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根据造血干细胞移植是来源于患者自身还是健康供者，可以将造血干细胞移植分为自体造血干细胞移植和异基因造血干细胞移植。
根据造血干细胞来源，除了骨髓移植、G-CSF（如来格司亭，商品名有格拉诺赛特、Neutrogin、Myelostim）动员的外周血造血干细胞移植以及脐血造血干细胞移植外，还有G-CSF动员的骨髓移植和G-CSF动员的骨髓和外周血混合移植。此外，有部分中心采用G-CSF动员的外周血干细胞和脐血进行混合移植治疗疾病。目前，国内外不同的移植中心采用的造血干细胞来源不尽相同，患者所在移植中心的医师会依据患者的病情、中心的经验等权衡利弊，选择最佳的造血干细胞进行移植，以达到最好的疗效。