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自体造血干细胞移植适用于骨髓尚未受疾病累及或经治疗已恢复骨髓正常造血的血液病患者，其过程是在预处理前，先将采集的外周血干细胞或骨髓干细胞冷冻保存；在预处理后，将冷冻保存的干细胞复苏并回输给患者，进而重建正常的造血和免疫功能，达到治疗疾病的目的。如果自身骨髓受到侵犯，那么被抽出的骨髓就需要体外净化，以去除骨髓中残存的肿瘤细胞，不同的造血干细胞移植中心利用不同的方法来进行体外净化。
与异基因造血干细胞移植相比，自体造血干细胞移植治疗恶性血液病后的复发率显著增高，但非复发相关死亡率显著降低。因此，一定要咨询移植专业医师来确定是选择异基因造血干细胞移植还是自体造血干细胞移植。