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供者、受者（患者）HLA相合程度直接影响移植的成功率和疗效。如果HLA配型不合，移植后发生移植物抗宿主病和宿主抗移植物移植排斥的风险均显著增加，从而易导致移植失败。因此，移植前必须进行HLA配型。有同胞供者可进行同胞HLA配型，无同胞供者可选择父母或子女进行HLA检查，以寻找亲缘单倍型相合供者。患者还可以持患者HLA配型结果在中华骨髓库进行非血缘供者查询，儿童患者也可以同时进行脐带血供体查询。
例如，北京大学人民医院就诊的患者可于每周一至周五上午抽外周血标本送检，需提前在移植门诊开配型化验单。若供、受者不在京，可以在当地医院或红十字中心等有条件开展HLA配型检查的单位进行HLA配型。但在移植前还需要再进行HLA配型复核。若当地未开展HLA配型检测，供、受者也可以在当地采集外周血标本（应用枸橼酸钠抗凝管取血5～6ml），标本需在4℃低温保存，应在48h之内送到北京大学人民医院HLA配型室。（北京大学人民医院HLA配型室在院内科研楼801室。）
HLA高分辨分型有两层含义。一是抽取移植患者和健康捐献者的静脉血样本，提取DNA，应用聚合酶链反应测定HLA位点的基因序列；二是利用基因测序技术（二代测序技术）测出各自DNA碱基的顺序，最后通过软件比对分析得出HLA型别。HLA高分辨分型技术是世界卫生组织（WHO）认定的HLA分型标准。分型的作用就是尽最大可能找到排列一致的样本，配型的精度决定了患者造血干细胞移植后的临床疗效和生存质量。多数学者认为决定造血干细胞移植治疗成本的关键步骤是如何快速、准确地找到与患者HLA配型一致的造血干细胞健康供者。