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单倍型相合造血干细胞移植的供、受者之间至少有3个人类白细胞抗原（HLA）位点相合，部分供、受者之间存在4个或者5个HLA位点相合。目前北京大学血液病研究所已经完成单倍型相合造血干细胞移植超过5000例，根据该所的移植经验，无论3个、4个还是5个HLA位点相合，都可以进行单倍型相合造血干细胞移植。HLA相合的位点数量不影响移植疗效（包括植入、移植物抗宿主病、移植相关死亡、复发、总体生存等），换句话说就是3个位点相合的单倍型相合造血干细胞移植与4个或5个位点相合的单倍型造血干细胞移植疗效没有区别。继北京大学团队报道之后，美国约翰斯·霍普金斯大学的研究人员也证实HLA不合位点数对单倍型相合移植预后没有影响。所以患者在进行单倍型相合造血干细胞移植的时候，无需因为HLA位点不合多少而担心。