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在临床上，医护人员将从健康供者采集的造血干细胞，通过静脉输注到患者体内，在患者体内重建正常的造血功能和免疫功能，达到治愈患者疾病的目的，此一过程即为造血干细胞移植。因为造血干细胞移植最早只是用健康供者的骨髓做为造血干细胞来源，人们习惯上称造血干细胞移植为“骨髓移植”，其实根据造血干细胞来源的不同，造血干细胞移植包括骨髓移植、粒细胞集落刺激因子（granulocytecolony stimulating factor，G-CSF）动员的外周血造血干细胞移植、G-CSF动员的骨髓移植以及脐血造血干细胞移植等。如果患者需要进行造血干细胞移植，那么一定要咨询有丰富经验的移植专科医师选择正确的造血干细胞移植方案。
根据造血干细胞移植是来源于患者自身还是健康供者，可以将造血干细胞移植分为自体造血干细胞移植和异基因造血干细胞移植。
根据造血干细胞来源，除了骨髓移植、G-CSF（如来格司亭，商品名有格拉诺赛特、Neutrogin、Myelostim）动员的外周血造血干细胞移植以及脐血造血干细胞移植外，还有G-CSF动员的骨髓移植和G-CSF动员的骨髓和外周血混合移植。此外，有部分中心采用G-CSF动员的外周血干细胞和脐血进行混合移植治疗疾病。目前，国内外不同的移植中心采用的造血干细胞来源不尽相同，患者所在移植中心的医师会依据患者的病情、中心的经验等权衡利弊，选择最佳的造血干细胞进行移植，以达到最好的疗效。