会发布《按照传统既是食品又是中药材物质目录管理办法（征求意见稿）》，公开征求名录（101种既是食品又是中药材名单）内容补充和修订意见，并对目录修订背景及修订的重要性进行说明。
2018年，国家卫生和计划生育委员会发布《关于征求将党参等9种物质作为按照传统既是食品又是中药材物质管理意见的函》（国卫办食品函〔2018〕278号），再次就扩增药食同源名录征求意见。
从1987年至今，《既是食品又是中药材的物品名单》共历经6次修订，收录物质种类不断增加，收录物质的有关信息不断完善和丰富。
1987年第一次在附表中公布了第一批《既是食品又是药品的品种名单》。第一款内容是：《中华人民共和国药典》（以下简称《中国药典》）1985年版和中国医学科学院卫生研究所编著的《食物成分表》（1981年第3版，野菜类除外）中同时列入的品种；第二款内容有：乌梢蛇、蝮蛇、酸枣仁、牡蛎、栀子、甘草、代代花、罗汉果、肉桂、决明子、莱菔子、陈皮、砂仁、乌梅、肉豆蔻、白芷、菊花、藿香、沙棘、郁李仁、青果、薤白、薄荷、丁香、高良姜、白果、香橼、火麻仁、橘红、茯苓、香薷、红花、紫苏，共33种。
由于各地卫生行政执法部门在具体执法实践中对“药食同源”第一款中的品种名单理解上的问题和不便查阅等原因，在不断来函来电查询的情况下，为便于各地执法，卫生部于1988年4月16日责成卫生部食品卫生监督检验所详细公布了“药食同源”第一款中的29种《既是食品又是药品的品种名单》。它们是：八角茴香、刀豆、姜（生姜、干姜）、枣（大枣、酸枣、黑枣）、山药、山楂、小茴香、木瓜、龙眼肉（桂圆）、白扁豆、百合、花椒、芡实、赤小豆、佛手、青果、杏仁（甜、苦）、昆布、桃仁、莲子、桑椹、菊苣、淡豆豉、黑芝麻、黑胡椒、蜂蜜、榧子、薏苡仁、枸杞子。“药食同源”第一批名单历时半年分2次公布，共计61种（注：第一批第一款中的第16号青果与第二款中的第50号青果是重复项）。
1991年11月22日，卫生部第二次发布了“关于批准颁布第二批《既是食品又是药品》名单的通知（卫监发〔1991〕第45号）”。其中批准颁布的第二批名单有8种，它们分别是：麦芽、黄芥子、鲜白茅根、荷叶、桑叶、鸡内金、马齿苋、鲜芦根。1998年卫监发〔1998〕第9号文又增加了8种物质：蒲公英、益智、淡竹叶、胖大海、金银花、余甘子、葛根、鱼腥草。至此第二批“既是食品又是药品的品种名单”包括八角茴香、乌梢蛇、蒲公英等共77种中药。
2002年卫生部公布了第三批《既是食品又是药品的物品名单》（卫法监发〔2002〕51号）。除了对保健食品原料的取用范围进行规定外，更新了既是食品又是药品的物品名单，包括丁香、藿香等中药87种，涵盖了1987版、1988版名单中的75种，剔除了红花，改胡椒为黑胡椒，新增了阿胶、白扁豆花、覆盆子、槐花、槐米、桔梗、橘皮、小蓟、玉竹、枳椇子、紫苏子11种常用中药。遗憾的是，“51号文”只提及“药食同源”中药的中文名，没有注明来源、食用部位等相关信息。
2014年，国家卫生和计划生育委员会发布的《按照传统既是食品又是中药材物质目录管理办法（征求意见稿）》拟新增14种“药食同源”物质，包括人参、山银花、芫荽、玫瑰花、松花粉、粉葛、布渣叶、夏枯草、当归、山柰、西红花、草果、姜黄和荜茇。文件指出上述新增品种在限定使用范围和剂量内作为药食两用。在这一版目录里，补充了100个品种的科属名称、食用部位、使用备注等信息，丰富了药食同源名单的科学内涵。值得一提的是，在新增的14个品种中，松花粉和人参（人工种植）曾先后被批准为新资源食品食用；夏枯草、布渣叶在2010年作为凉茶饮料的原料使用；当归在美国、欧盟及日本等地作为香辛料；山柰、西红花、草果、姜黄和荜茇被列入《香辛料和调味品标准》。
《国家卫生健康委员会关于征求将党参等9种物质作为按照传统既是食品又是中药材物质管理意见的函》（国卫办食品函〔2018〕278号）：“为进一步做好按照传统既是食品又是中药材物质（以下简称食药物质）管理工作，按照《中华人民共和国食品安全法》规定，卫计委会同有关部门和单位研究调整食药物质目录，拟在前期工作基础上再增补一批物质。本轮增补主要结合我国传统饮食习惯，综合考虑地方需求，同时参考相关国际管理经验，拟将党参、肉苁蓉、铁皮石斛、西洋参、黄芪、灵芝、天麻、山茱萸、杜仲叶9种物质按照食药物质管理。”
根据国家卫生健康委员会已公布的《既是食品又是药品的中药名单》（截至2018年8月），目前共有100种中药材被正式纳入药食同源名录，2018年新增的党参等9种物质目前仍处于审核报批程序中，故并未正式列入名录中。
在已公布的100种名单里，涉及植物类93种，动物类6种，菌类1种。从品种基源来看，共涉及51个科的动植物，其中蔷薇科、豆科、姜科、唇形科、百合科为前5位主要科属来源。从使用部位来看，包括根、茎（根茎、鳞茎、块茎、肉质茎等）、叶（肉质鳞叶、叶状体等）、花（花粉、花蕾、头状花序等）、成熟果实（果穗）、成熟种子（种仁、假种皮等）。